一、汙染監測

一個好的PCR實驗室，必須要時刻注意汙染的監測，考慮是否受到汙染，如有汙染，是何原因造成的。透過有效地監測，採取正確的相應措施，防止或消除汙染。

對照試驗是監測PCR汙染的重要手段。

1、陰性對照：陰性對照是每次PCR實驗都必須做的。它包括了標本對照與試劑對照，透過對照確認樣本和試劑是否受到感染。

2、陽性對照：它是PCR 反應是否成功、產物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個重要的參考標誌。陽性對照要選擇擴增度中等、重複性好、經鑑定是該產物的標本。但陽性對照其對檢測或擴增樣品汙染的可能性很大。因而當某一PCR試劑已經使用穩定，檢驗人員完全掌握時，在之後的實驗中應儘可能免設陽性對照。來減小汙染機率。

3、選擇不同區域的引物進行PCR擴增。

4、重複性試驗。

二、防止汙染的方法

1、合理分隔實驗室：將樣品的處理、配製PCR反應液、PCR迴圈擴增以及PCR產物的鑑定等步驟進行分割槽或者分室，尤其要將樣本處理和PCR產物的鑑定與其它步驟嚴格分開。 理想的分割槽為，標本處理區、PCR反應液製備區、PCR迴圈擴增區、PCR產物鑑定區。

2、PCR試劑要做好預混和分裝：所有的PCR試劑都應進行小量分裝，PCR反應液應儘可能預先配製好，然後再小量分裝，在-20℃下儲存，以減少重複加樣次數，從而避免汙染機會。另外，PCR試劑、PCR反應液應當與樣品及PCR產物分開儲存，不可放於同一冰盒或冰箱。

3、吸樣槍汙染防護：吸樣槍是一個非常容易發生汙染的裝置。如操作時不慎將樣品或模板核酸吸入槍內或粘在槍頭上，將會成為一個嚴重的汙染源，因而使用吸樣槍時要格外小心，吸樣要慢，並儘量一次性完成，忌多次抽吸，避免發生交叉汙染或氣溶膠汙染。

4、減少PCR迴圈次數：以PCR產物達到檢測水平為宜。

5、防止操作人員汙染：使用一次性手套、吸頭、小離心管。