臺,灣位於亞熱帶與熱帶，以及大陸與海洋的交界處。氣候條件使早期臺灣利於生物生存，臺,灣,海,峽的隔離，則使冰河時期經由陸橋從歐,亞,大,陸遷移而來的物,種，演化成島上特有種。另外高山對季風的阻擋能使島內環境變化較大，例如降雨量的差異。複雜的地形則導致地理隔離，有利於新物種的形成。流經,菲,律,賓、臺,灣與日,本,海,域的黑潮洋流，也是生物的營養來源，一方面帶來海洋動物與浮游生物，一方面則帶來南方植物。臺,灣陸地的森林種類主要受到海拔高度影響。海拔700米以下是亞熱帶闊葉林，海拔700~1800米是闊葉林，1800~2500米是混合林，2500~3500米則是針葉林，3500米以上的高山地帶則是苔蘚或草原。不同種類森林所構成的環境，也是各種植物、動物、與真菌的棲息地。臺,灣的海岸線與鄰近海岸地區，過去擁有廣大的紅樹林與沼澤，並因此孕育許多生活在潮間帶的動物。但現今大多已經消失，只保留在少數區域，例如臺,南的七股溼地與臺北的淡水河河口。此外最南端的恆春半島，至今仍存有熱帶季風林與珊瑚礁。由於人類在平地開發，大型野生動物大多分佈在山區或較稀少的低海拔森林中。由於棲地破壞和外來種引入，造成臺,灣部分物種負面影響，有些甚至瀕,臨,滅,絕或已滅,絕。如:福壽螺、美,國螯蝦、澳,洲淡水龍蝦與吳郭魚這四個外來種引進後，因欠缺天敵的制衡下，過,度,繁,殖，導致臺,灣原生的田螺、螯蝦和鯽魚大為減少;17世紀時曾經滿山遍野的臺,灣梅花鹿，因長,期,過,度,捕,獵,大,量,鹿,皮,外,銷,日,本等地，以致於目前野生的梅花鹿已經瀕,臨,滅,絕。為保護自然風景及野生動植物，中,華,民,國,內,政,部,營,建,署,自1983年起已公告成立8座國,家,公,園。臺,江,國,家,公園於2009年12月掛牌成立。另為保,護,野,生,動,植,物,棲,息,地，自1986年起也陸續公告19個自,然,保,留,區。