抱歉，您問道於盲了，迄今為止還沒聽說過有導彈被雷電擊中或擊毀的案例，所以我不知道會怎樣。不過我覺得可以參考飛機的防雷措施（非理科生個人理解或有錯誤，方家勿笑，歡迎指正）：飛機蒙皮內設定有避雷條，各尖端設有釋放電荷的裝置，雷電能量透過避雷條引入地線和釋放裝置，以防電路和儀器損壞。相應的各處電路以及其它裝置均遵循高導通確實接地和耐高溫的設計。當然，飛機把電荷釋放到空中肯定不如建築避雷針把電荷匯入大地，超過防雷設施設計極限的特強雷電仍會造成損害。我估計飛機上的防雷措施，或許部分高價值導彈上也有。

飛行中的導彈被雷電擊中，一般情況下都不會有太大的問題。因為導彈外皮雖然都是金屬材料，但是導彈是一個圓柱體形狀，在被雷電擊中時，只要在導彈尾翼上加一個簡單的放電裝置就可以了。

這個同飛機原理差不多，飛機飛行在高空就有考慮過被雷擊的風險，飛機也是在尾翼部位安裝有放電裝置。這樣雷達經過飛機外表金屬蒙皮，透過放電裝置放電。飛機裡面的乘客就能保證安全，不會被雷電擊傷。

雷電擊中飛行的導彈，這其中涉及到一個物理現象，“法拉第籠”定理。什麼意思呢？就是一個金屬構成的籠子，具有良好的導電性，專家透過實驗發現，電荷只存在於金屬籠子表面，不會對籠子內部事物產生影響，這一現象的發現，表明外部金屬具有保護內部事物的作用。這樣只要把外部的電流及時匯出，就沒有什麼風險。

電網公司的室外操作人員，帶電操作高壓設施就是利用了這一“法拉第籠”定理。雖然如此，但是雷電的強電流所形成強磁場會對內部的電子設施以及電氣化的物件產生一定的影響，這也就是為什麼有時候飛機被雷暴襲擊，會使得飛機墜毀的原因，電子裝置和電氣設施的損壞，就會使得飛機失去控制，以至墜毀。

導彈也是如此，但是導彈沒有飛機如此精密做好防護，發射出去的導彈也是不需要回收的，內部的電子電氣化也沒有這麼複雜，所以在一般情況下，導彈的飛行被雷電擊中沒有多大的危險。