劇情 引子：
魔方（Allspark）創造了最早的13個變形金剛，他們就是“ThePrimes”（元老），為了獲取更多的能量，這群變形金剛發明了“領導模組”（矩陣？）（MatrixofLeadership），它可以用來驅動一種從太陽吸取能量的裝置（就是生產能量塊Energon的裝置）。“ThePrimes”們在茫茫宇宙中到處尋找可以為他們提供能量的太陽，但他們也共同發誓：如果那顆太陽周圍有生命的存在，他們就不會對那顆太陽下手。
“ThePrimes”們來到地球，見到了早期的人類，他們被人當作了神靈。墮落金剛（TheFallen）想要把領導模組據為己有，於是他選擇背叛誓言。另外12個變形金剛為了不讓他得逞把領導模組藏在了一個墓中，這個墓是元老們的墓。墮落金剛殺死同胞後沒有停止尋找，只有“ThePrimes”最後倖存的後代“擎天柱”可以阻止他。
第一幕：上海
NEST（非生物地外物種部門）仍然在追蹤霸天虎，鐵皮（Ironhide）、橫炮（Sideswipe）、擎天柱、雙胞胎機器人以及軍方的Epps、Lennox都在這裡。他們順著破壞者（Demolisher）的訊號找到了他，但在靠近時破壞者變形成為巨輪（預告片中的那一幕），不過擎天柱和鐵皮從他的側面襲擊最終擊敗了他。與此同時，橫炮也把邊路（Sideways）幹掉了。破壞者在死之前透露了“墮落金剛”的名字。
第二幕：薩姆的家
電視里正在直播關於MissionCity（第一集結尾大戰的城市）的聽證會，他們指責一家機器人公司刻意隱瞞實情，但薩姆（Sam）、米凱拉（Mikaela）還有薩姆的父母都知道真相。薩姆正在打點行李準備去上大學，米凱拉打來電話，她對遠距離戀愛十分不安。薩姆口袋裡的魔方碎片這時掉到了地板上，在地上燙了一個洞，又掉到樓下的廚房，並把約6樣廚房電器變成了變形金剛，微波爐和手機打了起來，微波爐把手機吞進肚子里加熱殺了它，這些機器人跑上了樓追著薩姆，幸好大黃蜂來了，他消滅了這些機器人，但也把房子破壞了。
薩姆把魔方碎片交給米凱拉保管，後者把碎片藏到了父親摩托車行裡。霸天虎間諜轉輪（wheelie）竊聽到了他們的計劃，準備偷走碎片。
第三幕：NEST基地
擎天柱彙報關於“破壞者”的訊息，國家安全協會（NSA）的顧問蓋洛威（Galloway）不信任汽車人，他說霸天虎來地球都是汽車人招引來的，他甚至提出讓總統驅逐汽車人。汽車人不知道“墮落金剛”是誰，因為寄存他們所有歷史的魔方已經被摧毀了。聲波（Soundwave）竊聽他們彙報任務，知道了威震天在海底的具體位置。
聲波放出機器狗（Ravage），機器狗然後和蛛形機器人“醫生”（Doctor）闖進NEST總部偷走了魔方碎片。
第四幕：大學
里奧用駭客手段進入了學校網站資料庫，把最漂亮的女孩都安排住進了他們宿舍那一層。就這樣愛麗絲（Alice）進入了薩姆的生活。
薩姆和里奧去參加派對，薩姆總是產生幻覺，看到一些奇怪的符號（象形文字），他試圖把符號畫在蛋糕上。愛麗絲拉他去跳舞，這時薩姆聽到了外面有熟悉的汽車聲，他出去一看是大黃蜂，大黃蜂帶薩姆去了一個墓地，擎天柱也在那裡。他們警告薩姆說魔方碎片被偷了，並提出讓薩姆作為汽車人的發言人。薩姆不太願意，他想過正常的生活，他也不知道自己能做什麼，因為擎天柱都說服不了那些人他又怎麼能做到呢？擎天柱相信薩姆，沒有強迫他。
