我們知道魚缸過濾器由許多部分組成，所以清洗的時候也要一步一步的拆開清洗。第一步：清洗過濾棉　　第二步：清洗生化棉　　第三步：玻璃環(陶瓷環、生物石等) 　　第四步：活性炭(吸氨石、麥飯石等) 　　因過濾桶密封性及安裝相對複雜，且為了保護硝化細菌系統，不宜經常清洗，因此，選擇的過濾材料要價格貴些比較高極的材料。　　第一層是屬於物理過濾，主要是將水中的固體殘渣阻擋住，所以特別容易髒，清洗也是以這一層為主，其他幾層通常很少清洗，常洗反而容易失去硝化菌。清洗是利用給魚缸換水之機。取出濾棉，在抽出的魚缸水中反覆漂洗，也可利用抽水管對濾棉反衝(當然衝力十分有限)洗。清洗時，要注意：一是清洗過濾棉的時候要用原缸水清洗。因為用原缸水清洗過濾棉能減少有益菌的損失，這樣能延長清洗過濾棉的間隔時間。  二是清洗過濾棉千萬不要像洗衣服那樣搓和扭幹。而是要泡在原缸水裡攪一攪，髒東西甩出來就行，要不髒東西一搓就容易積聚到棉的深層。清洗生化棉：放入清水中，輕輕捏幾下就可以了，不要洗的太乾淨，因為裡面有大量的細菌附著，洗得太乾淨，細菌還要重新繁殖，這樣魚缸的水反而不會清澈。陶瓷環的清洗方法：陶瓷環放入鍋煮半小時，然後放入高錳酸鉀進行浸泡半小時，然後用清水沖洗。顏色發黃根本不影響使用，裡面是有微生物的存在，其實正常的清洗只要全部倒出來，淘洗幾遍就可以了，不要洗的太乾淨。1、從水中取出過濾器或做任何保養時應將過濾器的電源斷開。2、經常性的清洗/更換過濾棉及活性炭是確保過濾有效工作的必要條件。