電影一開始，鬥馬伊卡洛斯在一個特殊的聖壇裡祈禱，之後馬上收到了殺掉星矢的命令，於是他和另外兩個天鬥士奧德修斯以及特修斯離開那個聖壇，他們三人到達了一個湖邊，星矢一臉茫然地坐在輪椅上。三人沒有任何顧慮地向星矢襲擊，輪椅突然圍繞在一片血紅中……
但是之後他們發現他們無法傷害到星矢，他們不知道為什麼會這樣，突然他們看到星矢旁出現一個人影，是沙織。她拿著一些毛巾來替星矢擦拭。鬥馬馬上意識到他們的攻擊無效是因為沙織的緣故。三個天鬥士命令沙織離開他，他們告訴她，星矢因為惹惱了神所以要受到神的處罰。但是沙織攔在了星矢前面不讓他們靠近。於是三個天鬥士同時襲擊雅典娜，但是女神強大的小宇宙讓天鬥士們無法傷害到她。這時候太陽墜落，月亮升起，雅典娜意識到，只有一個人能夠讓月亮迅速升起並掩蓋太陽的光芒，那就是她的姐姐，月亮女神阿爾特彌斯。
阿爾特彌斯告訴雅典娜，她的行為違背了神的意願，她要處罰那些違抗神旨意的聖鬥士們，阿爾特彌斯告訴雅典娜必須交出大地的控制權，雅典娜沒有猶豫和害怕就答應了，阿爾特彌斯於是命令三個天鬥士離開聖域，但是雅典娜告訴阿爾特彌斯，在交出大地控制權之前，阿爾特彌斯必須饒恕星矢和其他的聖鬥士。阿爾特彌斯同意了，但是她告訴雅典娜，任何再次違背眾神意志的人類將不會被原諒，並且會受到嚴厲的懲罰。講完這些，阿爾特彌斯消失了。
星矢依舊坐在他的輪椅上，他不能睜開眼睛，似乎他腦中只殘留著冥界之戰同哈迪斯的激烈戰鬥的回憶，哈迪斯的劍刺穿了他的胸膛。突然魔羚出現在他面前，他醒來站了起來。魔鈴驚訝地在小湖的房子旁發現了星矢，因為在冥界篇之戰後，沒有人知道星矢和沙織的去向。魔鈴在木屋的樓梯旁發現一個很小的鈴鐺，似乎是那三個天鬥士留下的，魔鈴小心地收藏了這個鈴鐺，然後告訴星矢他必須馬上回聖域去尋找雅典娜，說完後她就離開了。星矢聽了魔鈴的話站起來向著聖域出發。
當他到達聖域的時候，他幾乎不能相信自己所看到的，因為聖域完全變樣了。可以看到許多水流淌在廢墟的周圍，那時星矢感到一個熟悉的影子在靠近他，是莎爾娜，她坐在一個廢墟的屋頂，星矢問她到底發生了什麼，雅典娜去了哪裡，莎爾拉告訴他，他們已經毫無價值可言了，因為現在的聖域不再屬於雅典娜，月亮女神才是主人。但是星矢不相信她的話，他說想要見其他聖鬥士。莎爾拉語氣很生硬地告訴他，這裡已經沒有任何雅典娜的聖鬥士了。但是星矢仍然不相信，於是莎爾拉擺出戰鬥的姿勢想殺了星矢，正當星矢準備回擊的時候，邪武出現了，同時攻擊他；市也出現了，同樣向星矢襲來。他們三個人同時譏諷星矢，並告訴星矢，雅典娜已經離開了他們離開了地球，因為他們太可悲了。星矢仍然不相信他們的話，儘管他們的表情變了，他們和以前不同了，他們真的不再是雅典娜的聖鬥士了嗎？莎爾娜告訴星矢，雅典娜正在釋放自己的鮮血並且馬上將會死去。星矢很困惑，問莎爾娜他們對雅典娜做了些什麼，三個人回答他們什麼都沒有做。
