《史記》是一部貫穿古今的通史，從傳說中的黃帝開始，一直寫到漢武帝元狩元年（前122年），敘述了中國三千年左右的歷史。全書略於先秦，詳於秦漢，所述秦商鞅變法至漢武帝晚年的歷史，約佔全書篇幅的五分之三左右。據司馬遷說，全書有本紀十二篇，表十篇，書八篇，世家三十篇，列傳七十篇，共一百三十篇。“本紀”敘述歷代最高統治者帝王的政績；“表”是各個歷史時期的簡單大事記；“書”是個別事件始末的文獻記載，分別敘述天文、曆法、水利、經濟、文化、藝術等方面的發展和現狀，它與後世的專門科學史相近；“世家”主要敘述貴族侯王的歷史；“列傳”則是各種不同型別、不同階層人物的傳記。班固在《漢書·司馬遷傳》中提到《史記》缺少十篇。三國魏張晏指出這十篇是《景帝本紀》、《武帝本紀》、《禮書》、《樂書》、《律書》、《漢興以來將相年表》、《日者列傳》、《三王世家》、《龜策列傳》、《傅靳蒯列傳》。其中《武帝紀》、《三王世家》、《龜策列傳》和《日者列傳》四篇由漢博士褚少孫補缺。《漢書·藝文志》載馮商續補《太史公》七篇,韋昭注云馮商“受詔續《太史公書》十餘篇”,劉知幾認為續補《史記》的不只是褚,馮兩家,而有十五家之多。“《史記》所出,年止太初,其後劉向,向子欲,及諸好事者,若馮商,衛衡,揚雄,史岑,梁審,肆仁,晉馮,段肅,金丹,馮衍,韋融,蕭奮,劉恂等相繼撰續,迄於哀平間,尤名《史記》”。後人大多數不同意張晏的說法，但《史記》殘缺是確鑿無疑的。《史記》以後的歷代正史，除極個別例外，都是由朝廷主持、按照君主的意志修撰的，是名副其實的官史。而司馬遷雖然是朝廷的史官，《史記》卻並不體現最高統治者漢武帝的意志。據說武帝讀《史記》後，對其中幾篇感到憤怒，下令加以刪削，這也是有可能的。 司馬遷寫《史記》秉筆直書,在某些方面,敢於批評朝廷,這是封建統治者所不能允許的。朝廷對《史記》既憎之,又重之,秘不示人,閱讀範圍限制於朝廷上層的極少一部分人中。朝廷曾下詔刪節和續補《史記》。《後漢書·楊終傳》雲,楊終“受詔刪《太史公書》為十餘萬言”。被刪後僅十餘萬言的《史記》,在漢以後即失傳,以後一直流傳的是經續補的《史記》。 （補註：許多人認為褚少孫是《史記》的主要續補者,但是他到底補缺多少,各人說法不一。張晏認為褚少孫續補四篇。但姚振寧在《隋書·經籍志考證》中說《史記》缺少十五篇,全由褚少孫續補。有的人認為《傅勒列傳》文章,格調酷似司馬遷,褚少孫未必能寫出如此文章。