泌尿外科和男科的區別在於其科室治療的疾病不同，都屬於泌尿系疾病。男科是泌尿外科的一個分支，主要診療：如隱睪，輸精管、附睪、精囊發育異常，包莖和包皮過長，再就是男性的性功能障礙、不育和節育；以及男性生殖系統的疾病，包括精索靜脈曲張、鞘膜積液等。而泌尿外科包括的範圍更寬、更廣，包括泌尿生殖系統的畸形、泌尿系統的損傷、泌尿系統的結核、泌尿系統的結石和梗阻以及腎上腺疾病等。

男科和泌尿外科有兩個大方面的區別：一、學科的發展，泌尿外科和消化外科、胸外科、骨科、普外科一樣最早設立的科室，男科是新興科室，它是從泌尿外科中獲得的一個分支。隨著這幾十年男科自身的發展，也囊括了遺傳學科以及面板性病學科的一部分內容。二、男科和泌尿外科的診療範圍不同，泌尿外科顧名思義就是男性和女性都可以就診，不限制性別，男科只接待男性患者。泌尿外科從治療疾病上，通常有腎上腺疾病、腎臟疾病、膀胱疾病以及睪丸、附睪疾病。男科範圍雖單一，但相對更廣泛一些，比如男性不育症是男性的主要專案，還有前列腺疾病以及性功能障礙，也就是常說的陽痿、早洩，還有性傳播疾病就是性病。另外，男科還負責性醫學的諮詢、指導以及男性健康指導，這些對於青春期少年以及新婚夫婦有重要意義。總體上泌尿外科和男科既有交叉，又有區別。男科性質更多是相對於婦科建立，主要服務於男性。