莎爾娜把星矢帶到了聖域的湖邊隱匿起來，之後莎爾娜、 邪武和市就離開了。當他們走的時候談到，或許星矢在聖域不是孤獨的。此時此刻，雅典娜正在神殿的“贖罪之泉”釋放她的鮮血，她要用她的生命來拯救人類，求得被人類惹惱的眾神的原諒。
與此同時，星矢在聖域的某池邊地上，他問自己身處何地，他認為莎爾娜一定有所目的把他放在這裡。過了一會兒，他感到有人在幾米處呼喚他，當他準備看個究竟的時候，發現了自己的天馬座聖衣。他正要去拿的時候，卻發現聖衣在排斥他。但是沒過多久他才意識到不是聖衣排斥他，而是他的身體在排斥聖衣。星矢又穿上了聖衣。
在他走出去的路上發現紫龍倒在水中，冰河似乎在他要發極光處刑的時候被冰住了，他們都不是奧德修斯的對手。奧德修斯告訴星矢特修斯之前對阿瞬說得同樣的話，人類包括雅典娜和他的聖鬥士都將被消滅。星矢對奧德修斯說，他的力量會開創奇蹟，為了拯救人類他可以做任何事情。他說所有這一切都感謝他的小宇宙，當紫龍和冰河聽到了他的話之後再次爬起。冰河對星矢說，他們所謂的力量一直幫助他們擊敗迄今為止的所有敵人。之後他們三個人共同向奧德修斯襲去，奧德修斯輕易地打翻了他們三個，激鬥中，星矢的聖衣解體了，但攻擊依然無效，他們不放棄再次向奧德修斯襲去，一次又一次，終於打敗了他，不過他們自己也倒下了。
與此同時，瞬身著聖衣出現了，他已經知道了所有發生的事情。瞬用他的鎖鏈一步一步攀登在聖域的懸崖峭壁上，這時他突然感覺到背後出現了一個人影，是天鬥士特修斯，特修斯抓住瞬用來攀登懸崖的鎖鏈，告訴瞬他將以神的意志殺了瞬。
兩人在一番對話之後，特修斯準備襲擊瞬，瞬幾乎毫無抵抗力地被特修斯抓住他正在攀登的鎖鏈用力摔到了旁邊的岩石上，那些岩石層層疊疊好像一棵大樹，可是似乎有奇怪又熟悉的人影在上面。 那些岩石居然都是黃金聖鬥士的石像，穆在最上面，撒加和艾俄羅斯在最底下，在中間辨認出童虎、史昂和修羅，還有其他人。瞬看著這些石像驚呆了…… 一個很黑的類似監獄一樣的地方，監獄周圍被火焰一樣的結界圍繞，聽到有兩個神的聲音，黃金聖鬥士都身無遮蓋且表情木然。兩位神嚴厲地對諸位黃金聖鬥士說他們將受到神靈的懲罰，因為他們曾經冒犯神靈，他們的靈魂將萬劫不復地被封印。這時候，史昂和童虎開口說話了，他們說他們將永遠是雅典娜的聖鬥士，他們將永遠為保衛雅典娜而戰。兩位神告訴黃金他們永遠都不能離開那個監禁的地方，他們將受到懲罰。
瞬被摔落的水池是圍繞在黃金被封印的巨大石塔中的一座，瞬站起來繼續對抗特修斯。瞬問特修斯雅典娜怎麼了，特修斯告訴瞬，雅典娜正在為了拯救地球和人類而獻出自己的生命。瞬責問特修斯他們對雅典娜做了什麼，一邊縱身躍起向特修斯襲去，但是特修斯輕易就打倒了他。這時一輝出現了，瞬像以往那樣說道：哥哥……你來了……特修斯輕易地打倒了一輝，當特修斯看到被打倒在地的瞬和一輝掙扎地爬起來的時候，特修斯終於意識到為什麼眾神想要殺了他們。正在這個時候，黃金聖鬥士所在的雕像血液附著石像流動，滴進了水裡，使得一輝和瞬覺得很溫暖。瞬和一輝頓時精神一振，再次爬起，同時向特修斯攻去，但是特修斯依然輕易地阻擋了他們的攻擊。瞬高高躍起展開他的星雲鎖鏈，攻向特修斯，當特修斯準備躲避的時候，一輝出現在他背後，他們一起幹掉了特修斯。史昂再次講話了，他告訴阿瞬和一輝沒有看錯他們，把保護雅典娜的重任託付給他們這些青銅聖鬥士是正確的！
