外觀
兩款手機都提供 4 個顏色可選：金色、玫瑰金色、銀色和深空灰色。iPhone SE 背面印有“SE”字樣，而 iPhone 6s 則是對應的“s”字樣。iPhone SE 後殼依然採用玻璃 金屬材質，而 iPhone 6s 則是一體成型的鋁合金機身。
螢幕
螢幕方面，iPhone SE 配備了 4 英寸的 Retina 顯示屏，解析度達到 1136 x 640，ppi 為 326。而 iPhone 6s 則搭配了 4.7 英寸的顯示屏，解析度達到 1334 x 750，ppi 同樣為 326。不過 iPhone 6s 的螢幕色準更準確，對比度達到 1400：1，而 iPhone SE 則為 800：1。兩塊螢幕的最高亮度都可以達到 500 cd/m2，全 sRGB 標準以及抗指紋抗油汙塗層。當然 iPhone 6s 還支援 3D Touch，而 iPhone SE 則不支援。
晶片
iPhone 6s 和 iPhone SE 均搭載了 64 位的 A9 晶片以及 M9 協處理器，不過究竟兩款 A9 晶片是否完全一樣，目前還無法下定論。
相機
iPhone 6s 和 iPhone SE 的主攝像頭均為 1200 萬畫素，光圈為 f/2.2，單個畫素尺寸為 1.22 微米。
電池
iPhone SE 電池容量為 1642mAh，iPhone 6s 為 1715mAh，但 iPhone SE 續航稍好於 iPhone 6s。
另外，iPhone SE 沒有氣壓計感測器，也不支援廣視角的雙域畫素（影響可視角度）。
就效能和使用性來講，6s相對較好一點，僅供參考。
外觀
兩款手機都提供 4 個顏色可選：金色、玫瑰金色、銀色和深空灰色。iPhone SE 背面印有“SE”字樣，而 iPhone 6s 則是對應的“s”字樣。iPhone SE 後殼依然採用玻璃 金屬材質，而 iPhone 6s 則是一體成型的鋁合金機身。
螢幕
螢幕方面，iPhone SE 配備了 4 英寸的 Retina 顯示屏，解析度達到 1136 x 640，ppi 為 326。而 iPhone 6s 則搭配了 4.7 英寸的顯示屏，解析度達到 1334 x 750，ppi 同樣為 326。不過 iPhone 6s 的螢幕色準更準確，對比度達到 1400：1，而 iPhone SE 則為 800：1。兩塊螢幕的最高亮度都可以達到 500 cd/m2，全 sRGB 標準以及抗指紋抗油汙塗層。當然 iPhone 6s 還支援 3D Touch，而 iPhone SE 則不支援。
晶片
iPhone 6s 和 iPhone SE 均搭載了 64 位的 A9 晶片以及 M9 協處理器，不過究竟兩款 A9 晶片是否完全一樣，目前還無法下定論。
相機
iPhone 6s 和 iPhone SE 的主攝像頭均為 1200 萬畫素，光圈為 f/2.2，單個畫素尺寸為 1.22 微米。
電池
iPhone SE 電池容量為 1642mAh，iPhone 6s 為 1715mAh，但 iPhone SE 續航稍好於 iPhone 6s。
另外，iPhone SE 沒有氣壓計感測器，也不支援廣視角的雙域畫素（影響可視角度）。
就效能和使用性來講，6s相對較好一點，僅供參考。