主線：
1雲霄飛車殺人事件（Gin&Vodka初次登場，讓新縮小變成了柯南）
2董事長千金綁架事件（阿笠博士知道柯南身份，工藤新一化名江戶川柯南，轉入帝丹小學。）
4大都會暗號地圖事件(少年偵探團成立)
13奇怪的尋親殺人事件（宮野明美被警察逮捕）
43江戶川柯南誘拐事件(工藤夫婦得知柯南身份。)
48-49外交官殺人事件（服部平次登場,新一第一次回覆）
52霧天狗傳說殺人事件（柯南得知了琴酒和伏特加的代號）54電玩公司殺人事件（Tequila登場,被炸死）
57-58福爾摩斯迷殺人事件(服部發現柯南身份）
128黑衣組織十億元搶劫事件（宮野明美被組織殺害）
129來自黑衣組織的女子大學教授殺人事件（灰原登場亮相。柯南第一次知道了藥的名字是APTX4869）
170-171黑暗中的死角（新出智明的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案。新出正式登場）
176-178與黑衣組織的再會（灰原解釋了APTX4869原來是細胞程式性死亡。Vermouth在這裡第一次露面。皮斯克與灰原的父母很熟悉，藥的開發在灰原父親的時代就開始了。GIN提到了“那位先生”，在以後會經常出現。灰原第一次恢復）
188-193危命的復活（新一第二次恢復）
226-227格鬥遊戲的陷阱（茱蒂首次登場並與柯南相識，並看見他藉助園子破案。）
230-231神秘的乘客（Vermouth再次露面，假扮新出與灰原同車。赤井秀一出場）
242元太的災難（灰原哀提到琴酒是左撇子。）
253-254本廳刑事戀愛物語4（新出醫生（貝爾摩得假扮）可能發現了柯南分析案情並利用變聲器。）
258-259來自芝加哥的男子（詹姆斯·布萊克登場）
269-270犯罪的遺物（貝爾摩得偷走與毛利小五郎相關案卷，為了解新出的案子，並把FBI的注意力轉向毛利，片尾赤井秀一監視偵探事務所，貝爾摩得計劃得逞）
271-272隱藏匆忙中的省略（茱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI；在案件中蘭回想起自己曾經見到過”帶黑色針織帽的男子”（赤井秀一）；在故事結尾貝爾摩德發郵件給琴酒，提到了雪莉酒，並且向打了叉的宮野志保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片）。
277-278英語教師VS西部名偵探（柯南基本肯定了克里絲是組織的成員，並進一步懷疑茱蒂=克里絲，並與服部平次一起去茱蒂公寓試探，未果。在最後茱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的一模一樣。柯南最後說的除茱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。）
286-288工藤新一NY事件（蘭和新一救了Vermouth假扮的銀髮殺人魔。毛利蘭初見赤井秀一）
289-290光彥森林迷失記（灰原透露沼淵己一郎是組織成員）
307-308遺留的無聲證言(小五郎受託尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委託人的談話中柯南瞭解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員龍舌蘭接觸的物件。最後透過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記)
309-311與黑衣組織的接觸（黑衣組織再度出場，柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危機，可最後不知是GIN放水還是疏忽，柯南僥倖逃過一劫。）
329-330金錢買不到的友情(阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是一個很有名的瘋狂科學家，而母親艾蓮娜是一個英國留學生，並且黑衣組織可能正在從事讓死人復活的計劃。)
335-336東都現象所的秘密(赤井秀一跟蹤柯南和灰原，最後赤井對著哀的照片說了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識)
338-339四臺保時捷（博士借茱蒂的車將灰原送回了家，並找來新出醫生給感冒發燒的灰原看病。Vermouth和茱蒂都發現灰原住處）
340-341廁所裡隱藏的秘密（灰原在父親好友的設計所廁所裡發現了姐姐留給自已的錄音帶。貝爾摩德在博士家安裝竊聽器，之後貝爾摩德打電話找組織成員“卡爾多瓦斯”來幫忙，正策劃著某項行動。）
