深滬灣自然保護區所發現的海底古森林遺蹟主要分佈於距海岸100m～200m外，通常水深約2～3m的潮間景區石碑帶，呈三片分佈，已發現有60餘棵以上。原始直立狀態儲存良好。據中國科學院華南植物研究所、華南農業大學和福建師範大學地理所等多家單位鑑定，這些海底古森林遺蹟以裸子植物油杉為主，夾有皂莢樹、桑樹、南亞松等多個屬種。

據多個品種14C同位素年齡測定，其年齡在距今6761±193年至距今7620±130年之間。

保護區以保護已有7000多年曆史的海底古森林遺蹟為核心，還包括海灣內的牡蠣礁和海岸自然地質地貌、名勝古蹟、防風林帶以及石圳海岸海蝕變質岩自然剖面。

目前，已發現24株古樹樁，其中22株在中潮區、2株在低潮區。最大樹樁面直徑達100釐米，最小為30釐米。樹樁露出灘面1—30釐米，時有些被沙淹沒，據地震儀測定，古樹樁埋藏部分的長度可能為20—25米。

保護區不但具有重大的科學價值，而且還是旅遊勝地。

保護區氣候條件優越，名勝古蹟甚多，在其周圍有清朝率兵統一臺灣名將”施琅博物館”，有在閩臺一帶名聞遐爾供奉媽祖娘娘的“深林寺”、“鎮海官”、“百公廟”、“崇真殿”、“寶泉庵”，有壁山棧道、煙墩山峰火臺、獅峰石刻等。

國務院1992年批准建立的保護灣海底古森林遺蹟自然保護區，其保護物件為海底古森林、杜蠣礁、海蝕變質岩等，這種型別的保護區不僅在中國獨一無二，即便在世界上也是少有的。

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