結局目前在網上還沒有看到,不過目前就我所知,有兩個合理的版本,與你分享一下,不知道你喜歡哪一個
版本一:
隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的龐大而拜託國際刑警插手。在日本警方及柯南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工藤新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其製作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團……
柯南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云。內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織一直得到政府暗中支援而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出柯南是新一的秘密，交給柯南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。柯南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場……
蘭趕到現場，正碰到Gin要柯南留遺言。柯南對蘭道出真相併表白後Gin開槍，蘭替柯南擋下子彈。哀對此震驚不已……柯南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺柯南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插在組織裡的間諜，原來美國也想控制組織。基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議柯南變回新一來喚醒蘭，柯南只好如此。而柯南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道柯南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和柯南的照片垂淚……
版本二:
柯南大結局:498話（2小時半特輯）內容完全披露
柯南結局498話（2小時半特輯）內容完全披露：
《銀色子彈的怒吼－賭上偵探之名的決意！》
第一部分：江戶川文代二度現身
江戶川文代又一次來到毛利偵探所，說要帶柯南去遊樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用手槍控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！
柯南在慌張中還是利用麻醉槍射中了偽裝成文代的敵人，在車子衝下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。
與此同時Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究APTX4869解毒藥的資料資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那裡救了大家，但Vodka還是逃走了。並說組織在等著工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了一張寫明一切的磁碟讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁碟被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過一死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳裡的毛利呈現出沉睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著“工藤新一”“柯南”“黑衣組織”等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現出他真正的實力，透過柯南留下的磁碟資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，FBI特工赤井秀一來到同事Judy家，意外的發現了的柯南的磁碟。他偷偷的把磁碟取回了家。秀一解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後面擊昏。
而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰！
第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀一被Judy帶回了組織。Gin威脅秀一加入組織，最後的考慮時間為2小時。
因為有了哀的資料和配合。兩小時之後，組織的藥物資料計算終於就可以完成。也就是傳說中的“同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人復活”藥物的完成。
在世界的另一邊，工藤優作和美希子也收到了博士的訊息。優作第一次讓美希子進入了他的密室，原來這裡就是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個用來收集資料的幌子。
工藤優作和美希子明白決戰的時刻已經來臨。收拾裝備之時，前門突然出現了意外的訪客--目暮警官。
目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優作驚訝的發現到來的客人居然是自己從學生時代便結交的死黨，自己還當了他兒子的教父！
他就是曾經揚名世界的偉大魔術家--黑羽先生！
優作看見10年前已經被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優作，自己這十年也一直在獨自對著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快鬥在世界範圍內尋找一塊特殊的寶石。而就在今天快鬥卻給他發來了代表最後決戰的訊息：關於寶石、新一、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這裡召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。
這裡是另外一個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間裡侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密資料時，柯南意外的被人從後面擊昏，那個人居然又是Gin。
得到部份資料的阿笠博士將大家所擁有的資訊整理到了一起，由優作和小五郎一起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老闆可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的一部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！