343-344便利商店的陷阱（茱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務，不過在蘭和園子到茱蒂家中開聚會時，蘭意外發現了鏡子背後的照片）
345與黑衣組織的直面對決滿月之夜的二元推理（vermouth，茱蒂等人身份揭露，vermouth放棄追捕雪莉，並且向琴酒隱瞞了柯南和哀的事同時柯南聽到了貝爾摩德給那位先生髮郵件時的按鍵音。）
346-347尋找屁股上的印記（灰原哀拒絕了證人保護計劃。）
361-362帝丹高中校園靈異事件（真正的新出醫生迴歸。）
374-375星星和香菸的暗號（山村操給他奶奶發信息，開頭按鍵音和Boss的郵件地址很像，是鳥取縣）
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音（柯南知道boss的郵箱號，為七個孩子）
394-396奇異屋宇大冒險（柯南已經得知boss的手機號）
425黑色衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間（Kir、Chianti、Korn登場。黑衣組織的殺人計劃遭到FBI和柯南阻止，Kir受傷昏迷，被FBI捕獲。）
429-430無法回頭的二人（本堂瑛祐登場。）
462-465黑衣組織的影子（柯南注意到貝爾摩德去水無憐奈出事的目擊者家詢問，本堂瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查）
484-485黑色照片的去向（柯南和灰原哀進行調查，得到一張本堂瑛祐父親的照片）
491-504紅與黑的碰撞（小蘭的新同班同學本堂瑛佑總給柯南不好的感覺，他四處尋找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海與水無憐奈長相一摸一樣，但是血型不對。黑衣組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛佑襲擊後不得不說出真實身份，原來水無憐奈就是本堂瑛海，代替被殺的父親成為CIA的臥底，水無憐奈答應赤井秀一重新返回組織，但是接到的第一個任務就是殺死赤井秀一。赤井秀一疑似犧牲。）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛祐知道柯南身份，打算離開日本，柯南對赤井秀一已死的舉動奇怪。）
509紅白黃色與偵探團F/C（水無憐奈向茱蒂透漏情報，組織派出了一個厲害的偵探波本。衝矢昴登場，搬進工藤新一的房子。）
510柯南VS雙重暗號之謎
511推理對決！新一VS衝矢昴（柯南發現衝矢昴的推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波本酒。）
521殺人犯工藤新一
522新一的真實身份與小蘭的眼淚
523真正想問的事（新一第三次恢復）
542-543魚兒消失的一角巖（灰原哀再次感到衝矢昴的壓迫感。）
563-564偵探團VS劫匪團（臉上帶著燒傷的傷疤、疑似赤井秀一的人出現，右眼有著明顯的被火燒傷的傷疤。在最後此人撿起了搶劫犯的手槍，在柯南被搶劫犯劫持的緊張時刻，開槍救了柯南。）
578召喚危機的紅色前兆
579黑色與13的暗示
580逼近的黑之時限
581搖曳的紅色目標（疑似赤井秀一的人再度出現，同時，在商場的茱蒂老師收到了“這裡很危險，快逃”的字條，此時衝矢昴也在商場，首次見到了傷疤男，說的話意味深長。傷疤男將在商場發生的案件的推理用別人的手機發給了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人慾檢驗赤井秀一是否生還，並以此來證實基爾是否是臥底，卻被柯南巧妙地引開。與此同時昴也在尋找傷疤男，而傷疤男卻在被瞄準時對著瞄準鏡露出詭異的笑容。）
616-621福爾摩斯的默示錄（新一第四次恢復，並向蘭告白。工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發者。）
622-623緊急事態252（阿笠博士被綁架，片尾灰原哀再次對沖矢昴表示強烈懷疑。）
646-647幽靈旅館的推理對決（世良真純登場）
651柯南VS平次東西偵探推理對決（茱蒂、卡邁爾在看到世良的照片後表示世良“很像某個人”，而詹姆斯則一眼看出世良是女孩子。）
656-657博士的影片網站（世良看到博士影片中印出來的灰原哀的影子，並向光彥、元太打聽了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、鄰居（即衝矢昴）的情況。並對著衝矢昴的窗戶說：“我還以為是誰隨隨便便地住進來了呢，不過現在看起來真是杞人憂天了啊……”最後世良將影片中意外拍到的灰原影像在電腦中刪除。）