第五幕：海底
機器狗和醫生潛入大洋海底，把火種源碎片插入威震天讓他復活了。
第六幕：課堂
瑞恩·威爾森（RainnWilson）扮演的薩姆的教授正在上課，薩姆開啟書開始速讀，然後又出現了幻覺，發癲的他衝上講臺畫上奇怪符號，發表了很多高論，如愛因斯坦是錯的、宇宙是如何形成的等等，最後他被趕出課堂，跑到圖書館裡看一本他祖父的書。
第七幕：太空
威震天變成賽伯坦星球飛機的形態離開地球，前往另一個星球（可能是火星）。他在那裡見到了正在等他的紅蜘蛛（Starscream）還有墮落金剛。和墮落金剛在一起威震天也只能俯首稱臣，它們倆的關係類似“星戰”裡的西斯大帝和黑武士達斯維達。墮落金剛說有辦法再造一個魔方，威震天說魔方已經被摧毀了，墮落金剛反問他一句“你不是也一樣嗎”。墮落金剛告訴威震天，薩姆知道那個埋藏“領導模組”的地點，並要他們立刻找到他。威震天想擁有“Primes”們的力量，墮落金剛許諾會滿足他，於是15個霸天虎出發跟著威震天和紅蜘蛛前往地球，而此時薩姆早已在霸天虎的監視之下。
第八幕：米凱拉的摩托車行
米凱拉發現了老在周圍晃悠的轉輪，轉輪供認說墮落金剛命令他獲取藏在碎片裡的知識，米凱拉把轉輪關了起來，帶著他去找薩姆。[編輯本段]第九幕：薩姆的大學 愛麗絲在薩姆的寢室，把薩姆逼近了牆角，正要親他時米凱拉趕到了。在走廊裡的里奧在電視裡看到了一個機器人和愛麗絲長得一樣，原來愛麗絲是受霸天虎操控的、來自迪士尼樂園的人形機器人。經過一番爭鬥，薩姆、米凱拉、里奧坐上車，逃離了宿舍。在這種緊張氣氛下，里奧還不忘打哈哈，問薩姆是不是從未來被派來拯救他自己的（《終結者》笑話），正說笑間米凱拉開車猛撞到了電線杆，“吻別"愛麗絲,從她身上軋了過去。然而他們還沒來得及慶幸就被一架霸天虎的直升機機器人抓住了。
第十幕：工廠
紅蜘蛛把薩姆他們的車劈成了兩半，威震天對薩姆說：“還記得我麼？我可記得你。”然後他們開始折磨薩姆，蛛形機器人“醫生”用一把鋼鋸從薩姆腦子裡獲取情報。就在此時擎天柱和大黃蜂及時趕到，救下了薩姆他們，然後開打，一直打到工廠外面的樹林裡。擎天柱問威震天墮落金剛是誰，威震天說他來了你就知道了。擎天柱一人和3個霸天虎大戰，最後被威震天從背後刺殺，鐵皮、救護車和雙胞胎機器人趕到後，霸天虎才離開。
這場大戰後，汽車人把薩姆遮蔽了起來，霸天虎們再也找不到他了，於是他們求助於聲波，聲波以威震天的名義給每個地球人廣播了一條訊息，把變形金剛的事情公之於眾，威脅人類說如果他們在一個太陽週期內不能找出那個男孩，霸天虎就一個接一個的摧毀城市。薩姆的父母正好在巴黎度假，看到這個後驚慌失措。
第十一幕：NEST總部
擎天柱死了，國家安全協會也解散了NEST組織。薩姆感到了自責，他後悔當初沒有答應擎天柱的請求。他仍然被那些奇怪符號的幻覺所困擾，他寫下了那些符號，雙胞胎機器人認出那是“Primes”們的語言，而里奧也說他在“機器戰士”的網站上看到過這樣的字元。於是他們去找“機器戰士”，沒想到他就是西蒙斯（Simmons）——第一集的特工，現在在他母親的熟食店幫工。西蒙斯告訴他們，其實變形金剛很早以前就來到地球了，並帶他們到地下室看資料薩姆說威震天堅信地球上有另外的能量來源，汽車人們都無能為力，因為這對他們來說也太古老了，米凱拉突然想起自己抓住的霸天虎轉輪，於是決定從他嘴裡探取情報。轉輪告訴他們地球上有一些古老的變形金剛叫做“Seekers”（尋找者），但不清楚他們在尋找什麼，只知道他們既不是汽車人也不是霸天虎，轉輪定位了10個“Seekers”，最近的一個在華盛頓特區。。（這一節較搞笑）
