一是北宋滅亡時，南方的社會結構沒有受到破壞，整個宋政府還在正常運轉。而明時延綿不斷的起義，沉重打擊了明朝在南方的統治，社會體系被完全破壞。

二是宋時皇室宗親是沒有封地的，都是集中在汴京居住。趙構是因為奉旨出城收集勤王兵馬才躲過一劫。因此不存在內部擁立問題。而明朝諸藩王都就蕃，因此不同利益集團就有不同的選擇，導致南明不停的在內訌。

朱棣遷都北京後，在南京設立了和北京一樣的行政系統，實行兩京制。不得不說，朱元璋和朱棣這對父子還是高瞻遠矚的，考慮到了未來兩百年的事。但當北京被攻破以後，南明只存在了短短四十年，甚至不被歷史學家所承認，而南宋卻還能存在一百五十年，這是為什麼呢？有以下幾個原因：

1.崇禎皇帝自縊，包括太子在內的崇禎近親幾乎都殉國了，這就留下了很多的後遺症。崇禎一脈殉國後，南京方面立即擁立福王為帝，可是他不是崇禎一脈，很多皇族在那時都蠢蠢欲動，誰也不服誰，內部矛盾不斷。弘光、隆武、紹武、永曆帝一個接一個，雖然他們不少都有氣節，但由於皇族內部不團結，大臣們也都爭權奪利，被滿清各個擊破。而南宋卻不一樣，靖康之恥，很多皇族都被虜到了北方，只有康王趙構倖免，順理成章，他就成了唯一合法繼承人，能夠立即得到大家的擁護，抵抗金兵。

2.南明時期，外部環境更加複雜。李自成、張獻忠、滿清，各個勢力並存。而南明也存在戰略錯誤，不夠堅定，居然天真的以為滿清會替他們消滅李自成，為明宗室報仇。而南宋所面對的敵人則相對單一，一心抵抗北方蠻族即可。

3.人民對前朝的感情，也就是人民的認同感。明朝末年，土地兼併，天災人禍不斷，老百姓生活在水深火熱之中，而明朝貴族則歌舞昇平，階級矛盾激化。而南宋則不同，宋並沒有內憂，只有外患。北宋一代，經濟發展，政治環境寬鬆，人民安居樂業，老百姓對宋朝是相當有感情的。所以南宋更能得到人民大眾的擁護。

所以說南明滅亡，這是矛盾堆積以及人性自私造成的。形勢使然。