土壤肥力由生物肥力、化學肥力、物理肥力三部分組成，使用微生物肥料後能提高土壤的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，減少部分化肥的投入。

微生物菌肥是利用高科技手段將野外環境中篩選出來的微生物零誘變.副壯後經驗工業發酵，以草碳褐煤.粉煤灰等為在體精加工而成的一種高含菌量的生物製劑，能透過微生物的特定作用給植物提供營養調節植物生長。微生物菌肥用於農業生產中能夠獲得特定的肥料效應。

微生物菌肥給作物可利用的營權，減少化肥用量，節約城本。微生物菌肥中含有不同的活性微生物，如固氮微生物，有機磷細菌等。固氮微生物可以透過固氮酶的作用將空氣了中的氮轉化為農作物可以吸收利用的氮，以減少化肥的施用量。有利磷一菌則可以加速分解土壤中的有機物質為作物可以直接吸收的小分子營養物質。

由於微生物菌肥充分利用微生物的獨有特徵，以增加突壤中有效養分為目的，施用量一般不大，在生產過程中所消耗的能量也很少，並且施用微生物菌肥的同時還可節約30%的化肥施用量，因而在取得良好營養效果的同時還最大程度的節約了施肥成為。微生物菌肥不能代替化肥。

農作物用了微生物菌肥還是要用化肥的，我們的土壤裡含有三大類物質，一種是無機元素，也就是我們常說的108種大、中、微量元素；第二種是有機元素，也就是有機質，以前來源於田間秸稈還田、人蓄糞便等；第三種就是微生物，微生物被成為土壤中的萬物之靈，土地如果沒有微生物就將沒有生機。

所以補充微生物和補充化肥不是一回事。

微生物菌肥只是起輔助作用，作用有限，不能從根本上替代化肥:化肥濃度高，見效快的優點是生物菌肥所不能代替的。

首先微生物菌肥和化肥這兩個東西從出發點就不一樣就沒有可比性。

氮磷鉀含量很低， 個人認為微生物菌肥，應該叫微生物有機肥。微生物有機肥只是用於底肥，或者長期輪作不換茬的改良土壤投入微生物。微生物菌確實是有一定的肥效，但是最主要的作用還是用於改良土壤，分解土壤有害物質（重金屬、有害菌）分解土壤裡堆積的肥料。但是微生物菌肥的肥力是沒有複合肥和水溶肥的肥力足。

建議微生物改良土壤，再投入複合肥或者水溶肥這樣有機無機配合使用才會讓作物更健康