反艦導彈按速度可分為亞音速和超音速兩大類，對於反艦導彈到底是發展亞音速好，還是發展超音速好一直爭論比較多，不同國家的發展偏重點有所不同。對於超音速反艦導彈來說，它的優點有反應速度快、突防能力強、對方難以攔截等，但它的缺點也很明顯，主要有下面幾點：

首先是超音速反艦導彈的低空隱蔽突襲距離短，抗干擾難度大。超音速反艦導彈一般採用液體燃料衝壓發動機，有利巡航飛行高度在14～15千米，最大巡航飛行速度可達到M2.8～3.5，但高空巡航卻容易暴露目標；超音速反艦導彈採用低空掠海突防可大幅壓縮目標反應時間，但也會壓縮彈載控制系統的反應時間，當導彈面對自然干擾和電子對抗時，彈載系統的識別和抗干擾難度更大，資料處理技術難度很大。

圖注：日本的XASM-3超音速反艦導彈

其次是隱身效能差。超音速反艦導彈的速度有利於削弱遠端攔截彈的效能，但高迎頭速度卻有比亞音速導彈強得多的多普勒效應，艦載搜尋雷達準確跟蹤的距離要比跟蹤亞音速導彈更大，會明顯增加艦載指令制導點防空導彈的瞄準距離，隱身效能變得不好。

第三是升級改造空間小。超音速反艦導彈的氣動與動力關係較嚴格，本身的尺寸和重量就很大，彈體在效能改進中可做改動的結構又不多，全彈推比、重心位置和翼面力矩要求高，氣動設計和各艙段比例很難進行調整，因而在升級、改造方面的餘地比較小。

第四是彈體結構強度要求高。現代反艦導彈大都具備末段機動能力，在接近目標時採用大過載機動來規避近距防禦系統的攔截。導彈末段機動的載荷可達到8～15g，飛行速度越快對彈體強度要求就越高。彈體結構強度要求高就增加了導彈外殼的結構重量，這又推動了對動力系統的要求。

不得不說超音速後導彈主要缺陷在於以下幾點補充回答。首先超音速以後紅外特徵明顯，一是衝壓發動機，二是彈體與空氣摩擦產生大量紅外線。其次超音速對導彈導引頭要求較高，彈頭熱量對導引頭影響還是蠻大的，另外對導引頭探測精度產生不利影響。還有超音速對氣動佈局和向量控制以及彈翼的要求比較高。最後是射程了，一般超音速導彈射程都不高，相對於亞音速來說。中國第一代超音速導彈，射程只有40公里。超音速導彈在掠海飛行過程中，控制高度的難度也是比較大的。