1、菇蚊菇蠅類：秋季栽培一般採用發酵料（平菇、雞腿菇、雙孢菇），菇蚊、平菇眼菌蚊、蘑菇眼菌蚊、糞蠅、蚤蠅、果蠅等成蟲近料產卵，成蟲及卵並不能直接產生為害。這些害蟲的成蟲極具趨光性和趨味(菇香味、料香味、腐味)性，菇棚閉光處理時，發生機率較低，蟲口密度大為下降。 　　2、蟎類：蟎類蟲源渠道多，或寄居於棚內邊角的縫中，也可透過各種工具進入菇棚。蟎類主要以咬食菌絲為主要為害，但當蟲口密度較大時，也能咬齧菇蕾及老熟子實體。蟎蟲主要品種有粉蟎、蒲蟎等。蟎蟲個體極其微小，但該害蟲有群居習性，成堆成團地活動於料表及菇棚邊角、地面，蟲口密度很大時，料表呈白色(烏白色)或肉紅色甚至紅褐色。 　　3、跳蟲：該蟲多於夏秋季節發生危害，15℃以上條件即可存活，氣溫達22℃時漸趨活躍，並隨之繁殖擴大，跳蟲以菌絲體和子實體為危害物件，且潛伏在菌褶及細小縫隙中，使產品價值大打折扣甚至報廢。跳蟲品種較多，常見的主要有角跳蟲、黑角跳蟲、黑扁跳蟲等。跳蟲的壽命長達到一年。菇棚內潮溼的環境、陰暗的光線、豐富的菌絲及蘑菇營養，為跳蟲的繁衍生息提供了條件，因此，為害性較大。 　　4、線蟲：線蟲主要危害食用菌菌絲，亦有多個品種，主要有具口針的菌絲線蟲、無口針的小杆線蟲等，前者以口針插入菌絲體吸取菌絲液汁，使菌絲生長受阻、繼之萎縮死亡，產生“退菌”現象；後者則為害菌絲成為碎片，然後吞食或吸吮，結果同樣是使菌絲消失。