可根據以下幾個步驟來進行操作：
第一步：引物射擊：首先我們需要把A段的3’端中帶有B的一截，和再B段的5’端帶有A的一截，那麼如此操作，分別就擴增得到了A和B，然後兩端便可得到互補片段。
如下述圖中所顯示的，在P2和P3部分都含有A和B的各片段序列；
第二步：將PCR加長A與B片段，25μL體系與一次擴增8管並含有一管陰性對照，記得要將這兩個片段進行切膠回收。（如上圖所示，將A與B單獨進行擴充）；
第三步：需要進行後續的融合PCR實驗，我們將A與B兩個片段作為實驗的模板。融合PCR需要進行下列操；
第四步：（這個記住，不需要新增引物）
dNTPs 1μl
10*Buffer 2.5μl
Template DNA(A和B) 各1μl
Taq 酶 0.5μl
RNaseA-free H2O 19μl
Total 25μl
此處有一個迴圈引數需要記住：95℃預變性5分鐘，94℃變性20秒——57℃退火20秒——72℃延伸40秒再進行10個迴圈，72℃延伸5分鐘。
（需要注意的是，在這一步引物是無需進行新增的，因為A與B片段都具有了互補的片段，這便可以互為引物擴增）
第五步：在進行了10個迴圈之後，我們便要取出反應管，然後再加入引物。
此處有個迴圈引數我們需要記住：95℃預變性5分鐘，94℃變性20秒——60℃退火20秒——72℃延伸40秒再進行10個迴圈，72℃延伸5分鐘。等地反應完成之後，百分之1.5瓊脂糖凝膠電泳鑑定PCR產物。
可根據以下幾個步驟來進行操作：
第一步：引物射擊：首先我們需要把A段的3’端中帶有B的一截，和再B段的5’端帶有A的一截，那麼如此操作，分別就擴增得到了A和B，然後兩端便可得到互補片段。
如下述圖中所顯示的，在P2和P3部分都含有A和B的各片段序列；
第二步：將PCR加長A與B片段，25μL體系與一次擴增8管並含有一管陰性對照，記得要將這兩個片段進行切膠回收。（如上圖所示，將A與B單獨進行擴充）；
第三步：需要進行後續的融合PCR實驗，我們將A與B兩個片段作為實驗的模板。融合PCR需要進行下列操；
第四步：（這個記住，不需要新增引物）
dNTPs 1μl
10*Buffer 2.5μl
Template DNA(A和B) 各1μl
Taq 酶 0.5μl
RNaseA-free H2O 19μl
Total 25μl
此處有一個迴圈引數需要記住：95℃預變性5分鐘，94℃變性20秒——57℃退火20秒——72℃延伸40秒再進行10個迴圈，72℃延伸5分鐘。
（需要注意的是，在這一步引物是無需進行新增的，因為A與B片段都具有了互補的片段，這便可以互為引物擴增）
第五步：在進行了10個迴圈之後，我們便要取出反應管，然後再加入引物。
此處有個迴圈引數我們需要記住：95℃預變性5分鐘，94℃變性20秒——60℃退火20秒——72℃延伸40秒再進行10個迴圈，72℃延伸5分鐘。等地反應完成之後，百分之1.5瓊脂糖凝膠電泳鑑定PCR產物。