第十二章：華盛頓特區
他們用盡各種搞笑的方法進入博物館內。原來那個在華盛頓的“Seekers”就是天火（Jetfire），他變成一架飛機呆在博物館裡。天火就像一位健忘的老人，他不記得自己在哪裡、也不記得自己要找什麼了。薩姆他們答應天火，如果他幫助他們，他們也會幫他恢復記憶。天火得知戰爭還在繼續非常失望，薩姆提到墮落金剛，觸發了天火的記憶。
薩姆畫出那些符號，經天火翻譯後發現，那些是指示方位的。於是天火打開了一個蟲洞，把大家都送到了埃及。天火介紹了墮落金剛以及吸取太陽能量裝置的歷史，他說只有“Prime”的後人才能擊敗墮落金剛，而擎天柱正好是“Prime”的最後傳人，當初墮落金剛為了找出還是孤兒的他不惜在賽伯坦星球上發動戰爭。薩姆問“領導模組”能不能救活擎天柱，天火說設計之初沒有考慮這個，但如果可以，那將是無法想像的力量[編輯本段]第十三幕：埃及 西蒙斯（Simmons）給軍方的朋友Lennox發去資訊，要他把擎天柱運到埃及來，Lennox答應了，還派了一支艦隊前來協助。不過此時眼觀四路、耳聽八方的聲波已經知道薩姆的位置了。薩姆和米凱拉坐在星空下談話，突然悟出“領導模組”就藏在墓中！不過他們在墓裡什麼也沒發現，直到雙胞胎打架意外地在牆上砸了一個洞，他們才看到藏在牆後的領導模組！薩姆去夠模組，模組一接觸到空氣就成為粉末，薩姆從地上撿起模組，放到襪子裡，準備去救活擎天柱。
軍艦和霸天虎幾乎同時抵達，聲波切斷了周圍的通訊，給軍艦指揮官錯誤的指令，讓他們坐在那裡白白的等。薩姆和米凱拉奔向擎天柱，途中遭到紅蜘蛛攻擊。這時墮落金剛出現了，他把自己傳送到了金字塔塔頂。另一方面，海軍也覺察到不對勁，於是派出偵察飛機。
建造派合體成為大力神。威震天說他已經為墮落金剛找到了那個吸取太陽能量製造能量塊（Energon）的裝置，墮落金剛向他要領導模組，因為沒有它裝置無法啟動。大力神爬上金字塔，摧毀金字塔，露出了裡面的裝置。西蒙斯意識到這就是那個吸取太陽能量的裝置，他用手機和軍艦取得聯絡，叫他們準備好作戰，後者此時才知道自己被聲波耍了。
薩姆費好不容易來到擎天柱身邊，卻昏了過去，昏迷中他見到了“Primes”，他們跟他說了一堆命運之類的話後，把領導模組交給了他。薩姆醒來後發現領導模組（矩陣）已經重組，變成了一把短匕首狀的東西（預告片裡薩姆從地上撿起來的那個）。薩姆趕緊把模組插入擎天柱胸膛，擎天柱復活了，但很虛弱。墮落金剛把自己傳送過來，搶走了模組，回到金字塔頂。天火意識到他必須犧牲自己來幫助擎天柱，他貢獻出了自己的火種，安然去世，然後救護車也來幫助修理，最終擎天柱與天火合體，煥然一新、重灌上陣。
威震天、紅蜘蛛、墮落金剛都在金字塔頂，西蒙斯指揮艦隊向大力神開炮，把大力神又打散了。能量塊裝置啟動了，擎天柱及時趕到，把裝置偏轉了方向，擊中了威震天和紅蜘蛛。墮落金剛自稱是“Prime”，擎天柱說他當初殺害自己弟兄們的時候就已經拋棄了自己的名字。擎天柱摧毀了裝置，用碎片砸向墮落金剛，威震天和紅蜘蛛則趁他們打作一團時偷偷溜走了。
得到天火的力量的擎天柱與墮落金剛大戰，但墮落金剛不敵擎天柱，最後被擎天柱解決。