星矢離開他們同奧德修斯戰鬥的地方，他感到他的身體正在排斥他，沒有任何力量去戰鬥。過了不多久，他到了一個沙漠，在那裡，他遇到了鬥馬伊卡洛斯，鬥馬是來殺他的，但是星矢根本無心戀戰。就在鬥馬要殺了星矢的時候，魔鈴出現了，她拿出了之前在河邊撿到的鈴鐺，她告訴鬥馬，她找尋佩戴這個鈴鐺的人很久了，但是鬥馬似乎根本不把魔鈴放在眼裡，他沒有認出這其實是他的姐姐。鬥馬和以前不一樣了，他不再是魔鈴熟悉的那個弟弟，他現在效忠於月亮女神阿爾特彌斯，他的目標是要變成一位強大的神。這就是為什麼他要無視人類，無視自己的軟弱無視自己的情感。他不把魔鈴放在眼裡向她襲去，魔鈴企圖防衛，但是鬥馬的力量實在太強大，星矢也企圖保護魔鈴，但是兩人一起被鬥馬打倒在地。
鬥馬回到了最初我們在電影開頭的那個地方，也許是天界聖壇，他同阿爾特彌斯交談，阿爾特彌斯告訴他，他是唯一一個被選為作為她的鬥士的人類。與此同時，星矢再次站了起來，去尋找沙織。女神驚訝地看到了星矢，告訴他非常抱歉再次讓他捲入戰爭中。星矢堅定地告訴沙織，她也不要再下同樣的賭注，她不應該繼續讓自己的鮮血白白流淌。
“你為什麼要為我這樣做呢？”By 沙織
“因為我是你的聖鬥士，我想要為你而戰！”By 星矢
沙織的神情變了，她走出贖罪之泉，說要殺了他。星矢不相信她說的，再次問她為什麼要這樣。雅典娜召喚出月亮女神，並叫她把勝利女神杖給她，當月神把黃金杖給她時，雅典娜再次表現出要殺他的意思，並且問他是否接受，“是的！”星矢義無反顧地回答，因為他是為了女神而活的，他願意為女神而死。雅典娜一把拿過黃金杖就朝星矢的胸膛打去，星矢渾身是血倒在了池中。紫龍和冰河感受到了星矢的小宇宙消失了，他們再次站起，朝女神的方向走去，一輝和瞬也同樣這麼做了。
沙織轉身用清澈的眼睛看著月神，她不想回到眾神所在的地方，奧林帕斯了，她告訴月神，她只希望神能夠讓人類自由地生存在這個地球上，不要成為神的奴隸，這就是她為此作戰的原因，甚至是同她的姐姐。阿爾特彌斯嘆息了，她表情哀傷地接受了這個事實，然後準備要殺了沙織，舉起她的黃金弓箭，準備射向雅典娜。雅典娜告訴她，使得人類變得這麼強的是來自於同大自然其他事物抗爭的結果，眾神並不明白，因為他們只知道思考如何去控制其他人。
“神啊，你究竟是什麼呢？” By 雅典娜
“神就是神，神的意志就是一切。” By 阿爾特彌斯
