魚類大量死亡具有一些潛在因子：

缺乏溶氧或去氧作用（deoxygenation）：水中的溶氧來自大氣與水面交換溶解在水裡，或由水生植物光合作用產生的，正常範圍良好的充氧水，溶氧值為8-10mg/L；大部分水生動物，包括魚類，自水裡抽出它們所需要的氧；溶氧過低會導致窒息及死亡，一般很少有魚可以忍受長期曝露在溶氧3mg/L以下的水中，尤其對溶氧較敏感的魚種（如鱒魚、鯡魚）及大型魚及活躍的魚會最先死亡，因為他們對氧的需求量較大；冰涼的水比溫熱的水含有較大濃度的溶氧，由此產生的去氧作用所導致的死亡，常與溫度的上升有關，在這種情況下，魚會因為缺氧而 浮頭，由氧耗盡所引起的魚類大量死亡常表現3種症狀：嘴巴張得很大、鰓外翻及頭向後彎。2.汙染：汙染多半是人為的化學品所造成的，曝露在有毒物質中可能不會造成立即的魚類死亡，但會影響魚的族群，降低魚的繁殖力，減少精子、卵及幼蟲的發育能力，增加異常及自然死亡率的事件。 3.物理及化學的水質改變： 酸水：在很多溼地及鄰近出海口的沖積平原其襯底為硫酸土壤，這些土壤含有很高程度的黃鐵礦（從硫酸氧化產生的），這些酸可以被鎖在乾燥的土壤中一段時間。酸水引起魚類大量死亡經常發生。水溫的改變。不論是快速的波動及緩慢的季節上的變化，都會導致魚的死亡。通常只發生在少數幾種魚類，很可能是溫度超過或低於他們的耐受度，多發生在小型水體，冷熱的變化很快，氣候上突然的寒流來襲，在農場的蓄水池或小的溪流，會殺死溫水性的魚類（例如：金河鱸及鰻尾鯰）。在大型水體的區域性地區，由於人類的活動造成溫度的快速變化，例如從發電廠廢棄的冷卻水，為某些地區魚只死亡的原因。季節性的溫度改變也是造成魚類大量死亡的原因，例如大於27℃的水會使鱒魚死亡，而冷水會使溫水性的魚種死亡。 另外快速的鹽度改變（例如大型的暴風雨，大量的淡水流入出海口）也會造成魚只死亡。 4.疾病及寄生蟲：疾病通常是二次性的感染，原發性原因為物理或化學的緊迫，例如低水溫、鹽度快速改變、慢性汙染或過度擁擠。這些情況下，對疾病的抵抗力下降，而變得容易感染。疾病很少會突然殺死魚只，感染全部的族群，對所有的種類影響的程度相同，疾病死亡的特性是隻感染1或2個相近的品種，發生一段時間（幾天或幾周），且通常只有一些或中等的感染而不是全部。即使是健康的魚只，在腸管、鰓及肌肉都會有少量寄生蟲的感染，在受到緊迫時，降低對寄生蟲的抵抗力而發病。