崑山火車南站與崑山南站主要區別如下：

1、二者所處地理位置不同

崑山南站地處江蘇省崑山市，位於滬寧線以南、滬寧高速公路以北，長江路西側，距離既有崑山站1.7公里，隸屬上海鐵路局蘇州站管轄，與滬寧城際並站建設，並且連線京滬高速鐵路、滬寧城際鐵路以及滬漢蓉鐵路。

具體地址：

新客站出來上柏盧路往北到中華園路左拐，沿中華園路往西800米，左手邊一個像鳥巢的建築就是崑山南站，黃山路創業路南。

崑山火車站，位於江蘇省崑山市玉山鎮，始建於1905年，東距上海市中心50公里，西鄰蘇州市區26公里，隸屬上海鐵路局蘇州站管轄，現為一等站。辦理旅客乘降；行李、包裹託運及整車、零擔貨物。

具體地址：

崑山火車站南廣場位於現有崑山站的南面，市內乘坐1路 2路 3路 11路 12路 10路 103路 105路 106路 117路 118路 120路公交車可直達崑山站。

2、設立的時間不同

崑山南站始建於2009年4月；2011年投入使用； 2015年12月進行升級改造工程；2016年8月15日完成候車室部分改造；2017年1月10日新候車室投入使用，同時轉換進出站口。

崑山站位於“交通便捷、教育發達、國際化程度高”的江蘇崑山，位於京滬鐵路、滬寧城際鐵路幹線交匯點，建於1905年。距離北京1404公里、南京290公里，東距上海站49公里，西距蘇州站36公里，隸屬中國鐵路上海局集團有限公司蘇州站管轄。現為一等站。

3、功能不同

崑山南站，屬於高鐵站，僅停靠高鐵和動車。而崑山火車站則屬於普通火車停靠站，主要停靠普通火車和K、T、Z、L開頭的火車，具體位置是在人民南路與合興路交口，分為南北廣場。