檸檬酸迴圈是從兩個碳原子的乙醯基開始的，這裡的乙醯基來自糖酵解過程產生的丙酮酸。三個碳原子的丙酮酸和輔酶A反應，把兩個碳原子的乙醯基轉移給輔酶A，另一個碳原子變成二氧化碳釋放出去了。　　（檸檬酸迴圈是從二碳基團乙醯基開始的，這個乙醯基和一種叫輔酶A的分子結合形成乙醯輔酶A。乙醯輔酶A來自糖酵解產生的丙酮酸，而丙酮酸是葡萄糖裂解的產物。丙酮酸分子結構中有三個碳，和輔酶A反應後，兩個碳鏈基團轉移給輔酶A，剩下的那個就成為二氧化碳釋放出去了。）　　（檸檬酸迴圈又叫三羧酸迴圈，是因為乙醯基和四碳化合物草醯乙酸結合生成六碳的檸檬酸，檸檬酸經歷一系列的反應——氧化和同分異構，這個過程中的中間產物主要是多種羧酸（其實不止3個，只是主要有三種），在這個過程中，有兩個碳原子被先後解離下來生成了二氧化碳，最後再次生成草醯乙酸，形成一個迴圈。（所以草醯乙酸是催化劑！））　　（檸檬酸迴圈在細胞器線粒體中進行，它的反應原料——丙酮酸卻是在細胞質中由糖酵解生成的，這一步不需要氧。然後丙酮酸被轉移至線粒體中進行氧化反應，是有氧呼吸的第一步，在高等生物中，有氧呼吸提供給我們的身體大部分能量。如果沒有足夠的氧氣，丙酮酸就在細胞質中轉變為乙醇或乳酸，這就是無氧呼吸。比如在釀酒酵母或乳酸菌中，或是因為劇烈運動來血液不及供氧而感到痠痛的肌肉中。（所以釀酒酵母和乳酸菌在無氧時就能發酵生成酒精或酸奶，劇烈運動而感到痠痛的肌肉中，也是因為血液來不及供氧而產生了乳酸。）無氧呼吸提供的能量不僅少，而且生成的乙醇或乳酸對動物和植物是有毒的。）