星矢再次站起來準備阻止阿爾特彌斯殺雅典娜，正在此時，鬥馬突然出現，擋住了星矢，並同他作戰。經過一番較量，星矢正要把鬥馬從懸崖上甩出去，這時魔鈴出現，阻止了他。這時鬥馬的腦中閃過幼年的回憶，我們可以看到畫面上年幼的鬥馬依偎在魔鈴身邊，發誓說要永遠保護姐姐。魔鈴非常抱歉地告訴鬥馬她沒有盡到姐姐的責任，沒有去尋找到他。這時鬥馬告訴魔鈴，他現在終於明白了，是什麼讓人類變得如此強大。原來當初鬥馬要成為阿爾特彌斯的鬥士是為了像神一樣強大，這樣才有能力保護姐姐。阿爾特彌斯不想浪費更多時間，她舉起弓箭射向雅典娜，這時鬥馬一下子衝到了雅典娜前，箭射入了鬥馬的胸膛，阿爾特彌斯終於感到了人類創造奇蹟的那種力量，但是這個時候，另外一個身影出現了，他是太陽神阿波羅，他告訴阿爾特彌斯，他對她很失望，因為她沒能殺了雅典娜。他準備親自動手殺了雅典娜。阿波羅想要一把抓住雅典娜，星矢上前阻擋，他將要面對的是強大的神，雅典娜告訴星矢，他沒有能力對抗阿波羅，但是星矢堅信他可以……
阿波羅燃燒了他巨大的小宇宙，導致沙織和星矢的衣服都被燒掉。阿波羅告訴他們人類無法同神對抗，因為神靈是擁有最大力量的。雅典娜開始思考，人類如果需要生存，是否只能為神服務，必須在他們的控制之下呢？星矢則不同意阿波羅的觀點，把人類當作是奴隸的神，人類不需要。
他不希望有神以這樣的方式存在，即使是同阿波羅戰鬥他也在所不惜。 阿波羅攻擊星矢，星矢把小宇宙提升到了最高點，星矢又穿上了天馬座聖衣奮力一拳打向阿波羅，結果阿波羅的臉被星矢打傷，而星矢被擊飛不知是死是活……
在阿波羅和星矢的戰鬥的最後兩個鏡頭結束之後熒幕一片漆黑，熒幕上出現了一個問題：聖鬥士的小宇宙可以戰勝神嗎？？
影片最後一幕是雅典娜與星矢重新相遇的畫面，但都失去了記憶（應該是被阿波羅消除了兩人的記憶，作為他們膽敢多次與神對抗的懲罰）。
電影一開始，鬥馬伊卡洛斯在一個特殊的聖壇裡祈禱，之後馬上收到了殺掉星矢的命令，於是他和另外兩個天鬥士奧德修斯以及特修斯離開那個聖壇，他們三人到達了一個湖邊，星矢一臉茫然地坐在輪椅上。三人沒有任何顧慮地向星矢襲擊，輪椅突然圍繞在一片血紅中……
但是之後他們發現他們無法傷害到星矢，他們不知道為什麼會這樣，突然他們看到星矢旁出現一個人影，是沙織。她拿著一些毛巾來替星矢擦拭。鬥馬馬上意識到他們的攻擊無效是因為沙織的緣故。三個天鬥士命令沙織離開他，他們告訴她，星矢因為惹惱了神所以要受到神的處罰。但是沙織攔在了星矢前面不讓他們靠近。於是三個天鬥士同時襲擊雅典娜，但是女神強大的小宇宙讓天鬥士們無法傷害到她。這時候太陽墜落，月亮升起，雅典娜意識到，只有一個人能夠讓月亮迅速升起並掩蓋太陽的光芒，那就是她的姐姐，月亮女神阿爾特彌斯。
阿爾特彌斯告訴雅典娜，她的行為違背了神的意願，她要處罰那些違抗神旨意的聖鬥士們，阿爾特彌斯告訴雅典娜必須交出大地的控制權，雅典娜沒有猶豫和害怕就答應了，阿爾特彌斯於是命令三個天鬥士離開聖域，但是雅典娜告訴阿爾特彌斯，在交出大地控制權之前，阿爾特彌斯必須饒恕星矢和其他的聖鬥士。阿爾特彌斯同意了，但是她告訴雅典娜，任何再次違背眾神意志的人類將不會被原諒，並且會受到嚴厲的懲罰。講完這些，阿爾特彌斯消失了。
