1. 音讀/訓讀分別 2. 同字多個音讀 3. 同字多個訓讀 4.音變現象
第一種，音讀/訓讀分別，難點主要在兩個以上的漢字組合後是按音讀還是按訓讀來發音，比如在初學時常用來舉例的生物（せいぶつ）和生物（なまもの、いきもの），以及接頭、接尾詞在組合中的發音，尤其是音讀詞彙+訓讀詞綴（如血液型けつえきがた），或是訓讀詞彙+音讀詞綴（如申込書もうしこみしょ）這種。
對於“生物”這一類的問題，採用訓讀的一般是能從口語中自然組合出來的概念，很多都可以把字拆成一句話，比如動詞+動詞複合（動詞是連用形，如申し込み），以及名詞＋動詞（動賓結構，可以加を），動詞/形容詞+名詞（修飾結構，可以在中間加振り仮名），名詞+名詞（限定結構，可以加の）。而採用音讀的一般是非口語自然產生，而是抽象地形容、描述某一個事物、動作、狀態的詞語，尤其是近代以來為了翻譯西方事物而創造的大量抽象性詞彙。音讀詞彙中的字很多時候無法連線成一個短語，甚至會出現違背日語規律的詞語，如結婚、帰宅、禁煙、乗車這種動+賓語序的短語。另外對於名詞+名詞構成的詞語，一般並列結構的短語也習慣說成音讀（否則容易理解為中間有の），比如初學時常見的形容方位時的東ひがし＋南みなみ，並列時要變成東南とうなん。
但是這個並不是絕對的規律，現實中兩個字組合時按音讀發音的機率還是比按訓讀發音要大，尤其是有些習慣上應該是訓讀的詞語最後演變成了音讀，比如心得り（こころえり）是訓讀，心配り（こころくばり）卻變成了音讀しんぱい。所以對於記憶來說，把按訓讀發音的詞語特別拿出來記就行了，尤其要重點關注一些意義比較基礎的漢字，比如名詞的本、目、方、身、人、物、場、所等，動詞的行、見、合等（行在複合詞中一般讀ゆき），形容詞的大、小、高、長等，這些都是比較容易出現訓讀詞語的字。另外接頭、接尾詞的音/訓讀一般是比較固定的，只要記住其發音一般都可以類推，不論它們接的中心詞是音讀還是訓讀。
第二種，同一漢字不同音讀，這個分兩種情況：
其一是漢字在漢語的演變歷程中本來便有兩個獨立存在、含義不相干的發音，比如樂的le和yue，覺的jué和jiào，率的shuài和lǜ，這在漢語和日語中都不常見（現代漢語中絕大多數不同音的多音字是單一發音的語音演變或文字的假借導致的）。日語中楽的らく和がく，率的そつ和りつ，區別和漢語完全一樣，而覚的jiào音基本沒有引進。這個應該沒有什麼區分的難度。
其二是所謂的“吳音”和“漢音”區別，這個其實沒有必要關注這些術語，你需要記住的是，哪個讀音早，哪個讀音晚？（吳音早，漢音晚）直觀上可以判斷，出現得比較早的概念，典型如古典文化術語或佛教術語，比較可能發吳音，而出現得比較晚的概念，尤其是近代引進西方外來概念創造的新詞，以及用於翻譯西方的人文和自然科學詞語而創造的術語，就很大可能要發更晚的漢音。比如人間／人類，兩個詞意義相近，但“人間”是佛教術語，出現得早，所以人發にん，而“人類”顯然是近代的科學術語，所以人發じん。
然後，最好能夠從一個讀音中辨別出吳音還是漢音，兩者各自的特徵還是挺好記的，要結合兩種發音的例項對比來記住基本規律：
1)拗音長音為吳音，清音長音為漢音，如：行 ぎょう‐こう 生 しょう‐せい
2)鼻音聲母為吳音，濁音聲母為漢音，如：人 にん‐じん 物 もつ‐ぶつ
3)さ、た行聲母，濁音為吳音，清音為漢音，如：大 だい‐たい 地 じ‐ち
4)入聲ち韻尾是吳音，つ韻尾是漢音；yaku尾是吳音，eki尾是漢音；iki尾是吳音，yoku尾是漢音（這兩個正好相反），如：日 にち‐じつ 役 やく‐えき 力 りき‐りょく。
同樣，吳音和漢音的規律也不是絕對的，但一般來說，當兩者存在區別時，其中一個會是主流發音（多數是漢音），而另一個的數量相對較少，所以只要專門記憶數量較少的特例就行了。當然也有像“大”字的だい和たい這樣幾乎是各佔一半且看不出什麼規律的（然後還有一堆讀おお的），這個就只能死記了。實際來說上面四條規則裡面的3)，即濁音和清音的吳音漢音分別一般會比較反早晚規律。
