1、所培養的人才不同。

軍事院校指揮類專業主要是為軍隊培養基層指揮軍官。

軍事院校非指揮類專業也稱為技術專業，主要為軍隊培養初級專業技術人員，比如軍醫、軍械、通訊等專業。

2、專業要求不同。

指揮類專業對學員在身體素質、個人氣質、文化基礎、政治素養方面都有較高的要求。主要是為了培養平時能管理、戰時能指揮的軍官。這些初級軍官不僅要了解基本武器和裝備的使用，還有了解怎麼帶兵，怎麼管理，怎麼組織和指揮。所以，軍隊指揮專業要求這些學員：強健的體魄，良好的耐心，較強的責任心，和優秀的指揮才能。

非指揮類專業對學員的文化基礎要求都比較高，要具有紮實的知識基礎，和較強的科研能力。

3、關於考研方面的不同。

非指揮類比指揮類還是有優勢的，因為非指揮類大學畢業當年就可以在學校考研，而指揮類必須分配到部隊之後工作滿2年才可以考研。這本身就帶來了區別，同時非指揮類考研畢業之後級別、軍銜也跟著上來了，而在部隊裡面考研，可能還會受到一些限制。

4、畢業後的分配不同。

指揮類專業學員畢業後，絕大多數都是分配到各戰區、各軍種部隊的基層單位擔任排長、連長、指導員、參謀等職授予中尉軍銜。

非指揮類專業更多的是從事技術類崗位，很多都是走技術。