蕨類與苔蘚植物的相同點表現為以下幾個方面：

　　(1)無性生殖產生孢子。

　　(2)生殖器官為多細胞結構，外層為不育性細胞，起保護作用。有性生殖器官均為精子器和頸卵器。

　　(3)有性生殖方式為卵式生殖。

　　(4)精子具鞭毛，受精過程擺脫不了水的束縛，因此，一般生長在陰溼地方。

　　(5)減數分裂均為居問減數分裂。

　　(6)具明顯的異型世代交替。

　　(7)受精卵在母體內發育成胚。

　　蕨類與苔蘚植物的不同點表現為以下幾個方面：

　　(1)孢子體：苔蘚植物孢子體一般分為孢蒴、蒴柄和基足三部分。蕨類植物孢子體一般有根、莖、葉的分化、除少數原始種類只有假根外，蕨類植物產生了真正的根和由較原始的維管組織構成的輸導系統。葉常有孢子葉和營養葉之分。

　　(2)配子體：苔蘚植物配子體為葉狀體或擬莖葉體。蕨類植物配子體，原始種類呈圓柱狀或塊狀，無葉綠體，透過菌根吸取養料。大多數蕨類配子體具背腹性的綠色葉狀體。

　　(3)配子體與孢子體關係：苔蘚植物孢子體不能獨立生活，寄生或半寄生在配子體上，配子體能獨立生活，且比孢子體發達。蕨類植物孢子體和配子體均能獨立生活，且孢子體比配子體發達。

　　(4)原絲體：苔蘚植物生活史中具原絲體階段；蕨類植物無原絲體階段。

　　(5)孢子：苔蘚植物一般為同型孢子；蕨類植物既有同型孢子又有異型孢子。