《滿文老檔》記載了袁寫給皇太極願當兒皇帝的親筆信，也記載了皇太極說，毛文龍在，他不能遠出。為了讓皇太極出兵攻到大明京都，袁崇煥必須殺掉毛文龍。而當時的漢人史書也記載了皇太極給袁崇煥下的命令"令匣毛文龍首來"。袁崇煥殺毛文龍是執行他主子皇太極的命令。

袁崇煥殺毛龍，根源在朝廷，在崇禎皇帝。

袁崇煥是遼東經略，毛文龍是平遼將軍。他們的主要目標都是對付大清，兩個人都是明朝的大臣，有著共同的目標，要麼讓毛文龍歸袁崇煥管，要麼袁崇煥歸毛文龍管。兩股力量擰成一股繩，統一指揮，統一調動，對付大清才有力量。這道理不言自明。

根據當時的情況，袁崇煥的作用遠大於毛文龍，朝廷應該明確袁崇煥是遼東的一把手，毛文龍歸袁崇煥管理。 如果毛文龍不聽指揮，袁崇煥就可以拿出尚方寶劍殺掉毛文龍，這樣袁崇煥殺毛龍就不存在任何問題。

毛文龍為什麼不聽袁崇煥指揮？朝廷沒有明確毛龍歸袁崇煥管，聽袁崇煥指揮。說白了，毛文龍只是袁崇煥的友軍。袁崇煥要得到友軍的支援需要請示朝廷，要殺友軍主將根本不合邏輯。

袁崇煥答應崇禎皇帝5年收復遼東，這是一個十分艱鉅的任務，5年收復不了遼東，他沒法向皇上交代，沒辦法，只能孤注一擲，他要調動一切可以調動的力量，收編毛文龍的部隊也是無奈之舉。

袁崇煥收編毛文龍失敗，殺了毛文龍，留下了把柄，擅殺毛文龍，成了崇禎皇帝殺袁崇煥其中一條罪狀。

毛文龍駐守皮島，對皇太極有牽制作用。但是皮島山高皇帝遠，毛文龍擁兵自重，不受節制，幹了很多違法的事。崇禎皇帝對他是既愛又恨。

現在袁崇煥要收復遼東，崇禎皇帝擔心他會成為下一個讓自己既愛又恨的人，不讓袁崇煥收編毛文龍。可見崇禎皇帝對袁崇煥並不完全信任。留著毛文龍， 收復遼東，讓他牽制皇太極，收復遼東後，讓他牽制袁崇煥。

用人不疑，疑人不用。袁崇煥因疑被殺，從崇禎皇帝對袁崇煥和毛文龍的安排就可以看出端倪。

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