劇情 引子：
魔方（Allspark）創造了最早的13個變形金剛，他們就是“ThePrimes”（元老），為了獲取更多的能量，這群變形金剛發明了“領導模組”（矩陣？）（MatrixofLeadership），它可以用來驅動一種從太陽吸取能量的裝置（就是生產能量塊Energon的裝置）。“ThePrimes”們在茫茫宇宙中到處尋找可以為他們提供能量的太陽，但他們也共同發誓：如果那顆太陽周圍有生命的存在，他們就不會對那顆太陽下手。
“ThePrimes”們來到地球，見到了早期的人類，他們被人當作了神靈。墮落金剛（TheFallen）想要把領導模組據為己有，於是他選擇背叛誓言。另外12個變形金剛為了不讓他得逞把領導模組藏在了一個墓中，這個墓是元老們的墓。墮落金剛殺死同胞後沒有停止尋找，只有“ThePrimes”最後倖存的後代“擎天柱”可以阻止他。
第一幕：上海
NEST（非生物地外物種部門）仍然在追蹤霸天虎，鐵皮（Ironhide）、橫炮（Sideswipe）、擎天柱、雙胞胎機器人以及軍方的Epps、Lennox都在這裡。他們順著破壞者（Demolisher）的訊號找到了他，但在靠近時破壞者變形成為巨輪（預告片中的那一幕），不過擎天柱和鐵皮從他的側面襲擊最終擊敗了他。與此同時，橫炮也把邊路（Sideways）幹掉了。破壞者在死之前透露了“墮落金剛”的名字。
第二幕：薩姆的家
電視里正在直播關於MissionCity（第一集結尾大戰的城市）的聽證會，他們指責一家機器人公司刻意隱瞞實情，但薩姆（Sam）、米凱拉（Mikaela）還有薩姆的父母都知道真相。薩姆正在打點行李準備去上大學，米凱拉打來電話，她對遠距離戀愛十分不安。薩姆口袋裡的魔方碎片這時掉到了地板上，在地上燙了一個洞，又掉到樓下的廚房，並把約6樣廚房電器變成了變形金剛，微波爐和手機打了起來，微波爐把手機吞進肚子里加熱殺了它，這些機器人跑上了樓追著薩姆，幸好大黃蜂來了，他消滅了這些機器人，但也把房子破壞了。
薩姆把魔方碎片交給米凱拉保管，後者把碎片藏到了父親摩托車行裡。霸天虎間諜轉輪（wheelie）竊聽到了他們的計劃，準備偷走碎片。
第三幕：NEST基地
擎天柱彙報關於“破壞者”的訊息，國家安全協會（NSA）的顧問蓋洛威（Galloway）不信任汽車人，他說霸天虎來地球都是汽車人招引來的，他甚至提出讓總統驅逐汽車人。汽車人不知道“墮落金剛”是誰，因為寄存他們所有歷史的魔方已經被摧毀了。聲波（Soundwave）竊聽他們彙報任務，知道了威震天在海底的具體位置。
聲波放出機器狗（Ravage），機器狗然後和蛛形機器人“醫生”（Doctor）闖進NEST總部偷走了魔方碎片。
第四幕：大學
里奧用駭客手段進入了學校網站資料庫，把最漂亮的女孩都安排住進了他們宿舍那一層。就這樣愛麗絲（Alice）進入了薩姆的生活。
薩姆和里奧去參加派對，薩姆總是產生幻覺，看到一些奇怪的符號（象形文字），他試圖把符號畫在蛋糕上。愛麗絲拉他去跳舞，這時薩姆聽到了外面有熟悉的汽車聲，他出去一看是大黃蜂，大黃蜂帶薩姆去了一個墓地，擎天柱也在那裡。他們警告薩姆說魔方碎片被偷了，並提出讓薩姆作為汽車人的發言人。薩姆不太願意，他想過正常的生活，他也不知道自己能做什麼，因為擎天柱都說服不了那些人他又怎麼能做到呢？擎天柱相信薩姆，沒有強迫他。