667-668婚禮前夜（安室透登場，成為小五郎弟子。）
671-674偵探們的夜想曲（衝矢昴脫口而出的一句“不要露出那種表情”，似乎讓灰原感到相當在意。Vermouth給波本打電話，安室透，衝矢昴，世良真純同時接到電話）
675-676一丁點都不原諒(灰原回想起衝矢的那句“不要露出那種表情”，和曾在組織臥底的諸星大（即赤井秀一）的用語十分相似。世良真純對工藤新一似乎早有了解，對灰原哀表現出興趣，並關注傷疤秀一)
681-683以性命為賭注的戀愛轉播（結尾處安室透為高木的指導警官伊達掃墓，暗示兩人曾是朋友)
684-685泡沫、蒸汽和香菸（灰原的舉動和二人對話表示，衝矢的頸部隱藏著某個秘密）
690-691工藤優作未解決的事件（衝矢昴舉止可疑，世良在房間中發現了女性線索，最後世良含淚回望柯南和蘭，說：“果然我是個壞孩子呢。”）
699-700逼近灰原秘密的黑影（偵探團被困，灰原迫不得已服解藥恢復身體，被光彥拍下影片，被世良、安室、衝矢看到。）
701-704漆黑的特快列車（世良真純，安室透身份揭曉。黑衣組織再次出場，目標雪莉。怪盜基德受柯南所託假扮宮野志保進入最後一節車廂，車廂脫落後，貝爾摩德引爆炸藥，基德乘滑翔翼逃走。後貝爾摩德發現Sherry沒死但未向組織報告。安室透對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。衝矢昴露出與赤井秀一相同的眼神。）
705密室中的柯南（波本繼續以安室透的身份出現）
706在波本面前解謎（波本發現柯南使用手錶型麻醉針，對其產生興趣，並懷疑“沉睡的小五郎”與柯南之間的聯絡）
722-723香甜冰冷的快遞（安室透解開了柯南的求救暗號救出了被困在冷凍快遞車裡的少年偵探團，衝矢昴透過樓上的窗戶目送他離開。）
724-725怪盜基德與赤麵人魚（世良重提“神秘列車”上帽子丟失的事情，詢問小蘭有沒有見到“傷疤赤井”，言語間透露出這頂帽子對她的重要性和對認為“已去世”的哥哥秀一的思念。）
727-728裝滿水果的寶箱（柯南問世良：“你該不會和我（在哪裡見過）……”，但由於發現屍體而打斷。小蘭在看著世良匆匆跑遠的背影不由自主地說出“波浪”，並對園子說“看著世良跑走的背影，耳邊總會響起海浪漣漪的聲音”。案件結束後柯南悄悄問世良：“你和我在哪裡見過嗎？”但世良未正面回答，並在心裡想：“很抱歉，現在還不能告訴你，因為還沒到時候……”）
主線：
1雲霄飛車殺人事件（Gin&Vodka初次登場，讓新縮小變成了柯南）
2董事長千金綁架事件（阿笠博士知道柯南身份，工藤新一化名江戶川柯南，轉入帝丹小學。）
4大都會暗號地圖事件(少年偵探團成立)
13奇怪的尋親殺人事件（宮野明美被警察逮捕）
43江戶川柯南誘拐事件(工藤夫婦得知柯南身份。)
48-49外交官殺人事件（服部平次登場,新一第一次回覆）
52霧天狗傳說殺人事件（柯南得知了琴酒和伏特加的代號）54電玩公司殺人事件（Tequila登場,被炸死）
57-58福爾摩斯迷殺人事件(服部發現柯南身份）
128黑衣組織十億元搶劫事件（宮野明美被組織殺害）
129來自黑衣組織的女子大學教授殺人事件（灰原登場亮相。柯南第一次知道了藥的名字是APTX4869）
170-171黑暗中的死角（新出智明的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案。新出正式登場）
176-178與黑衣組織的再會（灰原解釋了APTX4869原來是細胞程式性死亡。Vermouth在這裡第一次露面。皮斯克與灰原的父母很熟悉，藥的開發在灰原父親的時代就開始了。GIN提到了“那位先生”，在以後會經常出現。灰原第一次恢復）
188-193危命的復活（新一第二次恢復）
226-227格鬥遊戲的陷阱（茱蒂首次登場並與柯南相識，並看見他藉助園子破案。）
230-231神秘的乘客（Vermouth再次露面，假扮新出與灰原同車。赤井秀一出場）
242元太的災難（灰原哀提到琴酒是左撇子。）
253-254本廳刑事戀愛物語4（新出醫生（貝爾摩得假扮）可能發現了柯南分析案情並利用變聲器。）
258-259來自芝加哥的男子（詹姆斯·布萊克登場）
269-270犯罪的遺物（貝爾摩得偷走與毛利小五郎相關案卷，為了解新出的案子，並把FBI的注意力轉向毛利，片尾赤井秀一監視偵探事務所，貝爾摩得計劃得逞）
271-272隱藏匆忙中的省略（茱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI；在案件中蘭回想起自己曾經見到過”帶黑色針織帽的男子”（赤井秀一）；在故事結尾貝爾摩德發郵件給琴酒，提到了雪莉酒，並且向打了叉的宮野志保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片）。
