區別：
1、定義上的區別：旗艦店是指某一品牌在某城市中最大且最為豐富齊全的營業店，或擁有最快上市速度等特點為一體的專賣店或專營店。普通店是商家開的普通店鋪，要求沒這麼嚴格。
2、經營主體上的區別旗艦店是自有品牌企業，就是說旗艦店所經營的品牌必須為店鋪的企業所有或企業法定代表人所有。普通店的經營者必須是在中國大陸註冊的企業法人，相對來說要求比天貓旗艦店更低。
3、經營範圍上的區別旗艦店可以經營同一品牌、同一個一級類目下的所有產品，或者是經營多個自有品牌商品且各品牌歸於同一實際控制人。普通店則可以經營兩個以上他人品牌商品，也可以即經營他人品牌商品又經營自有品牌商品，還可以經營兩個及以上自有品牌商品。
4、品牌資質上的區別旗艦店的經營需要國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書，通俗上來說就是要註冊商標。普通店沒有這個要求。
5、店鋪規模的區別：旗艦店一般是某商家或某品牌在某地區繁華地段、規模最大、同類產品最全、裝修最豪華的商店，；普通店就像賣場一樣，什麼地方都可以開。擴充套件資料：旗艦店的選址問題：“金角銀邊草包肚”，這是圍棋開局鐵的定律，同時也是商業零售業態地址選擇的基本要求，但作為品牌形象展示店的“旗艦店”選址要求就更多、範圍則更廣：1、旗艦店選址要考慮商圈，即要注意商圈及周邊的人口密度。例項顯示要考慮核心商圈自周邊一公里範圍內居住的人口數量及購買水平（包括機關辦公等）並輻射到3—5公里範圍內居住的人口數量及購買水平。2、旗艦店選址交通。旗艦店周邊有發達便利的公共交通，最好靠近快速交通（輕軌、地鐵），交通便利、快速交通和私家車發達地區的人口範圍還可擴大到10—15公里內。3、旗艦店選址規劃。旗艦店選址也須與所在城市發展規劃相銜接，只有這樣才能在規劃發展區域內形成新的人口匯入區也就是形成該地區潛在的商機。
區別：
1、定義上的區別：旗艦店是指某一品牌在某城市中最大且最為豐富齊全的營業店，或擁有最快上市速度等特點為一體的專賣店或專營店。普通店是商家開的普通店鋪，要求沒這麼嚴格。
2、經營主體上的區別旗艦店是自有品牌企業，就是說旗艦店所經營的品牌必須為店鋪的企業所有或企業法定代表人所有。普通店的經營者必須是在中國大陸註冊的企業法人，相對來說要求比天貓旗艦店更低。
3、經營範圍上的區別旗艦店可以經營同一品牌、同一個一級類目下的所有產品，或者是經營多個自有品牌商品且各品牌歸於同一實際控制人。普通店則可以經營兩個以上他人品牌商品，也可以即經營他人品牌商品又經營自有品牌商品，還可以經營兩個及以上自有品牌商品。
4、品牌資質上的區別旗艦店的經營需要國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書，通俗上來說就是要註冊商標。普通店沒有這個要求。
5、店鋪規模的區別：旗艦店一般是某商家或某品牌在某地區繁華地段、規模最大、同類產品最全、裝修最豪華的商店，；普通店就像賣場一樣，什麼地方都可以開。擴充套件資料：旗艦店的選址問題：“金角銀邊草包肚”，這是圍棋開局鐵的定律，同時也是商業零售業態地址選擇的基本要求，但作為品牌形象展示店的“旗艦店”選址要求就更多、範圍則更廣：1、旗艦店選址要考慮商圈，即要注意商圈及周邊的人口密度。例項顯示要考慮核心商圈自周邊一公里範圍內居住的人口數量及購買水平（包括機關辦公等）並輻射到3—5公里範圍內居住的人口數量及購買水平。2、旗艦店選址交通。旗艦店周邊有發達便利的公共交通，最好靠近快速交通（輕軌、地鐵），交通便利、快速交通和私家車發達地區的人口範圍還可擴大到10—15公里內。3、旗艦店選址規劃。旗艦店選址也須與所在城市發展規劃相銜接，只有這樣才能在規劃發展區域內形成新的人口匯入區也就是形成該地區潛在的商機。