長期食用含檸檬酸的食品，有可能導致低鈣血癥，並且會增加患十二指腸癌的機率。兒童表現有神經系統不穩定、易興奮、植物神經紊亂，大人則為手足抽搐、肌肉痙攣，感覺異常，瘙癢及消化道症狀等。

當檸檬酸用於工業時，接觸者可能引起溼疹。

檸檬酸為食用酸類，可增強體內正常代謝，適當的劑量對人體無害。在中國允許果醬、飲料、罐頭和糖果中使用檸檬酸。

基於檸檬酸對鈣的代謝可產生的影響，特別是孩子，應注意補鈣，以免導致血鈣不足而影響健康，胃潰瘍、胃酸過多、齲齒和糖尿病患者不宜經常食用檸檬酸。

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檸檬酸的益處：

檸檬酸是一種重要的有機酸，常含一分子結晶水，無臭，有很強的酸味，易溶於水。很多種水果和蔬菜，尤其是柑橘屬的水果中都含有較多的檸檬酸，特別是檸檬和青檸含有大量檸檬酸，在乾燥之後，含量可達8%，檸檬酸還有抑制細菌、護色、改進風味、促進蔗糖轉化等作用。檸檬酸能夠防止因酶催化和金屬催化引起的氧化作用，從而阻止速凍水果變色變味。

每天早上在還沒有進任何食物前喝一杯檸檬水，可以加強腸胃蠕動、治療便秘、排出體內毒素、達到美容的功效，也可以去除口腔異味，消除口臭。還可以使眼睛更有神、面板更紅潤。如果在水中多加一些檸檬汁，還會起到清除體內垃圾的作用。