而美國政府也早有察覺了這一點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想透過操作組織來控制日本。
當分析出這一結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。
關押赤井秀一的房門突然開啟，走進來的是--“Sherry”。
第五部份：接近
畫面在赤井秀一的回憶中展開。他居然是宮野志保的童年最珍貴的夥伴，是唯一願意和宮野志保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀一才在第一眼就解開了哀身份的迷題。
哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀一，條件是要他永遠不要再回到這裡。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀一為救哀而死，留下遺言：“無論在那個世界，你叫什麼名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的槍口指向了哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了一群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新一的呼喚，蘭終於爆發奧義，一擊之下擊倒了號稱不敗的風間。
Judy正要槍殺哀時，Gin突然出現了，把槍口對準Judy。他命令Judy放下槍，並說哀對組織還有用。Judy奇怪的問：“不是你要我到這裡來殺死她的嗎？”Gin突然扣動扳機，一張撲克牌打中了Judy的手。原來這個Gin是基德扮成的。基德讓哀先去救柯南，自己在這裡看著Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而這一切都被組織內部的攝像機拍攝到了。
這時優作也已經趕到了東京，越來越多的資訊彙集起來，在他的特殊計算機分析下顯示出了一個結論。優作看著螢幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一個
Gin和Vodka不知去向，哀順利的找到了柯南。原來在地下還有組織的列車，兩人乘著封閉的列車來到了組織的“聖殿”。
聖殿的正前方是一塊巨型液晶牆，上面出現的居然是前首相吉田的臉，他神色猙獰的說出一切。
秘密被完全的解開：基德和他的父親黑羽之所以以寶石為目標，並不是因為寶石值錢的原因，而是因為其中的一塊寶石並非出於地球，而是來自銀河系之外！它特殊的物質可以放出特殊的射線，改變細胞的分裂成長方向，從而讓細胞獲得永恆的生命！
為了在黑暗組織之前找到寶石，黑羽本人假裝葬身雪地，讓自己的兒子扮演怪盜來尋找寶石。但基德卻也一直沒能找到它。因為寶石很早就已經落入了黑衣組織之手，也正是在寶石射線的啟發下，黑衣組織才開始了“不死藥”的計劃。
但又因為想要合理的釋放出寶石的能量必須解開特殊的方程，需要設計出高階的程式來計算射線的不同狀態，組織於是才在世界範圍內招募最一流的電腦程式設計師。
螢幕上吉田所有的話被阿笠博士用無線電傳給了外面的毛利等人，大家都非常驚訝。哀說：“不要再躲躲藏藏了，快出來和我們一決勝負吧。”
“恐怕他是不會出來的。”柯南低下頭，眼鏡閃著銀色的光芒說出了令人震驚的話：“因為他早就死了。”
第七部份：人的戰鬥
柯南完美無暇的推理出了不可思議的結果：吉田首相早在5年前就死去了，殺手正是這個地方的安全保衛系統。也就是說，現在黑衣組織的最高頭腦，就是這臺具有人工智慧的電腦而已，它以利益時間比最大化的程式來發布組織的命令。
螢幕上的吉田哈哈大笑承認自己的身體的確因為心臟病而失去功能，但自己的腦組織結構和DNA資料被完整的儲存在的超級計算機中。只要方程能夠被解開，自己就能獲得重生。這時電腦突然顯示射線的方程被解開了，重塑吉田的工程開始。
這時大殿的頂棚突然開啟，地面升了起來。柯南發現他們居然到了在停K在東京灣的巨輪甲板上。原來這艘作為黑衣組織大腦的巨輪長期飄蕩在太平洋中央，用通訊衛星來操縱世界各地的成員。
站在甲板上迎接他們的是持槍而立的Gin。
Gin向柯南扣動了扳機。
第八部份：江戶川柯南VS工藤新一
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨輪的自動排外系統啟動。目標是一切生命體，Gin被桅杆的狙擊槍射中，一發又一發直到確認心臟停止。
柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。
天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的藥丸，世界上唯一的一顆APTX4869解藥。
“柯南，好想永遠和你在一起。但我們沒有機會了吧。”哀握著解藥的手伸向柯南的臉：“吃下去吧。”
“笨蛋！這顆解藥只要得救之後分析成分就能複製了啊！”柯南抱緊了哀。
“不要。”哀突然大聲的咳嗽起來，在一瞬間把藥塞進柯南的嘴裡。“你還不明白嗎？”哀看著柯南意外的吞下藥丸，緩緩露出笑臉：“這是科學和推理無法解釋的問題呢！”哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：“不是工藤新一。我愛的人，是江戶川柯南。”
“哀--”藥物和心意一起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。
優作和小五郎在突然之間靈光一閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸，我們的約定
人類擊潰一切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的“愛”。“愛”就是科學與邏輯永遠無法解釋的程式。
工藤優作傳送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢位的計算以及以及無法模擬程式方式而最終崩潰。巨輪倒數五分鐘的自爆裝置開始啟動。新一在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：“新一！新一！”還有直升機的聲音。
一切都結束了：巨輪在太陽昇起的時候爆炸了。
新一坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：“江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀一起去了屬於他們的幸福花園。而我……”他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。
“終於實現了，我們的約定！”新一把蘭緊緊的抱在懷裡，很久很久。
新一突然看見站在遠處朝霞裡的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家一起，但腳步又突然停住。新一緩緩的轉過身去，用只有自己能聽見的聲音說：“大家，再見了。”
他慢慢的往另一邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。一顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。
新一聽見步美的聲音：
“再見了，柯南同學。”
