內分泌腺是沒有導管的腺體，能產生激素直接分泌於血液中。對身體的代謝、生長、發育、生殖等機能起重要的調節作用。內分泌器官有腦垂體、甲狀腺、甲狀旁腺（上皮小體）、胸腺、腎上腺等。 犬的腦垂體較小，呈圓形，位於腦的底部，在垂體窩中，分為前葉和後葉。前葉又稱腺垂體，分泌許多激素，如：促甲狀腺激素、促腎上腺激素、促性腺激素等。後葉又稱神經垂體，分泌加壓素和催產素。腦垂體透過刺激和調節其他內分泌腺，影響機體生長、發育、新陳代謝和生殖活動。 犬的甲狀腺位於氣管前部，在第六、七氣管環的兩側，腺體呈紅褐色，包括兩個側葉和兩葉之間的腺峽。甲狀腺分泌甲狀腺素和降鈣素，具有調節代謝的功能。甲狀腺素能促進蛋白質的合成、肝糖原的糖化、膽固醇的合成和膽汁酸的生成等，有提高基礎代謝的作用。 甲狀旁腺（上皮小體）是一對小腺體，似粟粒，位於甲狀腺前端附近或包埋於甲狀腺內。能分泌甲狀旁腺激素，主要維持有機體內鈣鹽的正常代謝。 腎上腺有一對，兩側腎上腺的形態位置有所不同。右側腎上腺略呈菱形，位於右背內緣前部與後腔靜脈之間。左腎上腺稍大，為不正形梯形，前寬後窄，背腹側扁平，位於左腎前端內側與腹主動脈之間。腎上腺有皮質和髓質。皮質部呈黃褐色，分泌皮質激素，主要功能是調節機體代謝和維持生命。髓質部為深褐色，分泌腎上腺素，具有增強心血管系統的活動，抑制內臟平滑肌及促進糖代謝的機能。 犬的胸腺較小，結構似淋巴組織，分為左右兩葉，外包一層薄而疏鬆的彈性纖維囊，位於胸腔內，在心臟前下部的縱隔腔內。犬出生後兩週內，胸腺逐漸增大，2～3個月開始脂肪浸潤，2～3歲以後萎縮。胸腺具有淋巴器官的作用，與抗體的形成有關。