1、原理不同

基因的自由組合定律，或稱基因的獨立分配定律，是遺傳學的三大定律之一（另外兩個是基因的分離定律和基因的連鎖和交換定律）。

基因重組指在生物體進行有性生殖的過程中，控制不同性狀的基因重新組合。

2、功能不同

基因的自由組合定律的實質是：位於非同源染色體上的非等位基因的分離或組合是互不干擾的；在減數分裂的過程中，同源染色體上的等位基因彼此分離的同時，非同源染色體上的非等位基因自由組合。

基因重組其發生在二倍體生物的每一個世代中。每條染色體的兩份複製在有些位置可能具有不同的等位基因，透過互換染色體間相應的部分，可產生於親本不同的重組染色體。

3、發生過程不同

理解生物多樣性的原因，生物體在進行有性生殖過程中，控制不同的性狀的基因可以進行重新組合——基因重組，從而產生多種不同基因型的後代，表現不同的性狀。

基因重組是指控制不同性狀的基因重新組合。能產生大量的變異型別，但只產生新的基因型，不產生新的基因。基因重組發生在有性生殖的減數第一次分裂過程中，即四分體時期，同源染色體的非姐妹染色單體交叉互換和減數第一次分裂後期非等位基因隨著非同源染色體的自由組合而自由組合，基因重組是雜交育種的理論基礎。