星矢依舊坐在他的輪椅上，他不能睜開眼睛，似乎他腦中只殘留著冥界之戰同哈迪斯的激烈戰鬥的回憶，哈迪斯的劍刺穿了他的胸膛。突然魔羚出現在他面前，他醒來站了起來。魔鈴驚訝地在小湖的房子旁發現了星矢，因為在冥界篇之戰後，沒有人知道星矢和沙織的去向。魔鈴在木屋的樓梯旁發現一個很小的鈴鐺，似乎是那三個天鬥士留下的，魔鈴小心地收藏了這個鈴鐺，然後告訴星矢他必須馬上回聖域去尋找雅典娜，說完後她就離開了。星矢聽了魔鈴的話站起來向著聖域出發。
當他到達聖域的時候，他幾乎不能相信自己所看到的，因為聖域完全變樣了。可以看到許多水流淌在廢墟的周圍，那時星矢感到一個熟悉的影子在靠近他，是莎爾娜，她坐在一個廢墟的屋頂，星矢問她到底發生了什麼，雅典娜去了哪裡，莎爾拉告訴他，他們已經毫無價值可言了，因為現在的聖域不再屬於雅典娜，月亮女神才是主人。但是星矢不相信她的話，他說想要見其他聖鬥士。莎爾拉語氣很生硬地告訴他，這裡已經沒有任何雅典娜的聖鬥士了。但是星矢仍然不相信，於是莎爾拉擺出戰鬥的姿勢想殺了星矢，正當星矢準備回擊的時候，邪武出現了，同時攻擊他；市也出現了，同樣向星矢襲來。他們三個人同時譏諷星矢，並告訴星矢，雅典娜已經離開了他們離開了地球，因為他們太可悲了。星矢仍然不相信他們的話，儘管他們的表情變了，他們和以前不同了，他們真的不再是雅典娜的聖鬥士了嗎？莎爾娜告訴星矢，雅典娜正在釋放自己的鮮血並且馬上將會死去。星矢很困惑，問莎爾娜他們對雅典娜做了些什麼，三個人回答他們什麼都沒有做。
莎爾娜把星矢帶到了聖域的湖邊隱匿起來，之後莎爾娜、 邪武和市就離開了。當他們走的時候談到，或許星矢在聖域不是孤獨的。此時此刻，雅典娜正在神殿的“贖罪之泉”釋放她的鮮血，她要用她的生命來拯救人類，求得被人類惹惱的眾神的原諒。
與此同時，星矢在聖域的某池邊地上，他問自己身處何地，他認為莎爾娜一定有所目的把他放在這裡。過了一會兒，他感到有人在幾米處呼喚他，當他準備看個究竟的時候，發現了自己的天馬座聖衣。他正要去拿的時候，卻發現聖衣在排斥他。但是沒過多久他才意識到不是聖衣排斥他，而是他的身體在排斥聖衣。星矢又穿上了聖衣。
在他走出去的路上發現紫龍倒在水中，冰河似乎在他要發極光處刑的時候被冰住了，他們都不是奧德修斯的對手。奧德修斯告訴星矢特修斯之前對阿瞬說得同樣的話，人類包括雅典娜和他的聖鬥士都將被消滅。星矢對奧德修斯說，他的力量會開創奇蹟，為了拯救人類他可以做任何事情。他說所有這一切都感謝他的小宇宙，當紫龍和冰河聽到了他的話之後再次爬起。冰河對星矢說，他們所謂的力量一直幫助他們擊敗迄今為止的所有敵人。之後他們三個人共同向奧德修斯襲去，奧德修斯輕易地打翻了他們三個，激鬥中，星矢的聖衣解體了，但攻擊依然無效，他們不放棄再次向奧德修斯襲去，一次又一次，終於打敗了他，不過他們自己也倒下了。
與此同時，瞬身著聖衣出現了，他已經知道了所有發生的事情。瞬用他的鎖鏈一步一步攀登在聖域的懸崖峭壁上，這時他突然感覺到背後出現了一個人影，是天鬥士特修斯，特修斯抓住瞬用來攀登懸崖的鎖鏈，告訴瞬他將以神的意志殺了瞬。
