HE染色是組織學、胚胎學、病理學教學與科研中最基本、使用最廣泛的技術方法.
TTC染色是TTC和活細胞線粒體內的琥珀酸脫氫酶反應，生成紅色的甲月贊，用來表示細胞的活力。配製多為2％，染色要避光，37度條件下，它是評價腦缺血損傷常用的指標。
微生物染色的基本原理，是藉助物理因素和化學因素的作用而進行的。物理因素如細胞及細胞物質對染料的毛細現象、滲透、吸附作用等。化學因素則是根據細胞物質和染料的不同性質而發生地各種化學反應。酸性物質對於鹼性染料較易吸附，且吸附作用穩固；同樣，鹼性物質對酸性染料較易於吸附。如酸性物質細胞核對於鹼性染料就有化學親和力，易於吸附。但是，要使酸性物質染上酸性材料，必須把它們的物理形式加以改變（如改變pH值），才利於吸附作用的發生。相反，鹼性物質（如細胞質）通常僅能染上酸性染料，若把它們變為適宜的物理形式，也同樣能與鹼性染料發生吸附作用。
細菌的等電點較低，pH值大約在2—5之間，故在中性、鹼性或弱酸性溶液中，菌體蛋白質電離後帶陰電荷；而鹼性染料電離時染料離子帶陽電。因此，帶陰電的細菌常和帶陽電的鹼性染料進行結合。所以，在細菌學上常用鹼性染料進行染色。
影響染色的其它因素，還有菌體細胞的構造和其外膜的通透性，如細胞膜的通透性、膜孔的大小和細胞結構完整與否，在染色上都起一定作用。此外，培養基的組成、菌令、染色液中的電介質含量和pH、溫度、藥物的作用等，也都能影響細菌的染色。
二、染料的種類和選擇
染料分為天然染料和人工染料兩種。天然染料有胭脂蟲紅、地衣素、石蕊和蘇木素等，它們多從植物體中提取得到，其成分複雜，有些至今還未搞清楚。目前主要採用人工染料，也稱煤焦油染料，多從煤焦油中提取獲得，是苯的衍生物。多數染料為帶色的有機酸或鹼類，難溶於水，而易溶於有機溶劑中。為使它們易溶於水，通常製成鹽類。
染料可按其電離後染料離子所帶電荷的性質，分為酸性染料、鹼性染料、中性（複合）染料和單純染料四大類。
1、酸性染料
這類染料電離後染料離子帶負電，如伊紅、剛果紅、藻紅、苯胺黑、苦味酸和酸性復紅等，可與鹼性物質結合成鹽。當培養基因糖類分解產酸使pH值下降時，細菌所帶的正電荷增加，這時選擇酸性染料，易被染色。
2、鹼性染料
這類染料電離後染料離子帶正電，可與酸性物質結合成鹽。微生物實驗室一般常用的鹼性染料有美蘭、甲基紫、結晶紫、鹼性復紅、中性紅、孔雀綠和蕃紅等，在一般的情況下，細菌易被鹼性染料染色。
3、中性（複合）染料
酸性染料與鹼性染料的結合物叫做中性（複合）染料，如瑞脫氏（Wright）染料和基姆薩氏（Gimsa）染料等，後者常用於細胞核的染色。
4、單純染料
這類染料的化學親和力低，不能和被染的物質生成鹽，其染色能力視其是否溶於被染物而定，因為它們大多數都屬於偶氮化合物，不溶於水，但溶於脂肪溶劑中，如紫丹類（Sudanb）的染料。
三、製片和染色的基本程式
微生物的染色方法很多，各種方法應用的染料也不盡相同，但是一般染色都要透過製片及一套染色操作程式。
1、製片
在乾淨的載玻片上滴上一滴蒸餾水，用接種環進行無菌操作，挑取培養物少許，置載玻片的水滴中，與水混合做成懸液並塗成直徑約1釐米的薄層，為避免因菌數過多聚成集團，不利觀察個體形態，可在載玻片之一側再加一滴水，從已塗布的菌液中再取一環於此水滴中進行稀釋，塗布成薄層，若材料為液體培養物或固體培養物中洗下製備的菌液，則直接塗布於載玻片上即可。
2、自然乾燥
塗片最好在室溫下使其自然乾燥，有時為了使之幹得更快些，可將標本面向上，手持載玻片一端的兩側，小心地在酒精燈上高處微微加熱，使水分蒸發，但切勿緊靠火焰或加熱時間過長，以防標本烤枯而變形。
3、固定
標本乾燥後即進行固定，固定的目的有三個：
1）殺死微生物，固定細胞結構。
2）保證菌體能更牢的粘附在載玻片上，防止標本被水沖洗掉。
