以細菌為例：

目測：觀察菌落形態。鏡檢：用生理鹽水將菌落塗開，直接觀察單個細菌的大小形狀等；用革蘭氏染色法判定細菌是革蘭氏陽性菌還是陰性菌（細胞壁主要構成不同）；用負染色法把菌體之外的液體染色觀察某些細菌；銀染之類的方法讓細菌的鞭毛沾上小顆粒，在視野中變粗變清晰來觀察鞭毛；…電子顯微鏡：更進一步觀察細菌內部形態；顯色培養基：用來確定細菌在生長過程中是否會分泌酸性的鹼性的代謝產物，或者某些能發生顯色反應的產物；液體培養基：除了觀察顯色反應還可以根據液體分層情況推測細菌生長情況，還可以在培養基裡放置倒扣的小試管觀察細菌是否產氣；藥敏試驗：用來確定細菌對某些藥物是否敏感，根據藥物的作用機理可以反推細菌的細胞壁結構或者某些代謝途徑；凝集試驗：透過測試菌體與一系列血清是否發生凝集反應來判斷型別（例如判定某株沙門氏菌是否是致病菌）；電泳：分析蛋白質變化情況；液相色譜：分析培養液中某些成分的變化；核酸檢測：確定某些核酸序列的存在或者進行基因測序；分子生物學方法更多更復雜，手機打字不方便就不詳述了。

因為已經從微生物實驗室畢業很多年，有些細節我記得不深，很多方法也是比較傳統的方法，新技術我也沒有去了解很多。深夜手機打字，如有遺漏或描述不當之處請知友指正～

唔，寫完發現我好像有點偏題了。。。題主問的只是染色觀察這一塊的資訊。。。