hmmer下載與安裝
對於MacOS/X,Linux,UNIX系統，用原始碼編譯安裝：
%wgetftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz%tarzxfhmmer-3.0.tar.gz%cdhmmer-3.0%./configure%make%makecheck
windows系統，直接下載二進位制壓縮包，解壓就可以使用。
hmmer包含的程式
phmmer：與Blastp類似，使用一個蛋白質序列搜尋蛋白質序列庫；
>phmmertutorial/HBBHUMANuniprotsprot.fa
jackhmmer：與psiBlast類似，蛋白質序列迭代搜尋蛋白質序列庫；
>jackhmmertutorial/HBBHUMANuniprotsprot.fa
hmmbuild：用多重比對序列構建HMM模型；
hmmsearch：使用HMM模型搜尋序列庫；
hmmscan：使用序列搜尋HMM庫；
hmmalign：使用HMM為線索，構建多重比對序列；
>hmmalignglobins4.hmmtutorial/globins45.fa
hmmconvert：轉換HMM格式
hmmemit：從HMM模型中，得到一個模式序列；
hmmfetch：透過名字或者接受號從HMM庫中取回一個HMM模型；
hmmpress：格式化HMM資料庫，以便於hmmscan搜尋使用；
hmmstat：顯示HMM資料庫的統計資訊；
使用HMM模型搜尋序列資料庫
使用hmmbuild構建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對序列檔案（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
>hmmbuildglobins4.hmmtutorial/globins4.sto
globins4.hmm為輸出的HMM模型
使用hmmsearch搜尋蛋白質序列資料庫，蛋白質序列資料庫為FASTA格式，命令如下：
>hmmsearchglobins4.hmmuniprotsprot.fasta>globins4.out
globins4.out為輸出的結果檔案，如下：
*示例使用官方教程中的示例
使用蛋白質序列搜尋HMM資料庫
構建HMM資料庫，HMM資料庫是包含多個HMM模型的檔案，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對序列集中構建，如：
>hmmbuildfn3.hmmtutorial/fn3.sto
>hmmbuildPkinase.hmmtutorial/Pkinase.sto
>catglobins4.hmmfn3.hmmPkinase.hmm>minifam
使用hmmpress格式化資料庫，包括壓縮以及建立索引，命令如下：
>hmmpressminifam
這個步驟可以很快的執行完成，輸出的內容如下：
Working…done.
Pressedandindexed3HMMs(3namesand2accessions).
Modelspressedintobinaryfile:minifam.h3m
SSIindexforbinarymodelfile:minifam.h3i
Profiles(MSVpart)pressedinto:minifam.h3f
Profiles(remainder)pressedinto:minifam.h3p
使用hmmscan搜尋HMM資料庫，命令如下：
>hmmscanminifamtutorial/7LESS_DROME
hmmer下載與安裝
對於MacOS/X,Linux,UNIX系統，用原始碼編譯安裝：
%wgetftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz%tarzxfhmmer-3.0.tar.gz%cdhmmer-3.0%./configure%make%makecheck
windows系統，直接下載二進位制壓縮包，解壓就可以使用。
hmmer包含的程式
phmmer：與Blastp類似，使用一個蛋白質序列搜尋蛋白質序列庫；
>phmmertutorial/HBBHUMANuniprotsprot.fa
jackhmmer：與psiBlast類似，蛋白質序列迭代搜尋蛋白質序列庫；
>jackhmmertutorial/HBBHUMANuniprotsprot.fa
hmmbuild：用多重比對序列構建HMM模型；
hmmsearch：使用HMM模型搜尋序列庫；
hmmscan：使用序列搜尋HMM庫；
hmmalign：使用HMM為線索，構建多重比對序列；
>hmmalignglobins4.hmmtutorial/globins45.fa
hmmconvert：轉換HMM格式
hmmemit：從HMM模型中，得到一個模式序列；
hmmfetch：透過名字或者接受號從HMM庫中取回一個HMM模型；
hmmpress：格式化HMM資料庫，以便於hmmscan搜尋使用；
hmmstat：顯示HMM資料庫的統計資訊；
使用HMM模型搜尋序列資料庫
使用hmmbuild構建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對序列檔案（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
>hmmbuildglobins4.hmmtutorial/globins4.sto
globins4.hmm為輸出的HMM模型
使用hmmsearch搜尋蛋白質序列資料庫，蛋白質序列資料庫為FASTA格式，命令如下：
>hmmsearchglobins4.hmmuniprotsprot.fasta>globins4.out
globins4.out為輸出的結果檔案，如下：
*示例使用官方教程中的示例
使用蛋白質序列搜尋HMM資料庫
構建HMM資料庫，HMM資料庫是包含多個HMM模型的檔案，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對序列集中構建，如：
>hmmbuildglobins4.hmmtutorial/globins4.sto
>hmmbuildfn3.hmmtutorial/fn3.sto
>hmmbuildPkinase.hmmtutorial/Pkinase.sto
>catglobins4.hmmfn3.hmmPkinase.hmm>minifam
使用hmmpress格式化資料庫，包括壓縮以及建立索引，命令如下：
>hmmpressminifam
這個步驟可以很快的執行完成，輸出的內容如下：
Working…done.
Pressedandindexed3HMMs(3namesand2accessions).
Modelspressedintobinaryfile:minifam.h3m
SSIindexforbinarymodelfile:minifam.h3i
Profiles(MSVpart)pressedinto:minifam.h3f
Profiles(remainder)pressedinto:minifam.h3p
使用hmmscan搜尋HMM資料庫，命令如下：
>hmmscanminifamtutorial/7LESS_DROME