結局目前在網上還沒有看到,不過目前就我所知,有兩個合理的版本,與你分享一下,不知道你喜歡哪一個
版本一:
隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的龐大而拜託國際刑警插手。在日本警方及柯南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工藤新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其製作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團……
柯南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云。內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織一直得到政府暗中支援而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出柯南是新一的秘密，交給柯南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。柯南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場……
蘭趕到現場，正碰到Gin要柯南留遺言。柯南對蘭道出真相併表白後Gin開槍，蘭替柯南擋下子彈。哀對此震驚不已……柯南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺柯南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插在組織裡的間諜，原來美國也想控制組織。基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議柯南變回新一來喚醒蘭，柯南只好如此。而柯南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道柯南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和柯南的照片垂淚……
版本二:
柯南大結局:498話（2小時半特輯）內容完全披露
柯南結局498話（2小時半特輯）內容完全披露：
《銀色子彈的怒吼－賭上偵探之名的決意！》
第一部分：江戶川文代二度現身
江戶川文代又一次來到毛利偵探所，說要帶柯南去遊樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用手槍控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！
柯南在慌張中還是利用麻醉槍射中了偽裝成文代的敵人，在車子衝下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。
與此同時Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究APTX4869解毒藥的資料資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那裡救了大家，但Vodka還是逃走了。並說組織在等著工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了一張寫明一切的磁碟讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁碟被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過一死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳裡的毛利呈現出沉睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著“工藤新一”“柯南”“黑衣組織”等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現出他真正的實力，透過柯南留下的磁碟資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，FBI特工赤井秀一來到同事Judy家，意外的發現了的柯南的磁碟。他偷偷的把磁碟取回了家。秀一解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後面擊昏。
而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰！
第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀一被Judy帶回了組織。Gin威脅秀一加入組織，最後的考慮時間為2小時。
因為有了哀的資料和配合。兩小時之後，組織的藥物資料計算終於就可以完成。也就是傳說中的“同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人復活”藥物的完成。
在世界的另一邊，工藤優作和美希子也收到了博士的訊息。優作第一次讓美希子進入了他的密室，原來這裡就是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個用來收集資料的幌子。
工藤優作和美希子明白決戰的時刻已經來臨。收拾裝備之時，前門突然出現了意外的訪客--目暮警官。
目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優作驚訝的發現到來的客人居然是自己從學生時代便結交的死黨，自己還當了他兒子的教父！
他就是曾經揚名世界的偉大魔術家--黑羽先生！
優作看見10年前已經被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優作，自己這十年也一直在獨自對著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快鬥在世界範圍內尋找一塊特殊的寶石。而就在今天快鬥卻給他發來了代表最後決戰的訊息：關於寶石、新一、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這裡召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。
這裡是另外一個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間裡侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密資料時，柯南意外的被人從後面擊昏，那個人居然又是Gin。
得到部份資料的阿笠博士將大家所擁有的資訊整理到了一起，由優作和小五郎一起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老闆可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的一部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！
