實驗操作注意事項：儘管擴增序列的殘留汙染大部分是假陽性反應的原因，樣品間的交叉汙染也是原因之一。因此，不僅要在進行擴增反應是謹慎認真，在樣品的收集、抽提和擴增的所有環節都應該注意：

(1)戴一次性手套，若不小心濺上反應液，立即更換手套。

(2)使用一次性吸頭，嚴禁與PCR產物分析室的吸頭混用，吸頭不要長時間暴露於空氣中，避免氣溶膠的汙染。

(3)避免反應液飛濺，開啟反應管時為避免此種情況，開蓋前稍離心收集液體於管底。若不小心濺到手套或桌面上，應立刻更換手套並用稀酸擦拭桌面。

(4)操作多份樣品時，製備反應混合液，先將dNTP、緩衝液、引物和酶混合好，然後分裝，這樣即可以減少操作，避免汙染，又可以增加反應的精確度。

(5)最後加入反應模板，加入後蓋緊反應管。

(6)操作時設立陰陽性對照和空白對照，即可驗證PCR反應的可靠性，又可以協助判斷擴增系統的可信性。

(7)儘可能用可替換或可高壓處理的加樣器，由於加樣器最容易受產物氣溶膠或標本DNA的汙染，最好使用可替換或高壓處理的加樣器。如沒有這種特殊的加樣器，至少PCR操作過程中加樣器應該專用，不能交叉使用，尤其是PCR產物分析所用加樣器不能拿到其它兩個區。

(8)重複實驗，驗證結果，慎下結論。