第三種，同一漢字不同訓讀，這個作為華人來說應該沒什麼困難，因為即便不同訓讀也不會脫離漢字在漢語中的含義太多。而且訓讀有一個好處是，容易出現一字多訓的一般都是非常基本的字，而這些字所對應的訓讀音通常還會存在幾個比較高階的漢字（動詞訓讀最常見），對於華人來說，多把訓讀發音放到輸入法中檢驗，藉助輸入法提供的其他同訓字就可以很容易區分一字多訓的用法了。常見的一字多訓，比如上、下、生、空、閉等，這些應該都不難掌握。不過要注意同音訓做不同字時不一定會表示同一個意思，但一字多訓的字在其訓讀中一般會有一個映象字存在。
也有一個字多訓讀但意思差不多的（可能還是有很微妙的差別），比如好く和好む，幸い和幸せ這種，這種就只能結合實際應用來區分了，不過一般考試之類的不會在這上面死摳。也有些是一個字除了常用訓讀音之外還有某個比較生僻的冷門訓讀法，這個訓讀有可能完全是一個意思，也有可能會是某個非常生僻的含義，這種一般也不需要去記。
訓讀還有一種情況是所謂熟字訓，即下手へた、明日あした、お土産おみやげ、吹雪ふぶき、流行る‐はやる等無法按單個漢字來標音的情況，這些也就只能死記了。一般出現熟字訓的都是一些比較日常的事物，按常理來說應該直接用一個漢字來表示，但有些事物實在找不到一個漢字來精確概括，於是就只能多用一個漢字了。這個其實先完全無視漢字，記住假名部分的讀法，看到漢字時把它當一個整體來認讀就行了，畢竟熟字訓的情況還是很少見。另外，與熟字訓相反的是多個訓讀概念複合後按一個漢字來表記，比如遡る‐さかのぼる，承る‐うけたまわる等。
第四種，音變問題，一般就是促音便和濁音便，這個就不細說了，網上有很多文章討論。這兩個都有一定規律，但有都有特例存在。音讀的音變一般比訓讀的音變有規律，比如促音和濁音不能共存（包括轉外來語時也適用），か行和さ、た、は行碰到時一般不促音便（用語音學的概念解釋就是前音在舌根後音在舌尖/嘴唇，發音通道還是暢通的），漢音的音讀一般不出現濁化，這些規律還是比較普遍的。
1. 音讀/訓讀分別 2. 同字多個音讀 3. 同字多個訓讀 4.音變現象
第一種，音讀/訓讀分別，難點主要在兩個以上的漢字組合後是按音讀還是按訓讀來發音，比如在初學時常用來舉例的生物（せいぶつ）和生物（なまもの、いきもの），以及接頭、接尾詞在組合中的發音，尤其是音讀詞彙+訓讀詞綴（如血液型けつえきがた），或是訓讀詞彙+音讀詞綴（如申込書もうしこみしょ）這種。
對於“生物”這一類的問題，採用訓讀的一般是能從口語中自然組合出來的概念，很多都可以把字拆成一句話，比如動詞+動詞複合（動詞是連用形，如申し込み），以及名詞＋動詞（動賓結構，可以加を），動詞/形容詞+名詞（修飾結構，可以在中間加振り仮名），名詞+名詞（限定結構，可以加の）。而採用音讀的一般是非口語自然產生，而是抽象地形容、描述某一個事物、動作、狀態的詞語，尤其是近代以來為了翻譯西方事物而創造的大量抽象性詞彙。音讀詞彙中的字很多時候無法連線成一個短語，甚至會出現違背日語規律的詞語，如結婚、帰宅、禁煙、乗車這種動+賓語序的短語。另外對於名詞+名詞構成的詞語，一般並列結構的短語也習慣說成音讀（否則容易理解為中間有の），比如初學時常見的形容方位時的東ひがし＋南みなみ，並列時要變成東南とうなん。
但是這個並不是絕對的規律，現實中兩個字組合時按音讀發音的機率還是比按訓讀發音要大，尤其是有些習慣上應該是訓讀的詞語最後演變成了音讀，比如心得り（こころえり）是訓讀，心配り（こころくばり）卻變成了音讀しんぱい。所以對於記憶來說，把按訓讀發音的詞語特別拿出來記就行了，尤其要重點關注一些意義比較基礎的漢字，比如名詞的本、目、方、身、人、物、場、所等，動詞的行、見、合等（行在複合詞中一般讀ゆき），形容詞的大、小、高、長等，這些都是比較容易出現訓讀詞語的字。另外接頭、接尾詞的音/訓讀一般是比較固定的，只要記住其發音一般都可以類推，不論它們接的中心詞是音讀還是訓讀。
第二種，同一漢字不同音讀，這個分兩種情況：
