二戰時期日本軍隊的所作所為基本上都是違反《日內瓦公約》的事情，尤其是在侵華戰場上，顯然易見的就是日本人在中國戰場上的“三光政策”，燒光、殺光、搶光。只要是在二戰期間，日本軍隊所到過的地方，就沒有不違反國際公約的事情，下面就事論事詳細說一下。

根據1899年海牙第2公約和1907年海牙第4公約附件中以及之後的日內瓦第四公約來看，禁止殺害、脅迫、虐待和驅逐和平居民；禁止體罰和酷刑等。很顯然日軍的731部隊是違反了保護平民這一公約的，日軍不僅在中國戰場發動細菌戰，並且還在中國東北地區將華人、北韓人以及戰俘進行生化武器與化學武器等種種非人道的實驗，迫害了3000餘人（查有名字）。

主要實驗有活體解剖、手榴彈試驗、凍傷試驗、火焰噴射器試驗、鼠疫試驗、人體四肢互換試驗等等，這一系列的非人道試驗不僅沒有使731部隊的官兵們有任何罪惡感，反而還使得他們的人體試驗更加慘無人道。

眾所周知，根據國際公約的規定對於戰俘應給予人道待遇並保證戰俘的生命安危，不得命令戰俘從事危險性和屈辱性的勞動；戰事停止後，應立即釋放或遣返戰俘，不得遲延。

但是日本人從來就不遵守什麼國際公約，在攻破南京城之後，日本人不但沒有給予戰俘應有的人道待遇，反而更是變本加厲。在南京城內燒殺搶掠，無惡不作，連平民百姓也不放過，甚至還舉行“殺人競賽”，共有中國軍民三十餘萬人死於日寇的屠刀與槍口之下。

二戰期間就連日本的盟國，納粹德國都遵守不射殺交戰雙方醫護人員的規定，但是日本又一次違反了此條公約。在硫磺島戰役期間，日軍守島指揮官粟林忠道就要求每一個日本士兵要首先射殺鋼盔上帶有紅十字標誌的美國軍醫，致使美軍在登島期間由於軍醫的損失導致美國士兵傷亡慘重。

二戰中國戰場上，例如武漢空戰、南京空戰、成都空戰、杭州空戰等，日軍飛行員就公然違反國際公約，強行射殺已經跳傘的中國空軍飛行員。在1937年至1938年前後，就有十幾名已經跳傘的飛行員被日軍射殺。

二戰日軍根本沒拿國際公約當回事，南京大屠殺和731部隊更是反人類的罪行，當然說到國際公約的約束性，只是一個大家自覺遵守的東西而已，並沒有強制約束力，而這些公約的內容，只要涉及到日本的，二戰日軍基本全違反了。 事實上二戰之前國際上早有對待戰俘和戰時平民的國際法。按照國際法規定，在交戰時期，交戰雙方對於已經放下武器的戰俘，對停止抵抗的戰俘和手無寸鐵的平民百姓給予人身權益保護，保護他們的生命權不得傷害，保護他們的人格權不得侮辱，保護他們個人財產權不得查抄。

在國際法中，強調保護平民由來已久。殺害俘虜和平民一直被認為是違反國際法要求的行為。 國際法條約依據主要是1899年到1907年之間形成的“海牙公約”體系和1929年的“日內瓦公約”體系。 海牙體系主要規範戰鬥員在作戰時所使用的武器和戰鬥的方式，就是通常講的禁止使用的作戰手段和方法。 南京大屠殺侵犯人權最重要的特徵就是屠殺虐待佔領區的平民，屠殺虐待戰俘，姦淫婦女和搶掠等行徑。海牙公約體系對保護戰俘有專門的規定，海牙公約體系對保護平民人權規定雖不具體，但它從規定戰爭手段的使用加以限制等方面，體現出了對平民保護的精神。

日內瓦公約體系的雛形形成於1929年，它強調，在交戰當中需要保護的物件，如平民、婦女和兒童、醫院，或者危險裝置電站、大壩等，強調對無辜者的保護。日內瓦公約體系以習慣國際法規則的形式對交戰國具有約束力。 有人以有些軍隊混入平民中提供庇護無法辨認為由為侵華日軍南京大屠殺辯護，這些說法在法律上是根本站不住腳的。習慣國際法規則規定，交戰中攻擊物件上要注意區分，即使軍隊混入平民中，也要採取一切方式進行甄別，不能集體屠殺。侵華日軍使用刺刀等武器的方式給人造成極度的痛苦，集體屠殺的方式無法甄別平民和戰鬥人員，毫無疑問會傷害平民。日軍佔領南京期間肆無忌憚殺害如此大量的平民、戰俘，無論從戰前還是戰後的觀點來看，都可以說是人類歷史上最大的一次違反國際法規則尤其是人權和人道保護規則的事件。