第五幕：海底
機器狗和醫生潛入大洋海底，把火種源碎片插入威震天讓他復活了。
第六幕：課堂
瑞恩·威爾森（RainnWilson）扮演的薩姆的教授正在上課，薩姆開啟書開始速讀，然後又出現了幻覺，發癲的他衝上講臺畫上奇怪符號，發表了很多高論，如愛因斯坦是錯的、宇宙是如何形成的等等，最後他被趕出課堂，跑到圖書館裡看一本他祖父的書。
第七幕：太空
威震天變成賽伯坦星球飛機的形態離開地球，前往另一個星球（可能是火星）。他在那裡見到了正在等他的紅蜘蛛（Starscream）還有墮落金剛。和墮落金剛在一起威震天也只能俯首稱臣，它們倆的關係類似“星戰”裡的西斯大帝和黑武士達斯維達。墮落金剛說有辦法再造一個魔方，威震天說魔方已經被摧毀了，墮落金剛反問他一句“你不是也一樣嗎”。墮落金剛告訴威震天，薩姆知道那個埋藏“領導模組”的地點，並要他們立刻找到他。威震天想擁有“Primes”們的力量，墮落金剛許諾會滿足他，於是15個霸天虎出發跟著威震天和紅蜘蛛前往地球，而此時薩姆早已在霸天虎的監視之下。
第八幕：米凱拉的摩托車行
米凱拉發現了老在周圍晃悠的轉輪，轉輪供認說墮落金剛命令他獲取藏在碎片裡的知識，米凱拉把轉輪關了起來，帶著他去找薩姆。[編輯本段]第九幕：薩姆的大學 愛麗絲在薩姆的寢室，把薩姆逼近了牆角，正要親他時米凱拉趕到了。在走廊裡的里奧在電視裡看到了一個機器人和愛麗絲長得一樣，原來愛麗絲是受霸天虎操控的、來自迪士尼樂園的人形機器人。經過一番爭鬥，薩姆、米凱拉、里奧坐上車，逃離了宿舍。在這種緊張氣氛下，里奧還不忘打哈哈，問薩姆是不是從未來被派來拯救他自己的（《終結者》笑話），正說笑間米凱拉開車猛撞到了電線杆，“吻別"愛麗絲,從她身上軋了過去。然而他們還沒來得及慶幸就被一架霸天虎的直升機機器人抓住了。
第十幕：工廠
紅蜘蛛把薩姆他們的車劈成了兩半，威震天對薩姆說：“還記得我麼？我可記得你。”然後他們開始折磨薩姆，蛛形機器人“醫生”用一把鋼鋸從薩姆腦子裡獲取情報。就在此時擎天柱和大黃蜂及時趕到，救下了薩姆他們，然後開打，一直打到工廠外面的樹林裡。擎天柱問威震天墮落金剛是誰，威震天說他來了你就知道了。擎天柱一人和3個霸天虎大戰，最後被威震天從背後刺殺，鐵皮、救護車和雙胞胎機器人趕到後，霸天虎才離開。
這場大戰後，汽車人把薩姆遮蔽了起來，霸天虎們再也找不到他了，於是他們求助於聲波，聲波以威震天的名義給每個地球人廣播了一條訊息，把變形金剛的事情公之於眾，威脅人類說如果他們在一個太陽週期內不能找出那個男孩，霸天虎就一個接一個的摧毀城市。薩姆的父母正好在巴黎度假，看到這個後驚慌失措。
第十一幕：NEST總部
擎天柱死了，國家安全協會也解散了NEST組織。薩姆感到了自責，他後悔當初沒有答應擎天柱的請求。他仍然被那些奇怪符號的幻覺所困擾，他寫下了那些符號，雙胞胎機器人認出那是“Primes”們的語言，而里奧也說他在“機器戰士”的網站上看到過這樣的字元。於是他們去找“機器戰士”，沒想到他就是西蒙斯（Simmons）——第一集的特工，現在在他母親的熟食店幫工。西蒙斯告訴他們，其實變形金剛很早以前就來到地球了，並帶他們到地下室看資料薩姆說威震天堅信地球上有另外的能量來源，汽車人們都無能為力，因為這對他們來說也太古老了，米凱拉突然想起自己抓住的霸天虎轉輪，於是決定從他嘴裡探取情報。轉輪告訴他們地球上有一些古老的變形金剛叫做“Seekers”（尋找者），但不清楚他們在尋找什麼，只知道他們既不是汽車人也不是霸天虎，轉輪定位了10個“Seekers”，最近的一個在華盛頓特區。。（這一節較搞笑）