277-278英語教師VS西部名偵探（柯南基本肯定了克里絲是組織的成員，並進一步懷疑茱蒂=克里絲，並與服部平次一起去茱蒂公寓試探，未果。在最後茱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的一模一樣。柯南最後說的除茱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。）
286-288工藤新一NY事件（蘭和新一救了Vermouth假扮的銀髮殺人魔。毛利蘭初見赤井秀一）
289-290光彥森林迷失記（灰原透露沼淵己一郎是組織成員）
307-308遺留的無聲證言(小五郎受託尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委託人的談話中柯南瞭解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員龍舌蘭接觸的物件。最後透過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記)
309-311與黑衣組織的接觸（黑衣組織再度出場，柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危機，可最後不知是GIN放水還是疏忽，柯南僥倖逃過一劫。）
329-330金錢買不到的友情(阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是一個很有名的瘋狂科學家，而母親艾蓮娜是一個英國留學生，並且黑衣組織可能正在從事讓死人復活的計劃。)
335-336東都現象所的秘密(赤井秀一跟蹤柯南和灰原，最後赤井對著哀的照片說了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識)
338-339四臺保時捷（博士借茱蒂的車將灰原送回了家，並找來新出醫生給感冒發燒的灰原看病。Vermouth和茱蒂都發現灰原住處）
340-341廁所裡隱藏的秘密（灰原在父親好友的設計所廁所裡發現了姐姐留給自已的錄音帶。貝爾摩德在博士家安裝竊聽器，之後貝爾摩德打電話找組織成員“卡爾多瓦斯”來幫忙，正策劃著某項行動。）
343-344便利商店的陷阱（茱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務，不過在蘭和園子到茱蒂家中開聚會時，蘭意外發現了鏡子背後的照片）
345與黑衣組織的直面對決滿月之夜的二元推理（vermouth，茱蒂等人身份揭露，vermouth放棄追捕雪莉，並且向琴酒隱瞞了柯南和哀的事同時柯南聽到了貝爾摩德給那位先生髮郵件時的按鍵音。）
346-347尋找屁股上的印記（灰原哀拒絕了證人保護計劃。）
361-362帝丹高中校園靈異事件（真正的新出醫生迴歸。）
374-375星星和香菸的暗號（山村操給他奶奶發信息，開頭按鍵音和Boss的郵件地址很像，是鳥取縣）
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音（柯南知道boss的郵箱號，為七個孩子）
394-396奇異屋宇大冒險（柯南已經得知boss的手機號）
425黑色衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間（Kir、Chianti、Korn登場。黑衣組織的殺人計劃遭到FBI和柯南阻止，Kir受傷昏迷，被FBI捕獲。）
429-430無法回頭的二人（本堂瑛祐登場。）
462-465黑衣組織的影子（柯南注意到貝爾摩德去水無憐奈出事的目擊者家詢問，本堂瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查）
484-485黑色照片的去向（柯南和灰原哀進行調查，得到一張本堂瑛祐父親的照片）
491-504紅與黑的碰撞（小蘭的新同班同學本堂瑛佑總給柯南不好的感覺，他四處尋找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海與水無憐奈長相一摸一樣，但是血型不對。黑衣組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛佑襲擊後不得不說出真實身份，原來水無憐奈就是本堂瑛海，代替被殺的父親成為CIA的臥底，水無憐奈答應赤井秀一重新返回組織，但是接到的第一個任務就是殺死赤井秀一。赤井秀一疑似犧牲。）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛祐知道柯南身份，打算離開日本，柯南對赤井秀一已死的舉動奇怪。）
