赫拉克利特的辯證思想表現在如下幾個方面：第一，認為一切事物均處於普遍的運動變化與相互轉化之中。“赫拉克利特在某處說，萬物流變，無物常住。他把存在著的東西比作一條河流，聲稱人不可能兩次踏入同一條河流。”“我們既踏進又不踏進同樣的河流；我們既存在又不存在。”赫拉克利特由此展現出一幅充滿了運動變化的宇宙圖景。第二，運動變化的根據是對立面的衝突。赫拉克利特明確地表示，對立的狀態或相反的性質導致了和諧，相反者才能相成。“互相排斥的東西結合在一起，不同的音調造成最美的和諧，一切都是鬥爭所產生的。”“在我們身上，生與死，醒與夢，少與老，都始終是同一的東西。後者變化了，就成為前者，前者再變化，又成為後者。”“疾病使健康舒服，壞使好舒服，餓使飽舒服，疲勞使休息舒服。”赫拉克利特把畢達哥拉斯提出的對立範疇辯證地統一起來，並把對立統一看作事物運動變化所遵循的必然規律或“邏各斯”。第三，強調事物的相對性和不同的評價標準。赫拉克利特用一種言簡意賅的箴言方式寫道：“海水最乾淨，又最髒：魚能喝，有營養；人不能喝，有毒。”“驢愛草料，不要黃金。”“豬在汙泥中洗澡，鳥在灰土中洗澡。”“最美的猴子同人類相比也是醜的。” 當然，辯證法與詭辯之間只有一步之差，關鍵在於如何把握度。赫拉克利特關於運動變化的辯證思想如果向前推進一步，就會變成一種詭辯論。他的弟子克拉底魯就用絕對的運動來否定相對的靜止，認為“人一次也不能踏入同一條河流”。克拉底魯甚至拒絕用語言來表述事物，因為當一句話脫口而出的那一瞬間，它所表述的事物已經變得面目全非了，因此對於變動中的事物，最多隻能移動一下手指頭來加以暗示。這就偏離了赫拉克利特的意思。