兩人在一番對話之後，特修斯準備襲擊瞬，瞬幾乎毫無抵抗力地被特修斯抓住他正在攀登的鎖鏈用力摔到了旁邊的岩石上，那些岩石層層疊疊好像一棵大樹，可是似乎有奇怪又熟悉的人影在上面。 那些岩石居然都是黃金聖鬥士的石像，穆在最上面，撒加和艾俄羅斯在最底下，在中間辨認出童虎、史昂和修羅，還有其他人。瞬看著這些石像驚呆了…… 一個很黑的類似監獄一樣的地方，監獄周圍被火焰一樣的結界圍繞，聽到有兩個神的聲音，黃金聖鬥士都身無遮蓋且表情木然。兩位神嚴厲地對諸位黃金聖鬥士說他們將受到神靈的懲罰，因為他們曾經冒犯神靈，他們的靈魂將萬劫不復地被封印。這時候，史昂和童虎開口說話了，他們說他們將永遠是雅典娜的聖鬥士，他們將永遠為保衛雅典娜而戰。兩位神告訴黃金他們永遠都不能離開那個監禁的地方，他們將受到懲罰。
瞬被摔落的水池是圍繞在黃金被封印的巨大石塔中的一座，瞬站起來繼續對抗特修斯。瞬問特修斯雅典娜怎麼了，特修斯告訴瞬，雅典娜正在為了拯救地球和人類而獻出自己的生命。瞬責問特修斯他們對雅典娜做了什麼，一邊縱身躍起向特修斯襲去，但是特修斯輕易就打倒了他。這時一輝出現了，瞬像以往那樣說道：哥哥……你來了……特修斯輕易地打倒了一輝，當特修斯看到被打倒在地的瞬和一輝掙扎地爬起來的時候，特修斯終於意識到為什麼眾神想要殺了他們。正在這個時候，黃金聖鬥士所在的雕像血液附著石像流動，滴進了水裡，使得一輝和瞬覺得很溫暖。瞬和一輝頓時精神一振，再次爬起，同時向特修斯攻去，但是特修斯依然輕易地阻擋了他們的攻擊。瞬高高躍起展開他的星雲鎖鏈，攻向特修斯，當特修斯準備躲避的時候，一輝出現在他背後，他們一起幹掉了特修斯。史昂再次講話了，他告訴阿瞬和一輝沒有看錯他們，把保護雅典娜的重任託付給他們這些青銅聖鬥士是正確的！
星矢離開他們同奧德修斯戰鬥的地方，他感到他的身體正在排斥他，沒有任何力量去戰鬥。過了不多久，他到了一個沙漠，在那裡，他遇到了鬥馬伊卡洛斯，鬥馬是來殺他的，但是星矢根本無心戀戰。就在鬥馬要殺了星矢的時候，魔鈴出現了，她拿出了之前在河邊撿到的鈴鐺，她告訴鬥馬，她找尋佩戴這個鈴鐺的人很久了，但是鬥馬似乎根本不把魔鈴放在眼裡，他沒有認出這其實是他的姐姐。鬥馬和以前不一樣了，他不再是魔鈴熟悉的那個弟弟，他現在效忠於月亮女神阿爾特彌斯，他的目標是要變成一位強大的神。這就是為什麼他要無視人類，無視自己的軟弱無視自己的情感。他不把魔鈴放在眼裡向她襲去，魔鈴企圖防衛，但是鬥馬的力量實在太強大，星矢也企圖保護魔鈴，但是兩人一起被鬥馬打倒在地。
鬥馬回到了最初我們在電影開頭的那個地方，也許是天界聖壇，他同阿爾特彌斯交談，阿爾特彌斯告訴他，他是唯一一個被選為作為她的鬥士的人類。與此同時，星矢再次站了起來，去尋找沙織。女神驚訝地看到了星矢，告訴他非常抱歉再次讓他捲入戰爭中。星矢堅定地告訴沙織，她也不要再下同樣的賭注，她不應該繼續讓自己的鮮血白白流淌。
“你為什麼要為我這樣做呢？”By 沙織
“因為我是你的聖鬥士，我想要為你而戰！”By 星矢
