宏觀審慎監管與微觀審慎監管的區別主要顯現在不同的監管目標以及由此而採取的不同監管措施上。宏觀審慎監管的目標是防範系統性風險，維護金融體系的整體穩定，防止經濟增長(如GDP)受影響；而微觀審慎監管的目的在於控制個體金融機構或行業的風險，保護投資者利益。

在監管內容上，宏觀審慎監管側重在對金融機構的整體行為以及金融機構之間相互影響力的監管上，同時關注宏觀經濟的不穩定因素；而微觀審慎監管側重於對金融機構的個體行為和風險偏好的監管。從具體監管物件上看，宏觀審慎監管更關注具有系統重要性金融機構(如銀行和金融集團)的行為，金融市場整體趨勢及其與宏觀經濟的相互影響；而微觀審慎監管則更關注於具體金融機構的合規與風險暴露情況，避免使投資者和儲戶等個體遭受不應有的損失等事件。

良好的宏觀與微觀審慎監管可以相互促進，增強彼此的監管效果。比如，對於銀行的信用風險敞口監管，微觀審慎監管措施會關注該銀行信貸資產的集中度和相關放貸政策，而宏觀審慎監管措施則會關注銀行業整體的信貸規模及其與有關資產價格的關係，並據以判斷銀行體系是否正在積累信用風險。由於宏觀審慎與微觀審慎監管的目標不完全一致，宏觀與微觀審慎監管手段也會大相庭徑，比如宏觀審慎監管會因為強調整體的穩定性而忽略對個體利益的保護，而微觀審慎監管則相反，首先關注的是個體風險控制。