食品在運輸過程中，影響食品衛生質量的因素主要有：所運食品的種類；運輸時間的長短；運輸工具的衛生質量；包裝材料的質量和完整程度；是否發生腐敗變質等。中國《食品衛生法》第六條規定：“運輸和裝卸食品包裝容器、工具、裝置和條件必須符合衛生要求，防止食品汙染。”為此，食品運輸應符合以下衛生要求：
1.防止食品在運輸過程中被汙染
①運輸食品的工具、容器等應保持清潔衛生，建立健全必要的清洗消毒衛生制度。
②直接入口的食品應用專用容器加蓋運輸，以防塵、防蠅。在交接時要採用以箱換箱的方式，避免人手接觸食品。
④運輸肉品的工具、容器在每次使用前必須清洗消毒，裝卸肉品時注意操作衛生。運輸鮮肉要求使用密閉冷藏車（船艙），敞車短途運輸必須上蓋下墊；運輸熟肉製品應有密閉的包裝容器，專車專用。
2.改善食品的運輸條件
①儘量使用專用運輸工具、密閉容器運輸食品，裝卸過程食品不得接觸地面。
②易腐爛變質的食品應在低溫冷藏條件下運輸。
④鮮蛋的包裝容器和運輸工具要清潔、乾燥、無臭，運輸時應有防雨、防曬、防凍裝置。
3.注意裝運方法
①生熟食品、食品與非食品、易於吸收氣味的食品和有特殊氣味的食品應分開裝運。
②不要損壞包裝，使之完整良好。
另外，要提高運輸效率，儘量縮短運輸時間，根據供銷情況有計劃地調運食品，儘量避免重複拆裝和多次運輸，減少汙染機會。託運、承運食品的單位，應共同檢查，出現異常情況如運輸工具不符合衛生要求不接貨，食品不符合衛生要求不交貨。
儲存不當影響食品安全
食品儲存是以保證食品流通和再生產過程的需要為限度的，透過自身的不斷迴圈，充分發揮協調食品產、銷時間矛盾的功能。食品儲存的目的就是為了防止食品腐敗、保持食品品質、延長食品存放時間而採取的技術手段。即透過物理、化學或生物技術來改善食品的耐貯藏性及食品的儲存環境，以達到預防和抑制食品在儲存期間可能發生的腐敗變質現象，確保食品原來的色、香、味、形及營養衛生品質。
在各種外在因素中，腐敗微生物的活動是引起食品質量變化的主要原因。腐敗微生物的種類因食品的不同而異，如水果的腐敗主要是由酵母和黴菌引起的；蔬菜的腐敗主要是細菌活動引起的；鮮蛋中常見的腐敗微生物有假單胞菌、變形桿菌、產鹼桿菌、埃希桿菌、小球菌等細菌，還有毛菌、青黴等黴菌；水產品中常見的腐敗微生物有無色桿菌、不動細菌、假單胞菌、摩氏桿菌、黃色桿菌、小球菌等細菌。
相對來說，加工食品除少數產品（如熟肉、酸奶、黃油、乳酪、麵包、豆腐等）的耐貯藏效能較差之外，大多數產品則由於經過不同的加工工藝處理和完善的包裝而具有較好的耐貯藏效能，導致其變質的直接因子相對較少，主要是微生物、空氣或氧。而鮮活食物相對來說耐貯藏效能較差，導致鮮活食品食用品質下降的直接因子除了微生物、空氣和氧以外，其生命活動的繼續及體內酶的作用也是重要因子。但由於這類食品往往具有一定的自我保護功能，如鮮果蔬菜表面的蠟層及自衛反應，鮮蛋中有溶菌功能的溶菌酶的存在，反而使其的耐貯藏性較某些生鮮食品要好些。導致生鮮食品食用品質下降的直接因子除微生物、空氣、氧之外，其中所含的酶對其食用品質也有重要的影響，特別是這類食品均失去了自我保護功能，多易遭受微生物的汙染，致使其較其他食品更難以貯藏保鮮。