沙織的神情變了，她走出贖罪之泉，說要殺了他。星矢不相信她說的，再次問她為什麼要這樣。雅典娜召喚出月亮女神，並叫她把勝利女神杖給她，當月神把黃金杖給她時，雅典娜再次表現出要殺他的意思，並且問他是否接受，“是的！”星矢義無反顧地回答，因為他是為了女神而活的，他願意為女神而死。雅典娜一把拿過黃金杖就朝星矢的胸膛打去，星矢渾身是血倒在了池中。紫龍和冰河感受到了星矢的小宇宙消失了，他們再次站起，朝女神的方向走去，一輝和瞬也同樣這麼做了。
沙織轉身用清澈的眼睛看著月神，她不想回到眾神所在的地方，奧林帕斯了，她告訴月神，她只希望神能夠讓人類自由地生存在這個地球上，不要成為神的奴隸，這就是她為此作戰的原因，甚至是同她的姐姐。阿爾特彌斯嘆息了，她表情哀傷地接受了這個事實，然後準備要殺了沙織，舉起她的黃金弓箭，準備射向雅典娜。雅典娜告訴她，使得人類變得這麼強的是來自於同大自然其他事物抗爭的結果，眾神並不明白，因為他們只知道思考如何去控制其他人。
“神啊，你究竟是什麼呢？” By 雅典娜
“神就是神，神的意志就是一切。” By 阿爾特彌斯
星矢再次站起來準備阻止阿爾特彌斯殺雅典娜，正在此時，鬥馬突然出現，擋住了星矢，並同他作戰。經過一番較量，星矢正要把鬥馬從懸崖上甩出去，這時魔鈴出現，阻止了他。這時鬥馬的腦中閃過幼年的回憶，我們可以看到畫面上年幼的鬥馬依偎在魔鈴身邊，發誓說要永遠保護姐姐。魔鈴非常抱歉地告訴鬥馬她沒有盡到姐姐的責任，沒有去尋找到他。這時鬥馬告訴魔鈴，他現在終於明白了，是什麼讓人類變得如此強大。原來當初鬥馬要成為阿爾特彌斯的鬥士是為了像神一樣強大，這樣才有能力保護姐姐。阿爾特彌斯不想浪費更多時間，她舉起弓箭射向雅典娜，這時鬥馬一下子衝到了雅典娜前，箭射入了鬥馬的胸膛，阿爾特彌斯終於感到了人類創造奇蹟的那種力量，但是這個時候，另外一個身影出現了，他是太陽神阿波羅，他告訴阿爾特彌斯，他對她很失望，因為她沒能殺了雅典娜。他準備親自動手殺了雅典娜。阿波羅想要一把抓住雅典娜，星矢上前阻擋，他將要面對的是強大的神，雅典娜告訴星矢，他沒有能力對抗阿波羅，但是星矢堅信他可以……
阿波羅燃燒了他巨大的小宇宙，導致沙織和星矢的衣服都被燒掉。阿波羅告訴他們人類無法同神對抗，因為神靈是擁有最大力量的。雅典娜開始思考，人類如果需要生存，是否只能為神服務，必須在他們的控制之下呢？星矢則不同意阿波羅的觀點，把人類當作是奴隸的神，人類不需要。
他不希望有神以這樣的方式存在，即使是同阿波羅戰鬥他也在所不惜。 阿波羅攻擊星矢，星矢把小宇宙提升到了最高點，星矢又穿上了天馬座聖衣奮力一拳打向阿波羅，結果阿波羅的臉被星矢打傷，而星矢被擊飛不知是死是活……
在阿波羅和星矢的戰鬥的最後兩個鏡頭結束之後熒幕一片漆黑，熒幕上出現了一個問題：聖鬥士的小宇宙可以戰勝神嗎？？
影片最後一幕是雅典娜與星矢重新相遇的畫面，但都失去了記憶（應該是被阿波羅消除了兩人的記憶，作為他們膽敢多次與神對抗的懲罰）。