3）改變染料對細胞的通透性，因為死的原生質比活的原生質易於染色。
固定常常利用高溫，手執載玻片的一端（塗有標本的遠端），標本向上，在酒精燈火焰外層儘快的來回透過3—4次，共約2—3秒鐘，並不時以載玻片背面加熱觸及面板，不覺過燙為宜（不超過60℃）,放置待冷後，進行染色。
以上這種固定法在微生物實驗室中雖然應用較多普遍，但是應當指出，在研究微生物細胞結構時不適用，應採用化學固定法。化學固定法最常用的固定劑有：酒精（95%），酒精和醚各半的混合物，丙酮，1—2%的餓酸等。餓酸能很快固定細胞但不改變其結構，故較常用。應用餓酸固定細胞的技術如下：在培養皿中放一玻璃，在玻璃上放置玻璃毛細管，在毛細管中注入少量的1—2%餓酸溶液，同時在玻璃上再放置溼標本塗片的載玻片，然後把培養皿蓋上，經過1—2分鐘後把標本從培養皿中取出，並使之乾燥。
4、染色
標本固定後，滴加染色液。染色的時間各不相同，視標本與染料的性質而定，有時染色時還要加熱。染料作用標本的時間平均約1—3分鐘，而所有的染色時間內，整個塗片（或有標本的部分）應該浸在染料之中。
若作複合染色，在媒染處理時，媒染劑與染料形成不溶性化合物，可增加染料和細菌的親和力。一般固定後媒染，但也可以結合固定或染色同時進行。
5、脫色
用醇類或酸類處理染色的細胞，使之脫色。可檢查染料與細胞結合的穩定程度，鑑別不同種類的細菌。常用的脫色劑是95%酒精和3%鹽酸溶液。
6、復染
脫色後再用一種染色劑進行染色，與不被脫色部位形成鮮明的對照，便於觀察。革氏染色在酒精脫色後用番紅，石碳酸復紅最後進行染色，就是復染。
7、水洗
染色到一定的時候，用細小的水流從標本的背面把多餘的染料沖洗掉，被菌體吸附的染料則保留。
8、乾燥
著色標本洗淨後，將標本晾乾，或用吸水紙把多餘的水吸去，然後晾乾或微熱烘乾，用吸水紙時，切勿使載玻片翻轉，以免將菌體擦掉.
HE染色是組織學、胚胎學、病理學教學與科研中最基本、使用最廣泛的技術方法.
TTC染色是TTC和活細胞線粒體內的琥珀酸脫氫酶反應，生成紅色的甲月贊，用來表示細胞的活力。配製多為2％，染色要避光，37度條件下，它是評價腦缺血損傷常用的指標。
微生物染色的基本原理，是藉助物理因素和化學因素的作用而進行的。物理因素如細胞及細胞物質對染料的毛細現象、滲透、吸附作用等。化學因素則是根據細胞物質和染料的不同性質而發生地各種化學反應。酸性物質對於鹼性染料較易吸附，且吸附作用穩固；同樣，鹼性物質對酸性染料較易於吸附。如酸性物質細胞核對於鹼性染料就有化學親和力，易於吸附。但是，要使酸性物質染上酸性材料，必須把它們的物理形式加以改變（如改變pH值），才利於吸附作用的發生。相反，鹼性物質（如細胞質）通常僅能染上酸性染料，若把它們變為適宜的物理形式，也同樣能與鹼性染料發生吸附作用。
細菌的等電點較低，pH值大約在2—5之間，故在中性、鹼性或弱酸性溶液中，菌體蛋白質電離後帶陰電荷；而鹼性染料電離時染料離子帶陽電。因此，帶陰電的細菌常和帶陽電的鹼性染料進行結合。所以，在細菌學上常用鹼性染料進行染色。
影響染色的其它因素，還有菌體細胞的構造和其外膜的通透性，如細胞膜的通透性、膜孔的大小和細胞結構完整與否，在染色上都起一定作用。此外，培養基的組成、菌令、染色液中的電介質含量和pH、溫度、藥物的作用等，也都能影響細菌的染色。
二、染料的種類和選擇
染料分為天然染料和人工染料兩種。天然染料有胭脂蟲紅、地衣素、石蕊和蘇木素等，它們多從植物體中提取得到，其成分複雜，有些至今還未搞清楚。目前主要採用人工染料，也稱煤焦油染料，多從煤焦油中提取獲得，是苯的衍生物。多數染料為帶色的有機酸或鹼類，難溶於水，而易溶於有機溶劑中。為使它們易溶於水，通常製成鹽類。
染料可按其電離後染料離子所帶電荷的性質，分為酸性染料、鹼性染料、中性（複合）染料和單純染料四大類。