食品在運輸過程中，影響食品衛生質量的因素主要有：所運食品的種類；運輸時間的長短；運輸工具的衛生質量；包裝材料的質量和完整程度；是否發生腐敗變質等。中國《食品衛生法》第六條規定：“運輸和裝卸食品包裝容器、工具、裝置和條件必須符合衛生要求，防止食品汙染。”為此，食品運輸應符合以下衛生要求：
1.防止食品在運輸過程中被汙染
①運輸食品的工具、容器等應保持清潔衛生，建立健全必要的清洗消毒衛生制度。
②直接入口的食品應用專用容器加蓋運輸，以防塵、防蠅。在交接時要採用以箱換箱的方式，避免人手接觸食品。
④運輸肉品的工具、容器在每次使用前必須清洗消毒，裝卸肉品時注意操作衛生。運輸鮮肉要求使用密閉冷藏車（船艙），敞車短途運輸必須上蓋下墊；運輸熟肉製品應有密閉的包裝容器，專車專用。
2.改善食品的運輸條件
①儘量使用專用運輸工具、密閉容器運輸食品，裝卸過程食品不得接觸地面。
②易腐爛變質的食品應在低溫冷藏條件下運輸。
④鮮蛋的包裝容器和運輸工具要清潔、乾燥、無臭，運輸時應有防雨、防曬、防凍裝置。
3.注意裝運方法
①生熟食品、食品與非食品、易於吸收氣味的食品和有特殊氣味的食品應分開裝運。
②不要損壞包裝，使之完整良好。
另外，要提高運輸效率，儘量縮短運輸時間，根據供銷情況有計劃地調運食品，儘量避免重複拆裝和多次運輸，減少汙染機會。託運、承運食品的單位，應共同檢查，出現異常情況如運輸工具不符合衛生要求不接貨，食品不符合衛生要求不交貨。
儲存不當影響食品安全
食品儲存是以保證食品流通和再生產過程的需要為限度的，透過自身的不斷迴圈，充分發揮協調食品產、銷時間矛盾的功能。食品儲存的目的就是為了防止食品腐敗、保持食品品質、延長食品存放時間而採取的技術手段。即透過物理、化學或生物技術來改善食品的耐貯藏性及食品的儲存環境，以達到預防和抑制食品在儲存期間可能發生的腐敗變質現象，確保食品原來的色、香、味、形及營養衛生品質。
在各種外在因素中，腐敗微生物的活動是引起食品質量變化的主要原因。腐敗微生物的種類因食品的不同而異，如水果的腐敗主要是由酵母和黴菌引起的；蔬菜的腐敗主要是細菌活動引起的；鮮蛋中常見的腐敗微生物有假單胞菌、變形桿菌、產鹼桿菌、埃希桿菌、小球菌等細菌，還有毛菌、青黴等黴菌；水產品中常見的腐敗微生物有無色桿菌、不動細菌、假單胞菌、摩氏桿菌、黃色桿菌、小球菌等細菌。
相對來說，加工食品除少數產品（如熟肉、酸奶、黃油、乳酪、麵包、豆腐等）的耐貯藏效能較差之外，大多數產品則由於經過不同的加工工藝處理和完善的包裝而具有較好的耐貯藏效能，導致其變質的直接因子相對較少，主要是微生物、空氣或氧。而鮮活食物相對來說耐貯藏效能較差，導致鮮活食品食用品質下降的直接因子除了微生物、空氣和氧以外，其生命活動的繼續及體內酶的作用也是重要因子。但由於這類食品往往具有一定的自我保護功能，如鮮果蔬菜表面的蠟層及自衛反應，鮮蛋中有溶菌功能的溶菌酶的存在，反而使其的耐貯藏性較某些生鮮食品要好些。導致生鮮食品食用品質下降的直接因子除微生物、空氣、氧之外，其中所含的酶對其食用品質也有重要的影響，特別是這類食品均失去了自我保護功能，多易遭受微生物的汙染，致使其較其他食品更難以貯藏保鮮。