第十二章：華盛頓特區
他們用盡各種搞笑的方法進入博物館內。原來那個在華盛頓的“Seekers”就是天火（Jetfire），他變成一架飛機呆在博物館裡。天火就像一位健忘的老人，他不記得自己在哪裡、也不記得自己要找什麼了。薩姆他們答應天火，如果他幫助他們，他們也會幫他恢復記憶。天火得知戰爭還在繼續非常失望，薩姆提到墮落金剛，觸發了天火的記憶。
薩姆畫出那些符號，經天火翻譯後發現，那些是指示方位的。於是天火打開了一個蟲洞，把大家都送到了埃及。天火介紹了墮落金剛以及吸取太陽能量裝置的歷史，他說只有“Prime”的後人才能擊敗墮落金剛，而擎天柱正好是“Prime”的最後傳人，當初墮落金剛為了找出還是孤兒的他不惜在賽伯坦星球上發動戰爭。薩姆問“領導模組”能不能救活擎天柱，天火說設計之初沒有考慮這個，但如果可以，那將是無法想像的力量[編輯本段]第十三幕：埃及 西蒙斯（Simmons）給軍方的朋友Lennox發去資訊，要他把擎天柱運到埃及來，Lennox答應了，還派了一支艦隊前來協助。不過此時眼觀四路、耳聽八方的聲波已經知道薩姆的位置了。薩姆和米凱拉坐在星空下談話，突然悟出“領導模組”就藏在墓中！不過他們在墓裡什麼也沒發現，直到雙胞胎打架意外地在牆上砸了一個洞，他們才看到藏在牆後的領導模組！薩姆去夠模組，模組一接觸到空氣就成為粉末，薩姆從地上撿起模組，放到襪子裡，準備去救活擎天柱。
軍艦和霸天虎幾乎同時抵達，聲波切斷了周圍的通訊，給軍艦指揮官錯誤的指令，讓他們坐在那裡白白的等。薩姆和米凱拉奔向擎天柱，途中遭到紅蜘蛛攻擊。這時墮落金剛出現了，他把自己傳送到了金字塔塔頂。另一方面，海軍也覺察到不對勁，於是派出偵察飛機。
建造派合體成為大力神。威震天說他已經為墮落金剛找到了那個吸取太陽能量製造能量塊（Energon）的裝置，墮落金剛向他要領導模組，因為沒有它裝置無法啟動。大力神爬上金字塔，摧毀金字塔，露出了裡面的裝置。西蒙斯意識到這就是那個吸取太陽能量的裝置，他用手機和軍艦取得聯絡，叫他們準備好作戰，後者此時才知道自己被聲波耍了。
薩姆費好不容易來到擎天柱身邊，卻昏了過去，昏迷中他見到了“Primes”，他們跟他說了一堆命運之類的話後，把領導模組交給了他。薩姆醒來後發現領導模組（矩陣）已經重組，變成了一把短匕首狀的東西（預告片裡薩姆從地上撿起來的那個）。薩姆趕緊把模組插入擎天柱胸膛，擎天柱復活了，但很虛弱。墮落金剛把自己傳送過來，搶走了模組，回到金字塔頂。天火意識到他必須犧牲自己來幫助擎天柱，他貢獻出了自己的火種，安然去世，然後救護車也來幫助修理，最終擎天柱與天火合體，煥然一新、重灌上陣。
威震天、紅蜘蛛、墮落金剛都在金字塔頂，西蒙斯指揮艦隊向大力神開炮，把大力神又打散了。能量塊裝置啟動了，擎天柱及時趕到，把裝置偏轉了方向，擊中了威震天和紅蜘蛛。墮落金剛自稱是“Prime”，擎天柱說他當初殺害自己弟兄們的時候就已經拋棄了自己的名字。擎天柱摧毀了裝置，用碎片砸向墮落金剛，威震天和紅蜘蛛則趁他們打作一團時偷偷溜走了。
得到天火的力量的擎天柱與墮落金剛大戰，但墮落金剛不敵擎天柱，最後被擎天柱解決。