聲母、韻母是針對音節結構來說的，指的是音節的組成部分。漢語的音節由聲母、韻母、聲調組成，韻母又可以再分成韻頭（介音）、韻腹和韻尾。其中，聲母、韻頭、韻尾都是可有可無的。當然，沒有聲母的情況有人認為是零聲母，這個無所謂。日語雖然一般不提聲母、韻母的概念，但除去個別特殊音節（撥音、促音），其實也可以像漢語音節一樣分為聲母和韻母（但沒有聲調）；韻母可以再分為韻頭（介音）和韻腹，沒有韻尾。而母音和子音說的是單個音的性質。漢語和日語的聲母，除零聲母的情況外，都是子音。以y,w開頭的音節的結構劃分可能有爭議：有人認為這樣的音節應該算零聲母，y,w本身分析為韻頭（介音）；有人認為y,w可以算聲母，這時聲母是“半母音”，“半母音”算不算子音可能也有多種說法。我個人贊成把y,w分析為介音。韻母部分，韻腹一定是母音；韻頭只能是i/y、u/w、ü/yu，把它們當成母音還是半母音，都無所謂。漢語的韻尾可能是母音（-i, -u），也可能是子音（-n, -ng）。題主說的“日語的母音又全部大致包含在漢語的韻母裡”是不確切的。日語一共有5個母音，其中あ、い在漢語中也有，但う與漢語的u不同，而え、お這兩個母音在漢語中不會單獨作為韻母（個別語氣詞“誒”“喔”等除外），而總是作為更復雜的韻母（如ie, uo, ei, ou）的一部分出現。