第一集和故事內容完全沒有關係。故事是這樣的：涼宮春日擁有神的能力，但自己卻不知道，她所有的想法和期望都會變成現實，所以世界在她的常識和願望中不斷陷入危機。與此同時，長門有希（外星人）古泉一樹（超能力者）朝比奈實玖瑠（未來人）三方勢力都在關注涼宮的情緒變化，而能夠控制和穩定涼宮情緒的唯一的人就是主人公阿虛（普通人）。涼宮在小時候的一次棒球比賽之後發現了自己渺小，於是希望這個世界更加不同尋常，國中時期做出過各種怪異的舉動。高中之後組建了sos團，意在找到外星人，未來人，超能力人，並與他們玩，沒想到這三種人就在她身邊關注著她，唯一不知道真相的就是涼宮自己。擴充套件資料結局：阿虛在涼宮創造的世界裡跟涼宮說要回到原來的世界，然而涼宮卻說現在他們所處的世界是她喜歡的世界，要留在這裡。最後當怪物靠近他們的時候，阿虛想起了"白雪公主"的話，吻了涼宮。他們回到原來的世界，第二天涼宮扎著馬尾辮出現在教室裡。而SOS團的活動也在照常進行，當天SOS團的活動只有阿虛和涼宮兩個人。本系列作品的男主角，負責旁白和吐槽的角色。相貌普通、性格普通，一直以中規中矩既不出色也不出格的平凡學生定位的少年。但是與春日的相遇使他的生活不再平凡。因為對春日說了“沒有的東西也沒辦法”，而被捲進了SOS團的設立活動中。雖是即為普通的人類，卻因為被春日挑中而成為外星人、未來人和超能力者的目光焦點。本系列作品的女主角。好勝心極強，有著唯我獨尊、旁若無人的性格。上了高中也不滿足於任何社團，在接受阿虛的建議後閃電成立了SOS團(讓世界變得更熱鬧的涼宮春日的團)。不知為何擁有能夠改變世界、使“願望成真”的神力，引來外星人、未來人和超能力者的關切，但本人毫不知情，讓事情變得相當複雜。