自從河馬被發現至今，它的歸屬就引起科學家的激烈爭議。古希臘人認為它和馬有最親近的血緣，現代科學家則認為它的近親是豬或野豬。直到1985年科學家首次對河馬與鯨的血液蛋白進行對比，才發現河馬與鯨的差別遠不像看起來那麼大，最近的DNA分析也證實了這一點。因此早就有科學家建議，鯨應該和偶蹄動物歸為一目，合稱為“鯨－偶蹄動物”，儘管鯨的蹄已經完全變成了鰭。

　　在新一期美國《全國科學院學報》網路版上，由美國加利福尼亞大學伯克利分校、法國普瓦捷大學以及查德恩賈梅納大學組成的研究小組透過對河馬與鯨各自祖先的化石系統分析後提出，它們的共同祖先約在4000萬年前分成兩支。其中的一支進化成為鯨，並最終告別了陸地；而另一支是一種外貌有些像豬的厚皮四蹄動物，被稱為石炭獸類，是所有偶蹄動物的祖先。

　　美國加州大學伯克利分校研究人員布瓦瑟裡說，石炭獸類這種古老動物曾一度生活在除大洋洲和南美洲之外的廣泛地區，直到在250萬年前的冰期中滅絕。不過，約1600萬年前在非洲進化而成的河馬，可以算是它的直系孑遺，因此河馬與鯨的親緣關係可以比作“表兄弟”。

　　研究人員說，河馬與鯨的共同祖先應是半水棲的動物，喜好生活在水邊，新近發現鯨類祖先、河馬以及其他偶蹄動物祖先石炭獸類的化石，都顯示出半水棲或水棲的特徵。他們也支援將鯨和偶蹄動物合併成“鯨-偶蹄動物”目。

　　布瓦瑟裡說，要確證鯨與河馬以及其他偶蹄動物的關係，還需要足夠的化石證據，不過2001年科學家在巴基斯坦境內發現了已知鯨類最早祖先的化石，顯示出它的上肢還沒有完全進化成鰭，而是保留了一些偶蹄動物特徵。正是透過對這些化石的系統分析，研究人員提出了鯨與偶蹄動物的詳細進化路線。