金魚和其他魚類一樣，內部器官有齒、食道、胃、腸、心臟、脾臟、肝臟、腎臟、鰾、輸尿管、輸卵（精）管、肛門等構成。同時也具備骨骼、肌肉、消化、呼吸、迴圈、神經、感覺、洩殖、內分泌等幾大系統。

其中，金魚的呼吸系統的主要器官是鰓。金魚的鰓長在頭部的兩側，被鰓蓋覆蓋著的是鰓腔。每邊鰓腔各長著四個鰓弓，每個鰓弓上長著兩排鰓片，它是由無數的鰓絲排列而成的。金魚還有一個主要的器官就是鰾。金魚的鰾呈長袋形，是位於消化道背面、腎臟腹面之間的中空囊狀器官。金魚的鰾首先是魚體比重調節器，可透過調節魚鰾中的氣體的多少來控制魚體的升降；其次魚鰾中有許多神經纖維和神經末稍，可以透過鰾刺激神經，感受壓力、聲音等，為魚體的聽覺器。

金魚的感覺器官跟神經系統連線緊密，是神經系統的外圍器官。能夠感覺外界水環境的各種變化，透過神經到達神經中樞，爾後做出各種適應反應。包括面板感覺器官、嗅覺器官、味覺器官、視覺器官、聽覺器官。金魚的面板感覺器官主要是側線。側線分頭部側線和軀幹側線。它的主要功能是感覺水流的方向和水流的振動，感受低頻率的振動，感受水溫的變化。金魚的聽覺器官主要是內耳，位於延腦兩側。金魚的視覺器官是眼，金魚的眼睛是近視眼，水晶體不能調節曲度。金魚的嗅覺器官是鼻，在金魚頭部前背方有兩個鼻孔，內中有嗅束。金魚依靠它來尋找餌料，辨別水質好壞，金魚的鼻與呼吸無關。金魚的味覺器官是味蕾，能感覺各種味道。