1、酸性染料
這類染料電離後染料離子帶負電，如伊紅、剛果紅、藻紅、苯胺黑、苦味酸和酸性復紅等，可與鹼性物質結合成鹽。當培養基因糖類分解產酸使pH值下降時，細菌所帶的正電荷增加，這時選擇酸性染料，易被染色。
2、鹼性染料
這類染料電離後染料離子帶正電，可與酸性物質結合成鹽。微生物實驗室一般常用的鹼性染料有美蘭、甲基紫、結晶紫、鹼性復紅、中性紅、孔雀綠和蕃紅等，在一般的情況下，細菌易被鹼性染料染色。
3、中性（複合）染料
酸性染料與鹼性染料的結合物叫做中性（複合）染料，如瑞脫氏（Wright）染料和基姆薩氏（Gimsa）染料等，後者常用於細胞核的染色。
4、單純染料
這類染料的化學親和力低，不能和被染的物質生成鹽，其染色能力視其是否溶於被染物而定，因為它們大多數都屬於偶氮化合物，不溶於水，但溶於脂肪溶劑中，如紫丹類（Sudanb）的染料。
三、製片和染色的基本程式
微生物的染色方法很多，各種方法應用的染料也不盡相同，但是一般染色都要透過製片及一套染色操作程式。
1、製片
在乾淨的載玻片上滴上一滴蒸餾水，用接種環進行無菌操作，挑取培養物少許，置載玻片的水滴中，與水混合做成懸液並塗成直徑約1釐米的薄層，為避免因菌數過多聚成集團，不利觀察個體形態，可在載玻片之一側再加一滴水，從已塗布的菌液中再取一環於此水滴中進行稀釋，塗布成薄層，若材料為液體培養物或固體培養物中洗下製備的菌液，則直接塗布於載玻片上即可。
2、自然乾燥
塗片最好在室溫下使其自然乾燥，有時為了使之幹得更快些，可將標本面向上，手持載玻片一端的兩側，小心地在酒精燈上高處微微加熱，使水分蒸發，但切勿緊靠火焰或加熱時間過長，以防標本烤枯而變形。
3、固定
標本乾燥後即進行固定，固定的目的有三個：
1）殺死微生物，固定細胞結構。
2）保證菌體能更牢的粘附在載玻片上，防止標本被水沖洗掉。
3）改變染料對細胞的通透性，因為死的原生質比活的原生質易於染色。
固定常常利用高溫，手執載玻片的一端（塗有標本的遠端），標本向上，在酒精燈火焰外層儘快的來回透過3—4次，共約2—3秒鐘，並不時以載玻片背面加熱觸及面板，不覺過燙為宜（不超過60℃）,放置待冷後，進行染色。
以上這種固定法在微生物實驗室中雖然應用較多普遍，但是應當指出，在研究微生物細胞結構時不適用，應採用化學固定法。化學固定法最常用的固定劑有：酒精（95%），酒精和醚各半的混合物，丙酮，1—2%的餓酸等。餓酸能很快固定細胞但不改變其結構，故較常用。應用餓酸固定細胞的技術如下：在培養皿中放一玻璃，在玻璃上放置玻璃毛細管，在毛細管中注入少量的1—2%餓酸溶液，同時在玻璃上再放置溼標本塗片的載玻片，然後把培養皿蓋上，經過1—2分鐘後把標本從培養皿中取出，並使之乾燥。
4、染色
標本固定後，滴加染色液。染色的時間各不相同，視標本與染料的性質而定，有時染色時還要加熱。染料作用標本的時間平均約1—3分鐘，而所有的染色時間內，整個塗片（或有標本的部分）應該浸在染料之中。
若作複合染色，在媒染處理時，媒染劑與染料形成不溶性化合物，可增加染料和細菌的親和力。一般固定後媒染，但也可以結合固定或染色同時進行。
5、脫色
用醇類或酸類處理染色的細胞，使之脫色。可檢查染料與細胞結合的穩定程度，鑑別不同種類的細菌。常用的脫色劑是95%酒精和3%鹽酸溶液。
6、復染
脫色後再用一種染色劑進行染色，與不被脫色部位形成鮮明的對照，便於觀察。革氏染色在酒精脫色後用番紅，石碳酸復紅最後進行染色，就是復染。
7、水洗
染色到一定的時候，用細小的水流從標本的背面把多餘的染料沖洗掉，被菌體吸附的染料則保留。
8、乾燥
著色標本洗淨後，將標本晾乾，或用吸水紙把多餘的水吸去，然後晾乾或微熱烘乾，用吸水紙時，切勿使載玻片翻轉，以免將菌體擦掉.