撒哈拉沙漠植被整體來說是稀少的，高地、綠洲窪地和幹河床四周散佈有成片的青草、灌木和樹。在含鹽窪地發現有鹽土植物(耐鹽植物)。在缺水的平原和撒哈拉沙漠的高原有某些耐熱耐旱的青草、草本植物、小灌木和樹。　　撒哈拉沙漠高地殘遺木本植物中重要的有油橄欖、柏和瑪樹。高地和沙漠的其他地方還發現的木本植物有金合歡屬和蒿屬(Artemisia)植物、埃及姜果棕、夾竹桃、海棗和百里香。西海岸地帶有鹽土植物諸如檉柳(Tamarix senegalensis)。草類在撒哈拉沙漠則廣泛分佈，包括下列品種︰三芒草屬(Aristida)、畫眉草屬(Eragrostis)和稷屬(Panicum)。大西洋沿岸則有馬伴草(Aeluropus littoralis)和其他鹽生草。各種短生植物組合構成重要的季節性草場，稱作短生植被區。　　撒哈拉沙漠北部的殘遺熱帶動物群有熱帶鯰和麗魚類，均發現於阿爾及利亞的比斯克拉(Biskra)和撒哈拉沙漠中的孤立綠洲；眼鏡蛇和小鱷魚可能仍生存在遙遠的提貝斯提山脈的河流盆地中。　　撒哈拉沙漠的哺乳動物種類有沙鼠、跳鼠、開普野兔和荒漠刺蝟；柏柏裡綿羊和鐮刀形角大羚羊、多加斯羚羊、達馬鹿和努比亞野驢；安努比斯狒狒、斑鬣狗、一般的胡狼和沙狐；利比亞白頸鼬和細長的獴。撒哈拉沙漠鳥類超過300種，包括不遷徙鳥和候鳥。沿海地帶和內地水道吸引了許多種類的水禽和濱鳥。內地的鳥類有鴕鳥、各種攫禽、鷺鷹、珠雞和努比亞鴇、沙漠雕鴞、倉鴞、沙雲雀和灰巖燕以及棕色頸和扇尾的渡鴉。　　蛙、蟾蜍和鱷生活在撒哈拉沙漠的湖池中。蜥蜴、避役、石龍子類動物以及眼鏡蛇出沒在岩石和沙坑之中。撒哈拉沙漠的湖、池中有藻類、鹹水蝦和其他甲殼動物。生活在沙漠中的蝸牛是鳥類和動物的重要食物來源。沙漠蝸牛透過夏眠之後存活下來，在由降雨喚醒它們之前它們會幾年保持不活動。