第一卷寫的是格列佛在小人國(利立普特)的遭遇，格列佛與利立普特人的大小比例為十二比一，那裡的居民身高僅6英寸，格列佛置身其中，就像一座“巨人山”。起先他被小人們捆了起來，但後來由於他表現溫順並答應接受某些條件，小人國國王同意恢復他的自由。此時，該國正遭到另一小人國(布萊夫斯庫)入侵，格列佛涉過海峽把敵國艦隊的大部分船隻擄來，迫使敵國遣使求和。儘管格列佛立了大功，但後來因在幾件事情上得罪了國王，國王決定刺瞎他的雙眼，將他活活餓死。格列佛得知訊息，倉皇逃向鄰國，修好一隻小船，起航回家。

第二卷描述格列佛在大人國的遭遇。在這一卷裡，格列佛又一次出海時，遭遇風暴，船被刮至一片陌生的陸地。這陸地叫布羅卜丁奈格(大人國)。那裡的居民身高有如鐵塔。格列佛一到這裡，由“巨人山”一下子變成了侏儒，置身大人國，自己彷彿變成了一個利立普特(小人國)人，比例倒了過來，成了一比十二。在大人國的農夫面前，格列佛像鼴鼠般大小，被農夫當作玩物帶回家。為了賺錢，農夫竟把他帶到市鎮，讓他耍把戲，供人觀賞。後來他被王后買去，得以與大人國的國王相處。逐漸地，格列佛思鄉之情日益濃烈，在一次隨國王巡視邊境時佯稱有病，去海邊呼吸新鮮空氣。當他在岸邊鑽進小木箱睡覺時，一隻大鷹將木箱叼走。後來木箱落入大海，被路過的船隻發現，裡面的格列佛獲救，終於又回到英國。

第三卷寫的是飛島國。這一卷比較鬆散，鋪得較開，寫格列佛以勒皮他(飛島)遊歷為中心，兼及巴爾尼巴比、拉格奈格、格勒大錐和日本四個地方的遊記。

第四卷描述了格列佛在賢馬國(“慧駰國”)的所見所聞。這是歷來最為爭議的部分。在那裡，格列佛遭到智慧而理性的慧駰的放逐，滿心悵惘地回到那塊生他養他如今卻叫他厭惡的故土，憤怒而又無可奈何地與一幫“野胡”在一起度過自己的餘生。