509紅白黃色與偵探團F/C（水無憐奈向茱蒂透漏情報，組織派出了一個厲害的偵探波本。衝矢昴登場，搬進工藤新一的房子。）
510柯南VS雙重暗號之謎
511推理對決！新一VS衝矢昴（柯南發現衝矢昴的推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波本酒。）
521殺人犯工藤新一
522新一的真實身份與小蘭的眼淚
523真正想問的事（新一第三次恢復）
542-543魚兒消失的一角巖（灰原哀再次感到衝矢昴的壓迫感。）
563-564偵探團VS劫匪團（臉上帶著燒傷的傷疤、疑似赤井秀一的人出現，右眼有著明顯的被火燒傷的傷疤。在最後此人撿起了搶劫犯的手槍，在柯南被搶劫犯劫持的緊張時刻，開槍救了柯南。）
578召喚危機的紅色前兆
579黑色與13的暗示
580逼近的黑之時限
581搖曳的紅色目標（疑似赤井秀一的人再度出現，同時，在商場的茱蒂老師收到了“這裡很危險，快逃”的字條，此時衝矢昴也在商場，首次見到了傷疤男，說的話意味深長。傷疤男將在商場發生的案件的推理用別人的手機發給了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人慾檢驗赤井秀一是否生還，並以此來證實基爾是否是臥底，卻被柯南巧妙地引開。與此同時昴也在尋找傷疤男，而傷疤男卻在被瞄準時對著瞄準鏡露出詭異的笑容。）
616-621福爾摩斯的默示錄（新一第四次恢復，並向蘭告白。工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發者。）
622-623緊急事態252（阿笠博士被綁架，片尾灰原哀再次對沖矢昴表示強烈懷疑。）
646-647幽靈旅館的推理對決（世良真純登場）
651柯南VS平次東西偵探推理對決（茱蒂、卡邁爾在看到世良的照片後表示世良“很像某個人”，而詹姆斯則一眼看出世良是女孩子。）
656-657博士的影片網站（世良看到博士影片中印出來的灰原哀的影子，並向光彥、元太打聽了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、鄰居（即衝矢昴）的情況。並對著衝矢昴的窗戶說：“我還以為是誰隨隨便便地住進來了呢，不過現在看起來真是杞人憂天了啊……”最後世良將影片中意外拍到的灰原影像在電腦中刪除。）
667-668婚禮前夜（安室透登場，成為小五郎弟子。）
671-674偵探們的夜想曲（衝矢昴脫口而出的一句“不要露出那種表情”，似乎讓灰原感到相當在意。Vermouth給波本打電話，安室透，衝矢昴，世良真純同時接到電話）
675-676一丁點都不原諒(灰原回想起衝矢的那句“不要露出那種表情”，和曾在組織臥底的諸星大（即赤井秀一）的用語十分相似。世良真純對工藤新一似乎早有了解，對灰原哀表現出興趣，並關注傷疤秀一)
681-683以性命為賭注的戀愛轉播（結尾處安室透為高木的指導警官伊達掃墓，暗示兩人曾是朋友)
684-685泡沫、蒸汽和香菸（灰原的舉動和二人對話表示，衝矢的頸部隱藏著某個秘密）
690-691工藤優作未解決的事件（衝矢昴舉止可疑，世良在房間中發現了女性線索，最後世良含淚回望柯南和蘭，說：“果然我是個壞孩子呢。”）
699-700逼近灰原秘密的黑影（偵探團被困，灰原迫不得已服解藥恢復身體，被光彥拍下影片，被世良、安室、衝矢看到。）
701-704漆黑的特快列車（世良真純，安室透身份揭曉。黑衣組織再次出場，目標雪莉。怪盜基德受柯南所託假扮宮野志保進入最後一節車廂，車廂脫落後，貝爾摩德引爆炸藥，基德乘滑翔翼逃走。後貝爾摩德發現Sherry沒死但未向組織報告。安室透對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。衝矢昴露出與赤井秀一相同的眼神。）
705密室中的柯南（波本繼續以安室透的身份出現）
706在波本面前解謎（波本發現柯南使用手錶型麻醉針，對其產生興趣，並懷疑“沉睡的小五郎”與柯南之間的聯絡）
722-723香甜冰冷的快遞（安室透解開了柯南的求救暗號救出了被困在冷凍快遞車裡的少年偵探團，衝矢昴透過樓上的窗戶目送他離開。）
724-725怪盜基德與赤麵人魚（世良重提“神秘列車”上帽子丟失的事情，詢問小蘭有沒有見到“傷疤赤井”，言語間透露出這頂帽子對她的重要性和對認為“已去世”的哥哥秀一的思念。）
727-728裝滿水果的寶箱（柯南問世良：“你該不會和我（在哪裡見過）……”，但由於發現屍體而打斷。小蘭在看著世良匆匆跑遠的背影不由自主地說出“波浪”，並對園子說“看著世良跑走的背影，耳邊總會響起海浪漣漪的聲音”。案件結束後柯南悄悄問世良：“你和我在哪裡見過嗎？”但世良未正面回答，並在心裡想：“很抱歉，現在還不能告訴你，因為還沒到時候……”）