細菌和真菌在自然界中的三大作用:a.作為分解者參與物質迴圈b.引起動植物和人患病c.與動植物共生。

在自然界中腐生著大量的細菌，它和其他腐生真菌聯合起來，把動物、植物的死體和排洩物以及各種遺棄物分解為簡單物質，直至變為水、二氧化碳、氨、硫化氫或其他無機鹽類為止，它們不僅完成自然界物質迴圈作用，還供給植物和農作物肥料。

有益於農業的細菌很多。如與豆科植物共生的根瘤菌，將空氣中的氮，固定為氮化物，供給豆科植物營養;土壤中的固氮菌能給高等植物提供氮肥;磷細菌把磷酸鈣、磷灰石、磷灰土分解為農作物容易吸收的養分;矽酸鹽細菌能促進土壤中磷、鉀轉化為農作物可以吸收的物質。

細菌可用於工業方面。如利用細菌的發酵作用製造乳酸、丁酸、醋酸、丙酮等;此外，在造紙、製革、煉糖等方面以及浸剝麻纖維等也要利用細菌的活動。

在醫藥方面利用細菌也很多。如利用大腸桿菌產生的冬醯胺酶，用於治療白血病;腸膜狀明串珠菌產生右旋葡萄糖酐，是很好的代用血漿;人們利用殺死的病原菌或處理後喪失毒力的活病原菌，製成各種預防和治療疾病的疫苗;也利用細菌的活動，製取抗血清和抗生素。

但細菌的有害方面，也不容忽視，如痢疾，傷寒、鼠疫、霍亂、白喉、破傷風等病原菌，侵入人體，可以發生嚴重疾病，危害生命。家畜、家禽的傳染病菌，如馬炭疽菌、豬霍亂病、雞霍亂病等，可致家畜、家禽死亡。腐生細菌能使肉類等食物腐敗，人誤食後會引起中毒。