檸檬酸可用於酸化土壤，因檸檬酸水解後產生氫離子較多，酸性較強，注意濃度。有些地區土壤呈鹼性,加入檸檬酸就可以中和部分的鹼性,就跟熟石灰可以改良酸性土壤的原理是一致的

用檸檬酸配製的水澆花，能夠調節土壤的酸度，改善植物對鐵的吸收，但是並不能完全代替補充鐵。

檸檬酸的又一個用途是和硫酸亞鐵合用，用來補鐵。一些南方喜酸花卉需要補充鐵質，如梔子花，茉莉花。北方的菊花在生長過程中也要補鐵。方法是取200ml萬分之1.5的檸檬酸水，取1g硫酸亞鐵加入液體中，溶解以後，用來澆花。這樣做是用檸檬酸螯合鐵離子，防止產生氧化鐵沉澱。這樣配製的液體，可以給2盆盆花補鐵。

檸檬酸和硫酸亞鐵都不是肥料，也不能代替肥料。要合理施用有機肥料，有機肥料的分解產物能有效地增加土壤的肥力，保持土壤疏鬆透氣。有機肥料含有的腐殖酸和其他有機酸能有效地調整土壤的酸度。還要注意施用化肥，補充土壤中消耗較多的氮磷鉀元素。

用檸檬酸來中和土壤中的鹼性物質，促使其達到中性或弱酸性狀態，是可以實現的。不過，直接使用酸性物質進行中和，一般只能對土壤表層起效，或是短時間內起作用。原因就是檸檬酸等酸性物質容易揮發，特別是一場大雨之後，很可能將其沖走。

而土壤中的鹼性物質是緩慢地施放出來的，要想達到長期改變土壤環境的目的，最好使用緩慢施放酸性物質的硫酸亞鐵。施入土中之後，硫酸亞鐵會慢慢分解，產生鐵離子和硫酸，硫酸屬於強酸，能夠中和其中的鹼性物質。而且，硫酸亞鐵性狀穩定，不易產生藥害。

除此以外，因為檸檬酸對土壤的破壞性很小，而且它不會長久停留在土壤中，土壤中的金屬能透過細菌從檸檬酸的溶液中分離出來以達到回收利用的目的，所以可以使用檸檬酸清除土壤與垃圾中的汙染物。