體型不同：

小黃花魚：小黃花魚體長圓形，側扁，尾柄長為其高的2倍。頭大，口寬而傾斜，上下頜略相等。下頜無須，頦部有6個細孔。上下頜具細牙，上頜外側及下頜內側牙較大，但無犬牙，顎骨及犁骨無牙，頭及身體被櫛鱗，鱗較大，側線上鱗5～6個，背鰭及臀鰭鰭條膜上有2/3以上被小圓鱗，臀鰭鰭條少於10，鰾側管2小分支平行但不相等，呈一長一短管狀。

大黃花魚：大黃花魚體延長，側扁，體長約40～50釐米，尾柄細長，長約為高的3倍餘，鱗較小，背鰭起點至側線間具8-9行鱗，頭較大，具發達粘液腔，下頜稍突出，體黃褐色，腹面金黃色，各鰭黃色或灰黃色，唇橘紅色，鰾較大，前端圓形，頭顱內有2塊白色矢耳石，椎骨26～27個。

分佈不同：

小黃花魚：小黃花魚廣泛分佈於中國東海、黃海和渤海以及北韓半島西岸海域，主要產地在江蘇、浙江、福建、山東等省沿海，以及受長江徑流影響較大的黃海南部和東海北部水深40～80米的海區，屬暖溫性近底層魚類。

大黃花魚：大黃花魚分佈於黃海中部以南至瓊州海峽以東的中國大陸近海及北韓西海岸，雷州半島以西也偶有發現，中國沿海的大黃魚可分為南黃海——東海地理種群、臺灣海峽——粵東地理種群、粵西地理群3個種群。

功效不同：

小黃花魚：小黃花魚含有豐富的蛋白質、糖、脂肪、鈣、磷、鐵、鉀、鈉、鎂、硒和維生素A等人體所需的多種營養成分，食用價值高，而且無論從中國傳統醫學還是現代醫學研究中，都發現小黃魚還具有相當高的藥用價值，例如魚鰾具有潤肺、健脾、補氣血的功效，膽能清熱解毒、平肝、降血脂，魚磷可製藥用膠，精巢用來提取魚精蛋白、精氨酸，卵巢則可用於提取卵磷脂。

大黃花魚：大黃花魚肉質較好且味美，松鼠黃魚為筵席佳餚，大部分鮮銷，其他鹽漬成“瓜鯗”，去內臟鹽漬後洗清曬乾製成“黃魚鯗”或製成罐頭，魚鰾可乾製成名貴食品“魚肚”，又可制“黃魚膠”，肝臟含維生素A，為制魚肝油的好原料，耳石可作藥用。