兩者在本質上並沒有區別。無論是質粒轉染，還是病毒轉染，均是真核細胞主動或被動匯入外源DNA片段而獲得新的表型的過程。隨著分子生物學和細胞生物學研究的不斷髮展，轉染已經成為研究和控制真核細胞基因功能的常規工具。在研究基因功能、調控基因表達、突變分析和蛋白質生產等生物學試驗中，其應用越來越廣泛。隨著基因與蛋白功能研究的深入，轉染目前已成為實驗室工作中經常涉及的基本方法。轉染大致可分為物理介導、化學介導和生物介導三類途徑。電穿孔法、顯微注射和基因槍屬於透過物理方法將基因匯入細胞的範例；化學介導方法很多，如經典的磷酸鈣共沉澱法、脂質體轉染方法、和多種陽離子物質介導的技術；生物介導方法，有較為原始的原生質體轉染，和現在比較多見的各種病毒介導的轉染技術。擴充套件資料：轉染的原理：外源基因進入細胞主要包括電擊法、磷酸鈣法、脂質體介導法和病毒介導法。電擊法是在細胞上短時間暫時性的穿孔讓外源質粒進入；磷酸鈣法和脂質體法是利用不同的載體物質攜帶質粒透過直接穿膜或者膜融合的方法使得外源基因進入細胞；病毒法是利用包裝了外源基因的病毒感染細胞的方法使得其進入細胞。但是由於電擊法和磷酸鈣法的實驗條件控制較嚴、難度較大；病毒法的前期準備較複雜、而且可能對於細胞有較大影響；所以現在對於很多普通細胞系，一般的瞬時轉染方法多采用脂質體法。利用脂質體轉染法最重要的就是防止其毒性，因此脂質體與質粒的比例，細胞密度以及轉染的時間長短和培養基中血清的含量都是影響轉染效率的重要問題，透過實驗摸索的合適轉染條件對於效率的提高有巨大的作用。