一、性質不同

1、轉基因技術

轉基因技術是指利用DNA重組、轉化等技術將特定的外源目的基因轉移到受體生物中，並使之產生可預期的、定向的遺傳改變。

2、基因工程

基因工程又稱基因拼接技術和DNA重組技術，是以分子遺傳學為理論基礎，以分子生物學和微生物學的現代方法為手段，將不同來源的基因按預先設計的藍圖，在體外構建雜種DNA分子，然後匯入活細胞，以改變生物原有的遺傳特性、獲得新品種、生產新產品的遺傳技術。

二、特點不同

1、轉基因技術

優點：

①、食品質量得到改善：轉基因產品具有一定的抗逆性，部分生物屬性得到加強，提高了食品的口感質量和營養價值，且某些具有抗蟲性的植物不僅減少了農藥的使用量，還可以保證食品表面無毒無公害，不會在人體內造成農藥積累。

②、在環境保護方面有顯著成效：中國種植的轉基因水稻具有抗蟲性、抗旱性、抗鹽鹼性，使得農藥的使用量降低，並且種植轉基因水稻所存在的負面影響可能遠遠小於種植非轉基因作物。

缺點：

①、 食品安全問題：轉基因產品給人們帶來巨大的經濟效益和社會效益的同時，對人類健康的威脅也不能忽視。首先，作物基因的改變可能會引起非期望效應，新引入的蛋白可能具有毒性或者過敏性問題，轉基因作物裡面的抗生素標記基因可能會導致抗生素治療失效。

②、 轉基因產品對生態環境的影響：轉基因生物的基因會向自然生物群落流動，例如轉抗除草劑的基因可能逃逸到雜草上，使雜草產生超級抗雜草劑性，這不但會增加清除這種雜草的難度，而且這種生物間基因的相互轉移，有可能影響到物種間的公平競爭關係，破壞原有的生態平衡，從而使原有的某些優勢物種轉為劣勢甚至滅絕。

2、基因工程

基因工程最突出的優點是打破了常規育種難以突破的物種之間的界限，可以使原核生物與真核生物之間、動物與植物之間，甚至人與其他生物之間的遺傳資訊進行重組和轉移。人的基因可以轉移到大腸桿菌中表達，細菌的基因可以轉移到植物中表達。

三、應用不同

1、轉基因技術

轉基因技術廣泛應用於醫藥、工業、農業、環保等領域。

2、基因工程

運用基因工程技術，不但可以培養優質、高產、抗性好的農作物及畜、禽新品種，還可以培養出具有特殊用途的動、植物。