1）轉基因生物對非目標生物的影響。釋放到環境中的抗蟲和抗病類轉基因植物，除對害蟲和病菌致毒外，對環境中的許多有益生物也將產生直接或間接的不利影響，甚至會導致一些有益生物死亡。 2）增加目標害蟲的抗性和進化速度。研究表明，棉鈴蟲已對轉基因抗蟲棉產生抗性。轉基因抗蟲棉對第一、第二代棉鈴蟲有很好的毒殺作用，但第三代、第四代棉鈴蟲已對轉基因棉產生抗性。專家警告，如果這種具有轉基因抗性的害蟲變成對轉基因表達蛋白具有抗性的超級害蟲，就需要噴灑更多的農藥，將會對農田和自然生態環境造成更大的危害。 3）雜草化。釋放到環境中的轉基因植物透過傳粉進行基因轉移，可能將一些抗蟲、抗病、抗除草劑或對環境脅迫具有耐性的基因轉移給野生親緣種或雜草。而雜草一旦獲得轉基因生物的抗逆性狀，將會變成超級雜草，從而嚴重威脅其他作物的正常生長和生存。 4）對生物多樣性和生態環境的影響。透過人工對動物、植物和微生物甚至人的基因進行相互轉移，轉基因生物已經突破了傳統的界、門的概念，具有普通物種不具備的優勢特徵，若釋放到環境，會改變物種間的競爭關係，破壞原有自然生態平衡，導致物種滅絕和生物多樣性的喪失。轉基因生物透過基因漂移，會破壞野生近緣種的遺傳多樣性。此外，種植耐除草劑轉基因作物，必將大幅度提高除草劑的使用量，從而加重環境汙染的程度以及農田生物多樣性的喪失。 5）對人體健康的威脅和影響。轉基因活生物體及其產品作為食品進入市場，可能對人體產生某些毒理作用和過敏反應。例如，轉入的生長激素類基因就有可能對人體生長髮育產生重大影響；轉基因生物中使用的抗生素標記基因，如果進入人體，也可能使人體對很多抗生素產生抗性。由於人體內生物化學變化的複雜性，轉基因食品對人體健康的影響可能需要經過較長時間才能表現和監測出來。