而美國政府也早有察覺了這一點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想透過操作組織來控制日本。
當分析出這一結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。
關押赤井秀一的房門突然開啟，走進來的是--“Sherry”。
第五部份：接近
畫面在赤井秀一的回憶中展開。他居然是宮野志保的童年最珍貴的夥伴，是唯一願意和宮野志保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀一才在第一眼就解開了哀身份的迷題。
哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀一，條件是要他永遠不要再回到這裡。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀一為救哀而死，留下遺言：“無論在那個世界，你叫什麼名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的槍口指向了哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了一群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新一的呼喚，蘭終於爆發奧義，一擊之下擊倒了號稱不敗的風間。
Judy正要槍殺哀時，Gin突然出現了，把槍口對準Judy。他命令Judy放下槍，並說哀對組織還有用。Judy奇怪的問：“不是你要我到這裡來殺死她的嗎？”Gin突然扣動扳機，一張撲克牌打中了Judy的手。原來這個Gin是基德扮成的。基德讓哀先去救柯南，自己在這裡看著Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而這一切都被組織內部的攝像機拍攝到了。
這時優作也已經趕到了東京，越來越多的資訊彙集起來，在他的特殊計算機分析下顯示出了一個結論。優作看著螢幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一個
Gin和Vodka不知去向，哀順利的找到了柯南。原來在地下還有組織的列車，兩人乘著封閉的列車來到了組織的“聖殿”。
聖殿的正前方是一塊巨型液晶牆，上面出現的居然是前首相吉田的臉，他神色猙獰的說出一切。
秘密被完全的解開：基德和他的父親黑羽之所以以寶石為目標，並不是因為寶石值錢的原因，而是因為其中的一塊寶石並非出於地球，而是來自銀河系之外！它特殊的物質可以放出特殊的射線，改變細胞的分裂成長方向，從而讓細胞獲得永恆的生命！
為了在黑暗組織之前找到寶石，黑羽本人假裝葬身雪地，讓自己的兒子扮演怪盜來尋找寶石。但基德卻也一直沒能找到它。因為寶石很早就已經落入了黑衣組織之手，也正是在寶石射線的啟發下，黑衣組織才開始了“不死藥”的計劃。
但又因為想要合理的釋放出寶石的能量必須解開特殊的方程，需要設計出高階的程式來計算射線的不同狀態，組織於是才在世界範圍內招募最一流的電腦程式設計師。
螢幕上吉田所有的話被阿笠博士用無線電傳給了外面的毛利等人，大家都非常驚訝。哀說：“不要再躲躲藏藏了，快出來和我們一決勝負吧。”
“恐怕他是不會出來的。”柯南低下頭，眼鏡閃著銀色的光芒說出了令人震驚的話：“因為他早就死了。”
第七部份：人的戰鬥
柯南完美無暇的推理出了不可思議的結果：吉田首相早在5年前就死去了，殺手正是這個地方的安全保衛系統。也就是說，現在黑衣組織的最高頭腦，就是這臺具有人工智慧的電腦而已，它以利益時間比最大化的程式來發布組織的命令。
螢幕上的吉田哈哈大笑承認自己的身體的確因為心臟病而失去功能，但自己的腦組織結構和DNA資料被完整的儲存在的超級計算機中。只要方程能夠被解開，自己就能獲得重生。這時電腦突然顯示射線的方程被解開了，重塑吉田的工程開始。
這時大殿的頂棚突然開啟，地面升了起來。柯南發現他們居然到了在停K在東京灣的巨輪甲板上。原來這艘作為黑衣組織大腦的巨輪長期飄蕩在太平洋中央，用通訊衛星來操縱世界各地的成員。
站在甲板上迎接他們的是持槍而立的Gin。
Gin向柯南扣動了扳機。
第八部份：江戶川柯南VS工藤新一
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨輪的自動排外系統啟動。目標是一切生命體，Gin被桅杆的狙擊槍射中，一發又一發直到確認心臟停止。
柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。
天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的藥丸，世界上唯一的一顆APTX4869解藥。
“柯南，好想永遠和你在一起。但我們沒有機會了吧。”哀握著解藥的手伸向柯南的臉：“吃下去吧。”
“笨蛋！這顆解藥只要得救之後分析成分就能複製了啊！”柯南抱緊了哀。
“不要。”哀突然大聲的咳嗽起來，在一瞬間把藥塞進柯南的嘴裡。“你還不明白嗎？”哀看著柯南意外的吞下藥丸，緩緩露出笑臉：“這是科學和推理無法解釋的問題呢！”哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：“不是工藤新一。我愛的人，是江戶川柯南。”
“哀--”藥物和心意一起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。
優作和小五郎在突然之間靈光一閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸，我們的約定
人類擊潰一切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的“愛”。“愛”就是科學與邏輯永遠無法解釋的程式。
工藤優作傳送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢位的計算以及以及無法模擬程式方式而最終崩潰。巨輪倒數五分鐘的自爆裝置開始啟動。新一在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：“新一！新一！”還有直升機的聲音。
一切都結束了：巨輪在太陽昇起的時候爆炸了。
新一坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：“江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀一起去了屬於他們的幸福花園。而我……”他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。
“終於實現了，我們的約定！”新一把蘭緊緊的抱在懷裡，很久很久。
新一突然看見站在遠處朝霞裡的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家一起，但腳步又突然停住。新一緩緩的轉過身去，用只有自己能聽見的聲音說：“大家，再見了。”
他慢慢的往另一邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。一顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。
新一聽見步美的聲音：
“再見了，柯南同學。”