其一是漢字在漢語的演變歷程中本來便有兩個獨立存在、含義不相干的發音，比如樂的le和yue，覺的jué和jiào，率的shuài和lǜ，這在漢語和日語中都不常見（現代漢語中絕大多數不同音的多音字是單一發音的語音演變或文字的假借導致的）。日語中楽的らく和がく，率的そつ和りつ，區別和漢語完全一樣，而覚的jiào音基本沒有引進。這個應該沒有什麼區分的難度。
其二是所謂的“吳音”和“漢音”區別，這個其實沒有必要關注這些術語，你需要記住的是，哪個讀音早，哪個讀音晚？（吳音早，漢音晚）直觀上可以判斷，出現得比較早的概念，典型如古典文化術語或佛教術語，比較可能發吳音，而出現得比較晚的概念，尤其是近代引進西方外來概念創造的新詞，以及用於翻譯西方的人文和自然科學詞語而創造的術語，就很大可能要發更晚的漢音。比如人間／人類，兩個詞意義相近，但“人間”是佛教術語，出現得早，所以人發にん，而“人類”顯然是近代的科學術語，所以人發じん。
然後，最好能夠從一個讀音中辨別出吳音還是漢音，兩者各自的特徵還是挺好記的，要結合兩種發音的例項對比來記住基本規律：
1)拗音長音為吳音，清音長音為漢音，如：行 ぎょう‐こう 生 しょう‐せい
2)鼻音聲母為吳音，濁音聲母為漢音，如：人 にん‐じん 物 もつ‐ぶつ
3)さ、た行聲母，濁音為吳音，清音為漢音，如：大 だい‐たい 地 じ‐ち
4)入聲ち韻尾是吳音，つ韻尾是漢音；yaku尾是吳音，eki尾是漢音；iki尾是吳音，yoku尾是漢音（這兩個正好相反），如：日 にち‐じつ 役 やく‐えき 力 りき‐りょく。
同樣，吳音和漢音的規律也不是絕對的，但一般來說，當兩者存在區別時，其中一個會是主流發音（多數是漢音），而另一個的數量相對較少，所以只要專門記憶數量較少的特例就行了。當然也有像“大”字的だい和たい這樣幾乎是各佔一半且看不出什麼規律的（然後還有一堆讀おお的），這個就只能死記了。實際來說上面四條規則裡面的3)，即濁音和清音的吳音漢音分別一般會比較反早晚規律。
第三種，同一漢字不同訓讀，這個作為華人來說應該沒什麼困難，因為即便不同訓讀也不會脫離漢字在漢語中的含義太多。而且訓讀有一個好處是，容易出現一字多訓的一般都是非常基本的字，而這些字所對應的訓讀音通常還會存在幾個比較高階的漢字（動詞訓讀最常見），對於華人來說，多把訓讀發音放到輸入法中檢驗，藉助輸入法提供的其他同訓字就可以很容易區分一字多訓的用法了。常見的一字多訓，比如上、下、生、空、閉等，這些應該都不難掌握。不過要注意同音訓做不同字時不一定會表示同一個意思，但一字多訓的字在其訓讀中一般會有一個映象字存在。
也有一個字多訓讀但意思差不多的（可能還是有很微妙的差別），比如好く和好む，幸い和幸せ這種，這種就只能結合實際應用來區分了，不過一般考試之類的不會在這上面死摳。也有些是一個字除了常用訓讀音之外還有某個比較生僻的冷門訓讀法，這個訓讀有可能完全是一個意思，也有可能會是某個非常生僻的含義，這種一般也不需要去記。
訓讀還有一種情況是所謂熟字訓，即下手へた、明日あした、お土産おみやげ、吹雪ふぶき、流行る‐はやる等無法按單個漢字來標音的情況，這些也就只能死記了。一般出現熟字訓的都是一些比較日常的事物，按常理來說應該直接用一個漢字來表示，但有些事物實在找不到一個漢字來精確概括，於是就只能多用一個漢字了。這個其實先完全無視漢字，記住假名部分的讀法，看到漢字時把它當一個整體來認讀就行了，畢竟熟字訓的情況還是很少見。另外，與熟字訓相反的是多個訓讀概念複合後按一個漢字來表記，比如遡る‐さかのぼる，承る‐うけたまわる等。
第四種，音變問題，一般就是促音便和濁音便，這個就不細說了，網上有很多文章討論。這兩個都有一定規律，但有都有特例存在。音讀的音變一般比訓讀的音變有規律，比如促音和濁音不能共存（包括轉外來語時也適用），か行和さ、た、は行碰到時一般不促音便（用語音學的概念解釋就是前音在舌根後音在舌尖/嘴唇，發音通道還是暢通的），漢音的音讀一般不出現濁化，這些規律還是比較普遍的。