ESI 為電噴霧，即樣品先帶電再噴霧，帶電液滴在去溶劑化過程中形成樣品離子，從而被檢測，對於極性大的樣品效果好一些；
APCI 為大氣壓力化學電離源，樣品先形成霧，然後電暈放電針對其放電，在高壓電弧中，樣品被電離，然後去溶劑化形成離子，最後檢測，對極性小的樣品效果較好。
ESI 的軟電離程度較APCI 的還小，但其應用範圍較APCI 的大，只有少部分ESI 做不出，可以用APCI 輔助解決問題，但是APCI還是不能解決所有ESI 解決不了的問題。
一般用ESI 和 APPI 搭配使用比 ESI 和APCI 的應用範圍更廣一些。
電噴霧電離源是一種軟電離方式，即便是分子量大，穩定性差的化合物，也不會在電離過程中發生分解，它適合於分析極性強的大分子有機化合物，如蛋白質、肽、糖等。電噴霧電離源的最大特點是容易形成多電荷離子。這樣，一個分子量為10000Da的分子若帶有10個電荷，則其質荷比只有1000Da，進入了一般質譜儀可以分析的範圍之內。根據這一特點，目前採用電噴霧電離，可以測量分子量在300000Da以上的蛋白質。電噴霧電離源是一種軟電離方式，即便是分子量大，穩定性差的化合物，也不會在電離過程中發生分解，它適合於分析極性強的大分子有機化合物，如蛋白質、肽、糖等。電噴霧電離源的最大特點是容易形成多電荷離子。這樣，一個分子量為10000Da的分子若帶有10個電荷，則其質荷比只有1000Da，進入了一般質譜儀可以分析的範圍之內。根據這一特點，目前採用電噴霧電離，可以測量分子量在300000Da以上的蛋白質。
大氣壓化學電離源主要用來分析中等極性的化合物。有些分析物由於結構和極性方面的原因，用ESI不能產生足夠強的離子，可以採用APCI方式增加離子產率，可以認為APCI是ESI的補充。APCI主要產生的是單電荷離子，所以分析的化合物分子量一般小於1000Da。用這種電離源得到的質譜很少有碎片離子，主要是準分子離子。
APCI與ESI源都能分析許多樣品，而且靈敏度相似，很難說出哪一種更合適。同時至今沒有一個確切的準則判斷何時使用某一種電離方式更好。但是通常認為電噴霧有利於分析生物大分子及其它分子量大的化合物，而APCI更適合於分析極性較小的化合物。
APCI源不能生成一系列多電荷離子，所以不適合分析生物大分子。而ESI源由於它能產生一系列的多電荷離子，特別適合於蛋白質，多肽類的生物分子。
ESI和APCI共同點:
1、使用高電壓元件和霧化氣噴霧法產生離子
2、通常產生(M+H)+或(M-H)-等準分子離子
3、產生極少的碎片，但可以控制產生結構碎片
4、非常靈敏的電離技術。
不同點:
1、生成離子的方式不同，ESI：液相離子化；APCI：氣相離子化
2、樣品相容性
ESI：極性化合物和生物大分子
APCI：非極性，小分子化合物（相對ESI而言）且有一定揮發性
3、流速相容性
ESI：0.001到1ml/min
APCI：0.2到2ml/min
4、ESI的適用範圍要遠遠大於APCI
APCI優點∶
1.利用所得到[M+1]+及[M-1]–進行分子量確認
2.源引數調整簡單，容易使用
3.耐受性好，噴霧器及針的位置不關鍵
4.LC流速可達2.0ml/min
5.好的靈敏度
缺點：
1.有限的結構資訊
2.易發生熱裂解
3.低質量時化學噪聲大
4.不適合做分子量大於1000的化合物
ESI 為電噴霧，即樣品先帶電再噴霧，帶電液滴在去溶劑化過程中形成樣品離子，從而被檢測，對於極性大的樣品效果好一些；
APCI 為大氣壓力化學電離源，樣品先形成霧，然後電暈放電針對其放電，在高壓電弧中，樣品被電離，然後去溶劑化形成離子，最後檢測，對極性小的樣品效果較好。
ESI 的軟電離程度較APCI 的還小，但其應用範圍較APCI 的大，只有少部分ESI 做不出，可以用APCI 輔助解決問題，但是APCI還是不能解決所有ESI 解決不了的問題。
一般用ESI 和 APPI 搭配使用比 ESI 和APCI 的應用範圍更廣一些。
電噴霧電離源是一種軟電離方式，即便是分子量大，穩定性差的化合物，也不會在電離過程中發生分解，它適合於分析極性強的大分子有機化合物，如蛋白質、肽、糖等。電噴霧電離源的最大特點是容易形成多電荷離子。這樣，一個分子量為10000Da的分子若帶有10個電荷，則其質荷比只有1000Da，進入了一般質譜儀可以分析的範圍之內。根據這一特點，目前採用電噴霧電離，可以測量分子量在300000Da以上的蛋白質。電噴霧電離源是一種軟電離方式，即便是分子量大，穩定性差的化合物，也不會在電離過程中發生分解，它適合於分析極性強的大分子有機化合物，如蛋白質、肽、糖等。電噴霧電離源的最大特點是容易形成多電荷離子。這樣，一個分子量為10000Da的分子若帶有10個電荷，則其質荷比只有1000Da，進入了一般質譜儀可以分析的範圍之內。根據這一特點，目前採用電噴霧電離，可以測量分子量在300000Da以上的蛋白質。
大氣壓化學電離源主要用來分析中等極性的化合物。有些分析物由於結構和極性方面的原因，用ESI不能產生足夠強的離子，可以採用APCI方式增加離子產率，可以認為APCI是ESI的補充。APCI主要產生的是單電荷離子，所以分析的化合物分子量一般小於1000Da。用這種電離源得到的質譜很少有碎片離子，主要是準分子離子。
APCI與ESI源都能分析許多樣品，而且靈敏度相似，很難說出哪一種更合適。同時至今沒有一個確切的準則判斷何時使用某一種電離方式更好。但是通常認為電噴霧有利於分析生物大分子及其它分子量大的化合物，而APCI更適合於分析極性較小的化合物。
APCI源不能生成一系列多電荷離子，所以不適合分析生物大分子。而ESI源由於它能產生一系列的多電荷離子，特別適合於蛋白質，多肽類的生物分子。
ESI和APCI共同點:
1、使用高電壓元件和霧化氣噴霧法產生離子
2、通常產生(M+H)+或(M-H)-等準分子離子
3、產生極少的碎片，但可以控制產生結構碎片
4、非常靈敏的電離技術。
不同點:
1、生成離子的方式不同，ESI：液相離子化；APCI：氣相離子化
2、樣品相容性
ESI：極性化合物和生物大分子
APCI：非極性，小分子化合物（相對ESI而言）且有一定揮發性
3、流速相容性
ESI：0.001到1ml/min
APCI：0.2到2ml/min
4、ESI的適用範圍要遠遠大於APCI
APCI優點∶
1.利用所得到[M+1]+及[M-1]–進行分子量確認
2.源引數調整簡單，容易使用
3.耐受性好，噴霧器及針的位置不關鍵
4.LC流速可達2.0ml/min
5.好的靈敏度
缺點：
1.有限的結構資訊
2.易發生熱裂解
3.低質量時化學噪聲大
4.不適合做分子量大於1000的化合物