顏色：瑪瑙是有自然色的，當然也有後加工染色的。

自然色常有紅色、琥珀色和白色， 其中紅色是最好的。市面上出售的藍色、紫色的瑪瑙首飾不是其本色，皆是經過加工後染上去的，用幾年後就會出現褪色。染色後的瑪瑙大都是自然雜色，不易直接加工成首飾。　　瑪瑙石有自然色的，也有後加工染色的。瑪瑙的自然色很豐富常見的有如下幾種顏色： 　　（1）紅瑪瑙：紅是瑪瑙的一種主色，一般瑪瑙呈褐紅色、醬紅色、黃紅色。有些瑪瑙顏色表現不均勻，像南紅瑪瑙，其內部就有紅色的點。　　（2）藍瑪瑙：以淡藍色為主，色較深時透明度較差，有時在藍色瑪瑙中分佈一些其他色彩鮮豔的紋帶。　　（3）綠瑪瑙：天然產出的綠瑪瑙少見，優質者更為罕見，價格也相對提高。　　（4）紫瑪瑙：紫色瑪瑙較為少見，紫色有深有淺，其中以葡萄石最佳，這類瑪瑙質地較粗，常常為半透明狀。　　（5）黑瑪瑙：以黑色為主，微帶青色或灰色，多數為半透明狀。　　（6）白瑪瑙：呈乳白色或淺灰色，常與無色透明狀瑪瑙構成同心紋狀、條帶狀。中間常有石英夾層。　　（7）灰瑪瑙：為深灰色、淺灰色或青色，有的具有不明顯的同心條帶，內部常有石英夾層或砂心。　　（8）黃瑪瑙：通常為淡黃色、橘黃色、褐黃色及淺黃色，有時與粉紅、淡紅、淡灰色瑪瑙夾層構成美麗的紋帶。　　後期染色的瑪瑙透過紅外光譜就能鑑定。